Nghiên Cứu Phân Tích Đa Hình Di Truyền Gen Beta Lactoglobulin Của Lợn Đen Định Hóa Bằng Phương Pháp Pcr Rflp

TRƯỜNG ĐẠI HỌC LÂM NGHIỆP VIỆT NAM

VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC LÂM NGHIỆP

----------o0o----------

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

NGHIÊN CỨU PHÂN TÍCH ĐA HÌNH DI TRUYỀN GEN

(Beta-Lactoglobulin) CỦA LỢN ĐEN ĐỊNH HÓA BẰNG

PHƯƠNG PHÁP PCR-RFLP

NGÀNH : CÔNG NGHỆ SINH HỌC

MÃ SỐ : 7420201

Giáo viên hướng dẫn : TS. Hà Bích Hồng

PGS. TS. Bùi Văn Thắng

Sinh viên thực hiện : Phạm Huyền Linh

Lớp : K61 – CNSH

Khóa học : 2016 - 2020

Hà Nội, 2020

i

LỜI CẢM ƠN

Trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu và rèn luyện tại trƣờng Đại học

Lâm Nghiệp để vƣợt qua những khó khăn, thử thách và đạt đƣợc những thành

công trong học tập, ngoài sự cố gắng của bản thân, tôi còn đƣợc sự giúp đỡ tận

tình của các thầy cô, gia đình và bạn bè.

Để hoàn thành đề tài khóa luận tốt nghiệp: “ Nghiên cứu phân tích đa

hình di truyền gen β-LG (Beta-Lactoglobulin) của lợn đen Định Hóa bằng

phương pháp PCR-RFLP”; với lòng biết ơn sâu sắc nhất, tôi xin gửi đến quý

thầy, cô Viện Công nghệ sinh học Lâm Nghiệp – Trƣờng Đại học Lâm Nghiệp

đã giúp đỡ và chỉ bảo tận tình cho tôi không chỉ trong quá trình nghiên cứu khóa

luận tại trƣờng mà còn trong cả quá trình học tập của tôi tại trƣờng. Đặc biệt

cảm ơn sự giúp đỡ của các thầy cô bộ môn Công nghệ Gen & Di truyền phân tử

của Viện Công nghệ sinh học Lâm nghiệp.

Tôi xin trân thành cảm ơn TS. Hà Bích Hồng và PGS.TS. Bùi Văn Thắng

đã tận tình giúp đỡ, hƣớng dẫn tôi trong quá thực hiện đề tài khóa luận tốt

nghiệp tại trƣờng. Với những kiến thức và kỹ năng thầy cô truyền dạy không chỉ

giúp tôi có đƣợc nền tảng kiến thức hoàn thành khóa luận mà còn là hành trang

quý báu cho sau này khi ra trƣờng.

Mặc dù đã có nhiều cố gắng để thực hiện đề tài một cách hoàn chỉnh nhất,

song cũng vẫn còn rất nhiều hạn chế về kiến thức và kinh nghiệm nên không thể

tránh khỏi những thiếu sót. Do vậy, tôi rất mong đƣợc sự góp ý từ các thầy, cô

và các bạn để khóa luận tốt nghiệp của tôi đƣợc hoàn thiện hơn.

Xin chân thành cảm ơn!

Hà Nội, ngày 10 tháng 7 năm 2020

Sinh viên

Phạm Huyền Linh

ii

MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN ........................................................................................................ i

DANH MỤC KÝ HIỆU TỪ VIẾT TẮT .............................................................iv

DANH MỤC HÌNH ẢNH .................................................................................... v

DANH MỤC BẢNG............................................................................................vi

ĐẶT VẤN ĐỀ....................................................................................................... 1

CHƢƠNG 1 TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU ........................................ 2

1.1 Tổng quan về Lợn đen Định Hóa .................................................................. 2

1.1.1 Nguồn gốc và đặc điểm ............................................................................... 2

1.1.2 Tập tính, chế độ ăn và sinh sản của Lợn đen .............................................. 4

1.1.3 Giá trị sử dụng của Lợn đen........................................................................ 5

1.2 Gen β-LG (Beta-Lactoglobulin).................................................................... 8

1.2.1 Nguồn gốc cấu tạo và chức năng của gen β-LG......................................... 8

1.2.2 Các nghiên cứu về gen β-LG trên thế giới ................................................ 11

1.3 Cơ sở khoa học của phƣơng pháp PCR-RFLP ........................................... 13

1.3.1 Khái niệm đa hình gen .............................................................................. 13

1.3.2 Kỹ thuật PCR ............................................................................................ 14

1.3.3 Kỹ thuật RFLP .......................................................................................... 17

1.3.4 Kỹ thuật PCR-RFLP ................................................................................. 18

CHƢƠNG 2 MỤC TIÊU, NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP

NGHIÊN CỨU .................................................................................................... 20

2.1 Mục tiêu cụ thể............................................................................................ 20

2.1.1 Mục tiêu tổng quát .................................................................................... 20

2.1.2 Mục tiêu cụ thể.......................................................................................... 20

2.2 Nội dung nghiên cứu ................................................................................... 20

2.3 Vật liệu nghiên cứu ..................................................................................... 20

2.3.1 Dụng cụ nghiên cứu .................................................................................. 20

iii

2.3.2 Thiết bị nghiên cứu ................................................................................... 21

2.3.3 Hóa chất nghiên cứu .................................................................................. 22

2.4 Phƣơng pháp nghiên cứu ............................................................................. 23

2.4.1 Phƣơng pháp tách chiết DNA tổng số ...................................................... 23

2.4.2 Phƣơng pháp PCR..................................................................................... 24

2.4.3 Phƣơng pháp cắt bằng enzyme giới hạn ................................................... 25

2.4.4 Phân tích đa hình các gen.......................................................................... 25

2.4.5 Phƣơng pháp điện di kiểm tra ................................................................... 26

2.4.6 Tinh sạch sản phẩm PCR bằng phƣơng pháp thôi gel.............................. 27

2.4.7 Giải trình tự nucleotit ................................................................................ 27

2.4.8 Phƣơng pháp phân tích số liệu .................................................................. 27

CHƢƠNG 3 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ....................................................... 28

3.1 Kết quả tách chiết DNA tổng số từ mẫu tai ................................................ 28

3.2 Kết quả tối ƣu nhiệt độ gắn mồi của cặp mồi β-LG_F/R ........................... 29

3.3 Kết quả nhân bản đoạn gen β-LG ............................................................... 31

3.4 Kết quả giải trình tự nucleotit đoạn gen β-LG của Lợn đen Định Hóa ...... 33

3.4.1 So sánh trình tự β-LG với các trình tự gen công bố trên ngân hàng gen

quốc tế NCBI ....................................................................................................... 34

3.4.2. Kết quả xây dựng cây quan hệ di truyền dựa trên trình tự đoạn gen β-LG

37

3.5 Kết quả phân tích đa hình di truyền gen β-LG của giống Lợn đen Định Hóa

37

CHƢƠNG 4 KẾT LUẬN – TỒN TẠI – KIẾN NGHỊ....................................... 40

4.1 Kết luận ....................................................................................................... 40

4.2 Tồn tại và kiến nghị..................................................................................... 40

TÀI LIỆU THAM KHẢO ................................................................................... 41

iv

DANH MỤC KÝ HIỆU TỪ VIẾT TẮT

Các chữ viết

tắt Nghĩa tiếng Anh Nghĩa tiếng Việt

ATP Adenosin triphosphat Adenosin triphosphat

bp Base pair Cặp base

cs Cộng sự

Da Dalton

DNA (DNA) Deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic

dNTP Deoxyribonucleotide

triphosphate

Deoxyribonucleotid

triphosphate

EDTA Ethylenediaminetetraacetic acid axit ethylenediamine

tetraacetic

FA fatty acids Axit béo

F-Primer Foward-Primer Mồi xuôi

kb Kilobase (1000 base) 1000 cặp base

µl Microlit

mRNA Messenger RNA RNA thông tin

NAD(P)H Nicotinamide adenine

dinucleotide phosphate

Nicotinamide adenine

dinucleotide phosphate

NCBI National Center for

Biotechnology Information

Trung tâm Quốc gia về

Thông tin Công nghệ

sinh học

PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi

polymerase

RFLP

Restriction fragment length

polymorphism

Phân tích đa hình trình

tự DNA

RNA Ribonucleic acid Axit ribonucleic

rRNA Ribosomal RNA ARN ribosome

RT Room temperature Nhiệt độ phòng

R-Primer Reverse primer Mồi ngƣợc

TAE Tris-Acetate-EDTA Tris-Acetate-EDTA

tRNA Transfer RNA ARN vận chuyển

UV Untraviolet Tia cực tím

V/p v/p Vòng / phút