Luận văn thạc sĩ đánh giá đa hình di truyền của một số giống cam bằng kỹ thuật rapd và issr

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN

TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM

--------------

TRẦN THỊ THU THỦY

Tên đề tài:

ĐÁNH GIÁ ĐA HÌNH DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ

GIỐNG CAM BẰNG KỸ THUẬT RAPD VÀ ISSR.

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC

Hệ đào tạo : Chính quy

Chuyên ngành/ngành: Công nghệ sinh học

Khoa : CNSH - CNTP

Khóa học : 2012 - 2016

Thái Nguyên – năm 2016

n

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN

TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM

--------------

TRẦN THỊ THU THỦY

Tên đề tài:

ĐÁNH GIÁ ĐA HÌNH DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ

GIỐNG CAM BẰNG KỸ THUẬT RAPD VÀ ISSR

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC

Hệ đào tạo : Chính quy

Chuyên ngành : Công nghệ sinh học

Lớp : K 44 - CNSH

Khoa : CNSH - CNTP

Khóa học : 2012 - 2016

Giảng viên hƣớng dẫn 1: TS. Dƣơng Văn Cƣờng

Giảng viên hƣớng dẫn 2: PGS. TS. Đào Thanh Vân

Thái Nguyên – năm 2016

n

i

LỜI CẢM ƠN

Trong quá trình học tập và nghiên cứu để hoàn thành khóa luận tốt nghiệp

ngoài sự nỗ lực, cố gắng của bản thân, tôi đã nhân đƣợc sự giúp đỡ, hƣớng dẫn, chỉ

bảo và động viên của thầy cô, bạn bè và gia đình. Nhân dịp hoàn thành khóa luận:

Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới thầy giáo TS. Dƣơng Văn Cƣờng và ,

giảng viên Khoa Công nghệ Sinh học và Công nghệ Thực phẩm, trƣờng Đại học

Nông Lâm Thái Nguyên đã tạo điều kiện, tận tình hƣớng dẫn và giúp đỡ tôi trong

suốt thời gian thực hiện đề tài và hoàn thành khoá luận này.

Tôi xin gửi lời cảm ơn đến PGS. TS. Đào Thanh Vân, Phó trƣởng phòng Đào

tạo sau đại học, Giám đốc Trung tâm nghiên cứu cây trồng ôn đới, Trƣờng Đại học

Nông lâm Thái Nguyên đã tận tình giúp đỡ tôi trong suốt thời gian thực hiện đề tài

và hoàn thành khóa luận này.

Tôi xin gửi lời cảm ơn tới ThS. Ma Thị Trang, KS. Vũ Hoài Nam, cán bộ

phòng thí nghiệm Sinh học phân tử và Công nghệ gene, Viện Khoa học Sự Sống, Đại học

Thái Nguyên, đã trực tiếp chỉ bảo kĩ năng làm việc, tạo mọi điều kiện tốt nhất để tôi học

tập và nghiên cứu.

Tôi xin chân thành cảm ơn ban lãnh đạo Viện Khoa học Sự sống - Đại học

Thái Nguyên, các thầy cô trong Khoa Công nghệ Sinh học và Công nghệ Thực

phẩm, trƣờng Đại học Nông Lâm Thái Nguyên đã tận tình chỉ bảo, giúp đỡ, tạo điều

kiện để tôi học tập và hoàn thành khoá luận này.

Cuối cùng tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến gia đình, bạn bè, những

ngƣời đã luôn ở bên cạnh động viên giúp đỡ tôi trong suốt thời gian thực hiện

khoá luận.

Tôi xin chân thành cảm ơn!

Thái nguyên, ngày tháng năm 2016

Sinh viên

Trần Thị Thu Thủy

n

ii

DANH MỤC BẢNG

Trang

Bảng 2.1. Thành phần dinh dƣỡng của cam tƣơi (tính trên 100g)...........................5

Bảng 2.2: Diện tích, năng suất, sản lƣợng cam, quýt trên thế giới 2005 – 2010 .....7

Bảng 2.3: Tình hình sản xuất cam ở một số nƣớc vùng châu Á năm 2010 .............7

Bảng 2.4: Tình hình sản xuất cam quýt giai đoạn 2006 - 2010 ...............................8

Bảng 2.5. Tình hình nghiên cứu đa dạng di truyền ở cam, quýt trên thế giới........19

Bảng 2.6. Tình hình nghiên cứu đa dạng di truyền trên Cam, quýt ở Việt Nam. ..30

Bảng 3.1. Danh sách 19 mẫu cam nghiên cứu.......................................................32

Bảng 3.2. Trình tự các mồi RAPD và mồi ISSR sử dụng .....................................33

Bảng 3.3. Các thiết bị sử dụng trong nghiên cứu ..................................................33

Bảng 3.4. Danh mục các loại hóa chất sử dụng trong đề tài..................................34

Bảng 3.5. Thành phần phản ứng RAPD và ISSR..................................................36

Bảng 4.1. Những thông số thay đổi qua các quy trình. .........................................39

Bảng 4.2. Kết quả đo độ tinh sạch và nồng độ DNA.............................................42

Bảng 4.3. Số phân đoạn DNA xuất hiện ở từng mẫu tƣơng ứng với từng mồi......52

Bảng 4.4. Tỷ lệ sự phân đoạn đa hình...................................................................53

Bảng 4.5. Hệ số tƣơng đồng di truyền của 20 mẫu cam, quýt...............................54

n

iii

DANH MỤC HÌNH

Trang

Hình 3.1. Chu trình nhiệt phản ứng PCR ..............................................................37

Hình 3.2. Minh họa phân đoạn đồng hình, phân đoạn đa hình trong PCR-RAPD 37

Hình 4.1. Kết quả điện di DNA tổng số mẫu 10, 20. ............................................40

Hình 4.2. Kết quả điện di kiểm tra sản phẩm PCR của hai mẫu 10, 20 tách từ quy

trình 2 và 3 với mồi OPM-13..............................................................40

Hình 4.3. Kết quả điện di kiểm tra DNA tổng số từ 20 mẫu cam, quýt đƣợc tách

theo quy trình 3 ...................................................................................42

Hình 4.4. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 20 mẫu cam, quýt với mồi

OPA-08...............................................................................................43

Hình 4.5. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 20 mẫu cam, quýt với mồi

OPB-18 ...............................................................................................44

Hình 4.6. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 20 mẫu cam, quýt với mồi

OPC-08 ...............................................................................................45

Hình 4.7. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 20 mẫu cam, quýt với mồi

OPG-16...............................................................................................46

Hình 4.8. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 20 mẫu cam, quýt với mồi

OPG-17...............................................................................................46

Hình 4.9. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 20 mẫu cam, quýt với mồi

OPM-13 ..............................................................................................47

Hình 4.10. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 20 mẫu cam, quýt với mồi

OPA-04...............................................................................................48

Hình 4.11. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 20 mẫu cam, quýt với mồi

OPQ-18...............................................................................................49

Hình 4.12. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 20 mẫu cam, quýt với mồi

OPT-01 ...............................................................................................49

Hình 4.13. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-RAPD của 20 mẫu cam, quýt với mồi

OP0-04................................................................................................50

n

iv

Hình 4.14. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-ISSR của 20 mẫu cam, quýt với mồi T1...50

Hình 4.15. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-ISSR của 20 mẫu cam, quýt với mồi T2.51

Hình 4.16. Hình ảnh điện di sản phẩm PCR-ISSR của 20 mẫu cam, quýt với mồi T3...51

Hình 4.17. Sơ đồ mô tả quan hệ di truyền của 20 mẫu cam, quýt nghiên cứu.......56

n

v

DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT

AFLP : Amplified Fragment Length Polymorphism

Bp : Base pair – Cặp bazơ nitơ

Cs : Cộng sự

CTAB : Cetyl trimetyl ammonium bromide

DNA : Deoxyribonucleic acid

EDTA : Ethylenediaminetetraacetic acid

FAO : Food and Agriculture Organization

FHB : Fusarium hesd blight

ISSR : Inter – simple sequence repeat

PCR : Polymerase Chain Reaction

RAPD : Random Amplified Polymorphic DNA

RFLP : Restriction fragment length polymorphism

SSR : Simple sequence repeat

TAE : Tris-acetate - EDTA

TE : Tris - EDTA

n