Đặc điểm phân tử gen VP2 của virut parvo trên lợn

VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM

VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT

NGUYỄN HÙNG CƯỜNG

ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ

GEN VP2 CỦA VIRUT PARVO TRÊN LỢN

LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC

Hà Nội – 2018

VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM

VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT

NGUYỄN HÙNG CƯỜNG

ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ

GEN VP2 CỦA VIRUT PARVO TRÊN LỢN

Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm

Mã số: 8 42 02 14

LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC

Người hướng dẫn khoa học: TS. NGUYỄN THỊ DIỆU THÚY

Hà Nội – 2018

1

LỜI CAM ĐOAN

Tôi xin cam đoan luận văn là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các kết quả

nêu trong Luận văn chưa được công bố trong bất kỳ công trình nào khác. Các số liệu,

ví dụ và trích dẫn trong Luận văn đảm bảo tính chính xác, tin cậy và trung thực. Tôi đã

hoàn thành tất cả các môn học và đã thanh toán tất cả các nghĩa vụ tài chính theo quy

định của Phòng Đào tạo sau Đại học, Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật.

Vậy tôi viết Lời cam đoan này đề nghị Phòng Đào tạo sau Đại học, Viện Sinh

thái và Tài nguyên Sinh vật xem xét để tôi có thể bảo vệ Luận văn.

Tôi xin chân thành cảm ơn!

NGƯỜI CAM ĐOAN

Nguyễn Hùng Cường

2

LỜI CẢM ƠN

Đầu tiên, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS. Nguyễn Thị Diệu Thúy,

Trưởng phòng Công nghệ gen động vật, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa

học và Công nghệ Việt Nam đã tận tình hướng dẫn và truyền đạt những kinh nghiệm

quý báu cho tôi trong thời gian học tập và nghiên cứu.

Tôi xin chân thành cảm ơn sự quan tâm giúp đỡ chỉ bảo tận tình về chuyên môn

và sự động viên chân thành của tập thể cán bộ nghiên cứu Phòng Công nghệ gen động

vật, Viện Công nghệ sinh học.

Tôi xin chân thành cảm ơn các Thầy, các Cô Phòng Đào tạo sau đại học - Viện

sinh thái và Tài nguyên sinh vật đã tận tình chỉ bảo và tạo mọi điều kiện tốt nhất cho

tôi trong suốt quá trình học tập.

Cuối cùng tôi xin bày tỏ lòng biết ơn tới gia đình, bạn bè đã động viên, giúp đỡ

tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu.

Hà Nội, ngày… tháng … năm 2018

Học Viên

NGUYỄN HÙNG CƯỜNG

3

MỤC LỤC

LỜI CAM ĐOAN............................................................................................................1

NGƯỜI CAM ĐOAN .....................................................................................................1

LỜI CẢM ƠN..................................................................................................................2

DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT..................................................5

MỞ ĐẦU .......................................................................................................................10

NỘI DUNG....................................................................................................................12

CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU .......................................................................12

1.1. Khái quát về hội chứng gây suy giảm sinh sản ở lợn (PPV - Porcine parvovirut)12

1.1.1. Sự phát hiện và phát sinh dịch bệnh của bệnh PPV ...........................................12

1.1.2. Triệu chứng lâm sàng .........................................................................................12

1.1.3. Đường truyền lây của virut.................................................................................13

1.2. Tổng quan về virut PPV (Porcine Parvovirut) ......................................................15

1.2.1. Đặc điểm của virut..............................................................................................15

1.2.2. Cấu trúc virut......................................................................................................15

1.3. Các phương pháp phát hiện PPV...........................................................................16

1.3.1. Chẩn đoán lâm sàng............................................................................................17

1.3.2. Phân lập virut.......................................................................................................17

1.3.3. Phương pháp chẩn đoán huyết thanh học...........................................................17

1.3.4. Phương pháp chẩn đoán dựa trên nguyên lý PCR..............................................18

1.4. Tình hình nghiên cứu di truyền PPV trên thế giới ................................................20

1.4.1. Biến đổi di truyền trên protein cấu trúc VP2......................................................20

1.4.2. Phân loại PPV.....................................................................................................22

1.5. Tình hình nghiên cứu PPV ở Việt Nam .................................................................27

CHƯƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU.....................................29

2.1. Thời gian và địa điểm nghiên cứu .........................................................................29

2.2. Vật liệu nghiên cứu................................................................................................29

2.2.1. Mồi sử dụng........................................................................................................29

2.2.2. Thiết bị, dụng cụ và hóa chất..............................................................................30

2.3. Phương pháp nghiên cứu.......................................................................................31

2.3.1. Tách ADN tổng số..............................................................................................31

2.3.2. Điện di ADN trên gel agarose ............................................................................32

2.3.3. Phương pháp PCR khuếch đại gen phát hiện virut PPV và khuếch đại đoạn gen

VP2 ................................................................................................................................33

2.3.4. Tinh sạch đoạn gen để giải trình tự ....................................................................33

4

2.3.5. Phân tích trình tự gen và axit amin tương ứng của các chủng PPV...................34

CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN...................................................................35

3.1. Kết quả tách chiết ADN tổng số............................................................................35

3.2. Kết quả PCR phát hiện virut PPV .........................................................................35

3.3. Kết quả nhân gen VP2 của virut PPV1.................................................................40

3.4. Kết quả giải trình tự đoạn gen VP2 của virut PPV1 .............................................41

3.4.1. So sánh sự khác nhau về trình tự nucleotit của VP2 của virut PPV1.................41

3.4.2. So sánh sự khác nhau về axit amin của VP2......................................................44

3.4.3. So sánh mức độ tương đồng về trình tự nucleotit và axit amin suy diễn của đoạn

gen VP2 .........................................................................................................................47

3.5. Phân tích cây phả hệ của PPV ở đoạn gen VP2 ....................................................48

KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ...........................................................................................50

TÀI LIỆU THAM KHẢO.............................................................................................51

PHỤ LỤC ......................................................................................................................56