Luận văn thạc sĩ nghiên cứu và khuếch đại gene tk2017 mã hóa osmotically inducible protein c ( osmc)

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN

TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM

LÝ THỊ LƢỢNG

Tên đề tài:

NGHIÊN CỨU VÀ KHUẾCH ĐẠI GENE TK2017 MÃ HÓA

OSMOTICALLY INDUCIBLE PROTEIN ( OsmC) TỪ VI KHUẨN CHỊU

NHIỆT THERMOCOCCUS KODAKARENSIS KOD1

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC

Hệ đào tạo : Chính quy

Chuyên ngành : Công nghệ Sinh học

Khoa : CNSH - CNTP

Khóa học : 2012 - 2016

Thái Nguyên, năm 2016

n

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN

TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM

LÝ THỊ LƢỢNG

Tên đề tài:

NGHIÊN CỨU VÀ KHUẾCH ĐẠI GENE TK2017 MÃ HÓA

OSMOTICALLY INDUCIBLE PROTEIN ( OsmC) TỪ VI KHUẨN CHỊU

NHIỆT THERMOCOCCUS KODAKARENSIS KOD1

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC

Hệ đào tạo : Chính quy

Chuyên ngành : Công nghệ Sinh học

Khoa : CNSH - CNTP

Lớp : K44 - CNSH

Khóa học : 2012 - 2016

Giảng viên hƣớng dẫn: TS. Phạm Bằng Phƣơng

Thái Nguyên, năm 2016

n

i

LỜI CẢM ƠN

Trong quá trình học tập và nghiên cứu để hoàn thành được khóa luận

tốt nghiệp này tôi đã nhận được sự quan tâm, hướng dẫn, giúp đỡ rất tận tình

của thầy cô, bạn bè và gia đình. Nhân dịp hoàn thành luận văn này:

Tôi xin chân thành gửi lời cảm ơn sâu sắc đến TS. Phạm Bằng

Phƣơng - giảng viên, trưởng bộ môn Công nghệ Sinh học khoa Công nghệ

Sinh học và Công nghệ Thực phẩm ,Trường Đại học Nông Lâm Thái Nguyên

đã hướng dẫn trực tiếp đề tài, thầy đã tận tình chỉ bảo và tạo mọi điều kiện

thuận lợi để tôi hoàn thành tốt đề tài này.

Tôi xin được cảm ơn kỹ sư Ma Thị Hoàn, Cán bộ phòng trực thực hành

Sinh học phân tử và Kĩ thuật di truyền khoa Công nghệ Sinh học và Công nghệ

Thực phẩm, Trường Đại học Nông Lâm Thái Nguyên cùng các bạn sinh viên

khoa Công nghệ Sinh học và Công nghệ Thực phẩm làm nghiên cứu tại phòng.

Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Chủ nghiệm Khoa Công nghệ Sinh học

và Công nghệ Thực phẩm, các thầy cô trong khoa đã dạy dỗ chúng tôi trong

suốt thời gian qua, cảm ơn các cán bộ đang công tác tại phòng thí nghiệm

khoa Công nghệ Sinh học và Công nghệ Thực phẩm đã tạo môi trường thuận

lợi cho tôi học tập, nghiên cứu, thực hiện đề tài này.

Cuối cùng, tôi xin cảm ơn bố mẹ, thầy cô, bạn bè đã ủng hộ về mặt vật

chất cũng như tinh thần giúp tôi hoàn thành đề tài này.

Tôi xin chân thành cảm ơn !

Thái Nguyên, ngày 20 tháng 05 năm 2016

Sinh viên thực hiện

Lý Thị Lƣợng

n

ii

DANH MỤC CÁC BẢNG

Bảng 2.1: Thành phần môi trường nuôi cấy và phân lập vi khuẩn

Thermococcus kodakarensis KOD1.................................................................. 9

Bảng 2.2. Thành phần của khoáng chất vi lượng............................................ 12

Bảng 2.3. Thành phần của Trace vitamins...................................................... 13

Bảng 2.4 : Danh sách các protein bị ảnh hưởng bởi stress thẩm thấu trong T.

kodakarensis KOD1........................................................................................ 22

Bảng 3.1: Cặp mồi sử dụng để nhân gene TK2017 ........................................ 29

Bảng 3.2: Thành phần của phản ứng PCR..................................................... 36

Bảng 4.1: Sự tương đồng của các chuỗi Peptid ............................................. 41

n

iii

DANH MỤC CÁC HÌNH

Hình 2.1: Vi khuẩn Thermococcus kodakarensis KOD1...........................................4

Hình 2.2: Cây phân loại vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis KOD1.5

Hình 2.3: Genome của vi khuẩn chịu nhiệt Thermococcus kodakarensis KOD1...6

Hình 2.4.........................................................................................................................10

Hình 2.5.........................................................................................................................10

Hình 2.6.........................................................................................................................11

Hình 2.7.........................................................................................................................11

Hình 2.8.........................................................................................................................11

Hình 2.9.........................................................................................................................12

Hình 2.10: Phân tích hình ảnh sử dụng phần mền PDQuest....................................19

Hình 2.11: Xác định các phiên bản beta chaperonin ( điểm 4) bằng phép đo phổ

khối................................................................................................................................20

Hình 2.12: Phát hiện các protein up – redulated bởi OsmC sốc căng thẳng trên T.

kodakarensis KOD1 bởi phần mềm phân tích PDQuest..........................................21

Hình 2.13: Những kiểu thể hiện các điểm protein trong T. kodakarensis KOD1

stress thẩm thấu ............................................................................................................25

Hình 3.1: Nhiệt độ gắn mồi cho phản ứng PCR của gene TK2017........................30

Hình 3.2. Điểm đẳng điện và khối lượng phân tử của protein OsmC.....................30

Hình 3.3: Sau khi bổ sung các thành phần.................................................................32

Hình 3.4. Máy ly tâm...................................................................................................32

Hình 3.5: Sau khi ly tâm..............................................................................................33

Hình 3.6: Sau ly tâm lần 2...........................................................................................33

Hình 3.7: Chu trình nhiệt của phản ứng PCR............................................................37

Hình 4.1: Vùng bảo toàn và sơ bộ chức năng của protein chứa gene TK2017......40

Hình 4.2.: So sánh trình tự peptid bằng phần mềm Bioedit.....................................41

n

iv

Hình 4.3: Trình tự peptide của OsmC/Ohr family stress-inducible protein

[Thermococcus kodakarensis]....................................................................................42

Hình 4.4: Trình tự peptide của OsmC/Ohr family stress-inducible protein

[Pyrococcus sp. NA2]..................................................................................................42

Hình 4.5: Trình tự peptide của OsmC/Ohr family stress-inducible protein

[Thermococcus zilligii]................................................................................................43

Hình 4.6: Trình tự peptide của osmotically inducible protein OsmC

[Thermococcus eurythermalis]...................................................................................43

Hình 4.7: Kết quả tách chiết DNA genome từ vi khuẩn Thermococcus

kodakarensis KOD1.....................................................................................................44

Hình 4.8: Sản phẩm PCR gene TK2017 từ vi khuẩn Thermococcus kodakarensis

KOD1............................................................................................................................45

n