Nghiên cứu tính đa hình họ gene barts (RPMS1, 73) cảu Epstein - Barr Virus trên bệnh nhân ung thư vòm họng tại Việt Nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

BÁO CÁO TỔNG KẾT

ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN

NGHIÊN CỨU TÍNH ĐA HÌNH HỌ GENE BARTS

(RPMS1, A73) CỦA EPSTEIN-BARR VIRUS

TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM HỌNG

TẠI VIỆT NAM

Mã số đề tài: 14

TP.HCM, tháng 4 năm 2019

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

BÁO CÁO TỔNG KẾT

ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN

NGHIÊN CỨU TÍNH ĐA HÌNH HỌ GENE BARTs

(RPMS1, A73) CỦA EPSTEIN-BARR VIRUS

TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM HỌNG

TẠI VIỆT NAM

Mã số đề tài: 14

Giảng viên hướng dẫn: ThS. Lao Đức Thuận

Chủ nhiệm đề tài: Nguyễn Hoàng Danh

Khoa: Công Nghệ Sinh Học

Các thành viên: Quang Trọng Minh

K’ Trọng Nghĩa

Hà Thị Phương Trinh

Phan Đặng Hoàng Nam

TP.HCM, tháng 4 năm 2019

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ

THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM

Độc lập - Tự do - Hạnh phúc

THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI

1. Thông tin chung:

- Tên đề tài: NGHIÊN CỨU TÍNH ĐA HÌNH HỌ GENE BARTs (RPMS1, A73) CỦA

EPSTEIN-BARR VIRUS TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM HỌNG TẠI VIỆT

NAM

- Sinh viên thực hiện:

Sinh viên thực hiện 1: NGUYỄN HOÀNG DANH

Lớp: DH15YD01 Khoa: CNSH Năm thứ: 4 Số năm đào tạo: 4

Sinh viên thực hiện 2: QUANG TRỌNG MINH

Lớp: DH16YD01 Khoa: CNSH Năm thứ: 3 Số năm đào tạo: 4

Sinh viên thực hiện 3: K’ TRỌNG NGHĨA

Lớp: DH15YD01 Khoa: CNSH Năm thứ: 4 Số năm đào tạo: 4

Sinh viên thực hiện 4: HÀ THỊ PHƯƠNG TRINH

Lớp: DH15YD01 Khoa: CNSH Năm thứ: 4 Số năm đào tạo: 4

Sinh viên thực hiện 4: PHAN ĐẶNG HOÀNG NAM

Lớp: DH17SH02 Khoa: CNSH Năm thứ: 2 Số năm đào tạo: 4

Giảng viên hướng dẫn: ThS. LAO ĐỨC THUẬN

2. Mục tiêu đề tài:

Mục tiêu của đề tài được xác định bao gồm:

1. Thu thập, tổng hợp cơ sở dữ liệu phân tử về tính đa hình gene A73 và RPMS1

của EBV trên thế giới. Từ đó, làm cơ sở cho các nghiên cứu thực nghiệm trên

chính cộng đồng người Việt Nam.

2. Xác định mối tương quan giữa sự hiện diện của RPMS1 và A73 với bệnh UTVH

ở người Việt Nam.

3. Khảo sát tính đa hình trên gene RPMS1 và A73 trên các mẫu bệnh sinh thiết/ mẫu

lành thu nhận từ người Việt Nam.

3. Tính mới và sáng tạo:

Hiện tại, ngoài Trung Quốc vẫn chưa có một công trình thực nghiệm nào nghiên

cứu về tính đa hình họ gene BARTs. Vì vậy, đây là công trình đầu tiên tìm hiểu về tính

chất đa hình của họ gene BARTs (cụ thể ở đây là RPMS1 và A73) tại khu vực ngoài

Trung Quốc. Cùng với đó, nghiên cứu này cũng là công trình đầu tiên mô tả vị trí xuất

hiện các biến thể trên gene RPMS1 và A73 trên cộng đồng người Việt Nam.

Mặt khác, các công trình nghiên cứu trên thế giới và Việt Nam chỉ tập trung

nghiên cứu về tính đa hình của một số họ gene đặc trưng của EBV như: EBNAs, LMPs,

EBERs; rất ít công trình nghiên cứu về họ gene BARTs, nên giới hạn tầm nhìn về sự đa

dạng toàn bộ bộ gene của EBV. Do đó, nghiên cứu về tính đa hình một số gene của EBV

hiện đang là một hướng mới mang lại nhiều hứa hẹn trong lĩnh vực này. Chính vì vậy,

họ gene BARTs đã trở thành chủ đề nghiên cứu thu hút nhiều sự quan tâm của nhóm

nghiên cứu. Hiện tại, ở Việt Nam vẫn chưa có một công bố thực nghiệm nào nghiên cứu

về tính chất đa hình của họ gene này. Đây là cơ sở nền tảng đầu tiên trong việc cung cấp

những nhận định ban đầu về tính chất đa hình trên gene RPMS1 và A73 trên cộng đồng

người Việt Nam.

Ngoài ra, việc sử dụng phương pháp chính là PCR, là một phương pháp có độ

nhạy và độ chính xác cao, dễ sử dụng. Vị trí sinh bệnh của ung thư vòm họng gây khó

khăn cho việc chẩn đoán, tiên lượng và thu nhận mẫu ung thư. Chính vì lý do đó, điểm

nhấn của đề tài là chẩn đoán sớm ung thư vòm họng thông qua việc phát hiện các biến

thể xuất hiện trên gene RPMS1 và A73. Đây là phương pháp dễ thực hiện, dựa trên việc

phát hiện các phân tử DNA. Phương pháp này dễ thực hiện và ít tốn kém. Nguồn mẫu

chủ yếu là dịch phết và mẫu mô sinh thiết vòm họng. Tất cả đều thực hiện trên chính

bệnh nhân ở khu vực miền Nam Việt Nam với các đặc thù mang tính vùng miền.

4. Kết quả nghiên cứu:

4.1. Kết quả khảo sát in silico

Qua kết quả khảo sát in silico nhóm nghiên cứu đã tạo ra được cơ sở lý thuyết,

hướng đến khảo sát sự đa hình các gene của EBV, cụ thể bao gồm gene RPMS1 và A73.

Qua quá trình thu thập dữ liệu từ 4 bài báo nghiên cứu gene A73 và 3 bài báo

nghiên cứu về gene RPMS1, kết quả cho thấy tần số xuất hiện biến thể A154147C trên

gene A73 và biến thể RPMS1-C trên gene RPMS1 đối với UTVH khá cao (với tần số

xuất hiện trung bình có trọng số là 78% và 74%), trong khi đối với tế bào bình thường

tần số xuất hiện các biến thể này là 45% với gene A73 và 37% với gene RPMS1.

Trong tổng số các công trình nghiên cứu thu nhận được, phương pháp Nested￾PCR là phương pháp được sử dụng trong hầu hết các nghiên cứu về tính đa hình gene

RPMS1 và A73. Mẫu thường được sử dụng trong các bài báo là mẫu mô sinh thiết, ngoài

ra nhằm hướng tới việc chẩn đoán sớm nên các loại mẫu khác: dịch phết vòm họng,

cũng được sử dụng.

Nhóm nghiên cứu đã ghi nhận, thừa kế và tiến hành đánh giá về thông số vật lí

cũng như độ đặc hiệu của các cặp mồi được sử dụng trong các công trình nghiên cứu về

tính đa hình của các gene mục tiêu, thu nhận các cặp mồi phù hợp sử dụng trong thực

nghiệm phân tích các biến thể trên gene RPMS1 và A73.

4.2. Kết quả thực nghiệm

Thu nhận mẫu: các mẫu sử dụng trong nghiên cứu được thu nhận từ các bệnh

nhân đến khám tại phòng khám Tai – Mũi – Họng, Bệnh viện Chợ Rẫy Thành phố Hồ

Chí Minh. Bộ mẫu gồm 30 mẫu mô được chẩn đoán chính xác bằng giải phẫu bệnh là

ung thư vòm họng thông qua các phương pháp nhuộm Hematoxylin và Eosin (HE).

Đồng thời, 10 mẫu ở dạng dịch phết được thu nhận và kiểm tra âm tính với kết quả

nhuộm HE.

Xây dựng thành công quy trình PCR phát hiện các biến thể của gene RPMS1 và

A73 trên bệnh nhân UTVH người Việt Nam.

Biến thể A155391G, C155384T và T155388C là biến thể đặc trưng trên gene

RPSM1 trên cộng đồng người Việt Nam. Biến thể A157154C là biến thể nổi trội trên

gene A73 trên cộng đồng người Việt Nam.

Kết quả thực nghiệm về tính đa hình trên gene RPMS1 thu được tần số xuất hiện

của từng biến thể A155391G, C155384T và T15538C là 50%, 5% và 5%. Trong đó,

biến thể C155384T và T15538C là hai biến thể mới trên gene RPMS1 được ghi nhận

trên người bệnh UTVH Việt Nam. Trên gene A73, biến thể A157154C (chiếm 95%) là

biến thể duy nhất được xác định.

Dựa trên kết quả phân tích phả hệ di truyền, EBV xâm nhiễm trên cộng đồng

người Việt Nam có quan hệ/ nguồn gốc từ khu vực Châu Á như: Trung Quốc, Nhật Bản

và HongKong.

5. Đóng góp về mặt kinh tế - xã hội, giáo dục và đào tạo, an ninh quốc phòng và

khả năng áp dụng của đề tài:

Kết quả nghiên cứu này bổ sung thêm vào cơ sở dữ liệu phân tử trên bệnh UTVH

người Việt Nam, cụ thể tính đa hình gene RMPS1 và A73. Nói cách khác, nghiên cứu

này hòa nhịp chung với các hướng phát triển tiên tiến trong lĩnh vực phòng chống và

tiên lượng trong ung thư vòm họng.

Nghiên cứu này phù hợp với một trong các định hướng phát triển của Công nghệ

Sinh học: Công nghệ Sinh học phục vụ nghiên cứu bệnh sinh, bệnh căn, phát triển các

phương pháp chẩn đoán mới, ứng dụng các phương pháp điều trị mới, đặc biệt áp dụng

trên đối tượng bệnh ung thư.

Việc công bố thành công các bài báo quốc tế thuộc danh mục ISI/Scopus, sẽ góp

phần đưa khoa học Việt Nam hội nhập với quốc tế.

6. Công bố khoa học của sinh viên từ kết quả nghiên cứu của đề tài.

7. Các hội nghị khoa học tham gia:

Ngày … tháng … năm …

Sinh viên chịu trách nhiệm chính

Thực hiện đề tài

(ký và ghi rõ họ tên)

………………………….

Nhận xét của người hướng dẫn về những đóng góp khoa học của sinh viên thực

hiện đề tài:

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

...........................................................................................................................................

Ngày … tháng … năm …

Xác nhận của đơn vị Người hướng dẫn

(ký tên và đóng dấu) (ký và ghi rõ họ tên)

………………………… …………………………………

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ

THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM

Độc lập - Tự do - Hạnh phúc

THÔNG TIN VỀ SINH VIÊN

CHỊU TRÁCH NHIỆM CHÍNH THỰC HIỆN ĐỀ TÀI

I. SƠ LƯỢC VỀ SINH VIÊN

Họ và tên: NGUYỄN HOÀNG DANH

Ngày sinh: 18/04/1997

Nơi sinh: Tân Hiệp – Kiên Giang

Lớp: DH15YD01 Khóa: 2015-2019

Khoa: Công Nghệ Sinh Học

Địa chỉ liên hệ: số 18, đường NA10, Mỹ Phước, thị xã Bến Cát, tỉnh Bình Dương

Điện thoại: 01358804542 Email: [email protected]

II. QUÁ TRÌNH HỌC TẬP

 Năm thứ 1

Ngành học: Công Nghệ Sinh Học Khoa: Công Nghệ Sinh Học

Kết quả xếp loại học tập: Khá

 Năm thứ 2

Ngành học: Công Nghệ Sinh Học Khoa: Công Nghệ Sinh Học

Kết quả xếp loại học tập: Khá

 Năm thứ 3

Ngành học: Công Nghệ Sinh Học Khoa: Công Nghệ Sinh Học

Kết quả xếp loại học tập: Giỏi

Ảnh 3x4

 Năm thứ 4

Ngành học: Công Nghệ Sinh Học Khoa: Công Nghệ Sinh Học

Kết quả xếp loại học tập: ….

Ngày … tháng … năm …

Xác nhận của đơn vị Sinh viên chịu trách nhiệm

(ký tên và đóng dấu) chính thực hiện đề tài

(ký và ghi rõ họ tên)

……………………………… …………………………………