Xác định tỷ lệ vi khuẩn đường ruột tiết Carbapenemase được phân lập từ người khỏe mạnh trong cộng đồng

BỘ GIÁO DỤC & ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

----------

BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

Tên đề tài

XÁC ĐỊNH TỶ LỆ VI KHUẨN ĐƢỜNG RUỘT

TIẾT CARBAPENEMASE ĐƢỢC PHÂN LẬP TỪ

NGƢỜI KHỎE MẠNH TRONG CỘNG ĐỒNG

KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC

CHUYÊN NGÀNH: VI SINH – SHPT

GVHD: ThS. Dƣơng Nhật Linh

SVTH: Phạm Thị Thanh Thúy

MSSV:1153010823

Niên khoá: 2011 - 2015

Tp. Hồ Chí Minh, tháng 05 năm 2015

LỜI CẢM ƠN

Thời gian làm đề tà t p n t n ệm v s n đã c o tô n ều kỷ niệm đẹp

cùng nhiều kinh nghiệm quý. Để oàn t àn đề tà này tô đã n ận đ c rất n ều

s p đ t c c t y cô n c ị c c n c c m và cả đ n .

Đ u t ên m x n đ c lờ cảm n c n t àn n ất đến ô Dƣơng Nhật

Linh, Th y Ngu n V n Minh Cô, Th y đã tận t n n ẫn c ỉ bảo s n l n

p đ đ n v ên m để oàn t àn t t đề tà .

Em xin cảm n quý t y cô o ôn n ệ s n ọc – tr ờn Đ ọc Mở TP.

Hồ M n đã ết l n ản y và truyền đ t n n ến t ức vô c n quý làm

nền tảng v ng chắc để em có thể hoàn thành t t công việc của mình.

Em xin g i lời cảm n c n t àn đến CN. Nguy n Thị Bích Ngân ở Trung

tâm Y tế d phòng huyện Hóc Môn đã t o đ ều kiện thuận l i về mọi mặt để em

oàn t àn đề tài này.

Em xin cảm n c ị Nguy n Thị Mỹ Linh, chị Võ Ngọc Yến Nhi cùng các b n,

các em học việc t p n t n ệm ôn n ệ v s n đã luôn s t c n tr t o

đ ều kiện thuận l để m oàn t àn t t t c tập.

u c n con x n i lời cảm n đến mẹ n ờ đã s n t àn nuô nấng

và d y d con nên n ời. Cảm n cả n à đã àn c o con t n t n yêu vô ờ

ến p con v t qu mọ n tron cu c s n .

K n c c quý t y cô n c ị c c n c c m đ n ồ ào sức

n p c và ặt hái nhiều t àn côn tron cu c s n

n n t n 05 n m 2015

PHẠM THỊ THANH THÚY

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP GVH : T .S ƯƠNG NHẬT LINH

SVTT: PHẠM THỊ THANH THUÝ i

MỤC LỤC

MỤC LỤC....................................................................................................................i

DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT...................................................................................... v

DANH MỤC HÌNH ẢNH........................................................................................vii

DANH MỤC BẢNG................................................................................................viii

DANH MỤC BIỂU ĐỒ.............................................................................................xi

DANH MỤC SƠ ĐỒ ................................................................................................xii

ĐẶT VẤN ĐỀ..............................................................................................................1

CHƢƠNG I..................................................................................................................4

TỔNG QUAN TÀI LIỆU ...........................................................................................4

1.1. KHÁNG SINH VÀ SỰ ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH..........................................5

1.1.1. Lịch s phát triển kháng sinh .......................................................................5

1.1.2. Khái niệm về kháng sinh..............................................................................5

1.1.3. c ế t c đ ng của kháng sinh...................................................................6

1.1.4. S đề kháng kháng sinh của vi khuẩn ..........................................................8

1.1.5. c ế đề kháng kháng sinh của vi khuẩn .................................................10

1.2. KHÁNG SINH NHÓM CARBAPENEM..........................................................13

1.2.1. Gi i thiệu về carbapenem...........................................................................13

1.2.2. Lịch s phát hiện carbapenem....................................................................14

1.3. CARBAPENEMASE TRÊN VI KHUẨN ENTEROBACTERIACEAE.............15

1.4. CÁC VẤN ĐỀ LIÊN QUAN ĐẾN ENZYM CARBAPENEMASE..................16

1.4.1. Hệ th ng phân lo i .....................................................................................16

1.4.2. Nhóm A serin – carbapenemase.................................................................18

1.4.3. Serin – carbapenemase nhóm D.................................................................19

1.4.4. Enzym nhóm B carbapenemase .................................................................21

1.5. CÁC KỸ THUẬT PHÁT HIỆN VI KHUẨN KHÁNG CARBAPENEMASE .23

1.5.1. Kỹ thuật th nghiệm tính nh y cảm của kháng sinh ..................................23

1.5.2. Kỹ thuật phát hiện vi khuẩn sinh carbapenemase ......................................24

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP GVH : T .S ƯƠNG NHẬT LINH

SVTT: PHẠM THỊ THANH THUÝ ii

1.6. GIỚI THIỆU VỀ ĐỐI TƯỢNG VI KHUẨN NGHIÊN CỨU ...........................25

1.6.1. Vi khuẩn E. coli..........................................................................................25

1.6.2. Vi khuẩn Klebsiella spp. ............................................................................28

1.6.3. Vi khuẩn Acinetobacter baumannii............................................................32

1.6.4. Vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa...........................................................34

1.6.5. Vi khuẩn Proteus spp. ................................................................................38

CHƢƠNG II ..............................................................................................................40

VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP............................................................................40

2.1 VÂ T LIÊ U..........................................................................................................41

2.1.1 Đị đ ểm và thời gian nghiên cứu..............................................................41

2.1.2 Đ t ng nghiên cứu ................................................................................41

2.1.3 T ết ị n c mô tr ờn ....................................................................41

2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ......................................................................42

2.2.1 B trí thí nghiệm........................................................................................42

2.2.2 Quy trình lấy mẫu và phân lập...................................................................44

2.2.3 Quy tr n định danh...................................................................................45

2.2.4 Kỹ thuật n s n đồ bằn p n p p uếch tán kháng sinh trong

th ch t đĩ ấy tẩm kháng sinh..........................................................................50

2.2.5 P n p áp x c định nồn đ ức chế t i thiểu của kháng sinh (MIC) ...52

2.2.6 Th nghiệm Hodge Test biến đổi phát hiện carbapenemase.....................55

CHƢƠNG III.............................................................................................................58

ẾT QUẢ VÀ BIỆN UẬN.....................................................................................58

3.1 ĐẶC TÍNH MẪU NGHIÊN CỨU VÀ ĐẶC ĐIỂM KHÁM CHỮA BỆNH .....59

3.1.1 Đặc tính mẫu nghiên cứu...........................................................................59

3.1.2 Đặc đ ểm khám ch a bệnh ........................................................................60

3.2 KẾT QUẢ PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH.........................................................61

3.2.1 Kết quả phân lập ........................................................................................61

3.2.2 Kết quả định danh......................................................................................63

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP GVH : T .S ƯƠNG NHẬT LINH

SVTT: PHẠM THỊ THANH THUÝ iii

3.3 XÁC ĐỊNH TỶ LỆ VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT TIẾT CARBAPENEMASE 65

3.3.1 X c định tỷ lệ E. coli tiết carbapenemase..................................................65

3.3.2 X c định tỷ lệ Acinetobacter spp. tiết carbapenemase ..............................68

3.3.3 X c định tỷ lệ Klebsiella spp. tiết carbapenemase ....................................71

3.3.4 X c định tỷ lệ Pseudomonas spp. tiết carbapenemase ..............................75

3.4 XÁC ĐỊNH TỶ LỆ ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA CÁC VI KHUẨN TIẾT

CARBAPENEMASE................................................................................................78

3.4.1 X c định tỷ lệ đề kháng kháng sinh của E. coli tiết carbapenemase .........79

3.4.2 X c định tỷ lệ đề kháng kháng sinh của Klebsiella spp. tiết

carbapenemase......................................................................................................80

3.4.3 X c định tỷ lệ đề kháng kháng sinh của Acineobacter spp. tiết

carbapenemase......................................................................................................82

3.4.4 X c định tỷ lệ đề kháng kháng sinh của P. aeruginosa tiết

carbapenemase......................................................................................................83

3.5 XÁC ĐỊNH NỒNG ĐỘ ỨC CHẾ TỐI THIỂU CỦA KHÁNG SINH (MIC) ....85

3.5.1 Kết quả gía trị MIC của các lo n s n đ i vời E.coli tiết

carbapenemase......................................................................................................85

3.5.2 Kết quả giá trị MIC các lo n s n đ i v i Klebsiella spp. tiết

carbapenemase......................................................................................................87

3.5.3 Kết quả giá trị MIC các lo n s n đ i v i Acinetobcter spp. tiết

carbapenemase......................................................................................................88

3.5.4 Kết quả giá trị MIC các lo n s n đ i v i P. aeruginosa tiết

carbapenemase......................................................................................................90

3.6. KỸ THUẬT HODGE TEST BIẾN ĐỔI XÁC ĐỊNH ENZYM

CARBAPENEM .......................................................................................................93

3.6.1. Kết quả kỹ thuật Hodge Test biến đổi........................................................93

CHƢƠNG IV .............................................................................................................97

KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ.......................................................................................97

4.1 KẾT LUẬN ........................................................................................................98

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP GVH : T .S ƯƠNG NHẬT LINH

SVTT: PHẠM THỊ THANH THUÝ iv

4.2 ĐỀ NGHỊ............................................................................................................99

TÀI LIỆU THAM KHẢO ......................................................................................101

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP GVH : T .S ƯƠNG NHẬT LINH

SVTT: PHẠM THỊ THANH THUÝ v

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT

Chữ viết

tắt

Tên Tiếng Anh Tên Tiếng Việt

ESBL

Extended - spectrum beta

lactamase

Men beta lactamase phổ r ng

IM Indol – Motility

Mô tr ờng khảo sát Indol- di

đ ng

KIA Kligler iron agar Th ch Kligler iron

LDC Lysine decarboxylase Men lysine decarboxylase

MC MacConkey agar Th ch MacConkey

MIC Minimum inhibitory concentration Nồn đ ức chế t i thiểu

MHA Mueller Hinton agar Th ch Mueller Hinton

MRVP Methyl red – Voges Proskauer

Mô tr ờng Methyl red – Voges

Proskauer

PBP Penicillin binding protein Protein gắn penicillin

AMC Amoxicillin – clavulanic acid

AmpC Ampicillin class C β – lactamase

ATCC American Type Culture Collection

CLSI

Clinical and Laboratory Standards

Institute

CTX – M Cefotaxime resistance

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP GVH : T .S ƯƠNG NHẬT LINH

SVTT: PHẠM THỊ THANH THUÝ vi

EDTA Ethylene diamine tetraacetic acid

ESBL

Extended spectrum – β –

lactamase

IMI

imipenem hydrolyzing β –

lactamase

GES Guiana extended spectrum

KPC

Klebsiella pneumoniae

carbapenemase

IMP Mipenemase

MBL Metallo β – lactamase

NDM – 1 New Delhi Metallo β – lactamase

NMC

not metalloenzyme

carbapenemase

OXA Oxacillinase

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP GVH : T .S ƯƠNG NHẬT LINH

SVTT: PHẠM THỊ THANH THUÝ vii

DANH MỤC HÌNH ẢNH

Hình 1.1 Cấu trúc phân t của các kháng sinh nhóm carbapenem...........................14

Hình 1 2 Hình ảnh nhu m gram vi khuẩn Klebsiella spp........................................29

Hình 1.3 Hình thái khuẩn l c Klebsiella spp. trên mô tr ờng MacConkey.............30

Hình 1.4 Hình ảnh nhu m gram vi khuẩn P.aeruginosa ..........................................35

Hình 1.5 Hình thái khuẩn l c P. aeruginosa trên mô tr ờng MacConkey .............36

Hình 2.1 P n p p t c hiện thí nghiệm n s n đồ tìm MIC bằn p n

pháp pha loãng kháng sinh trong dãy ng nghiệm liên tiếp......................................54

Hình 3.1 Phân lập mẫu p n trên mô tr ờng trên ChromID ESBL (A) và môi

tr ờn romI c ản (không kháng sinh) (B) .....................................................63

Hình 3.2 Hình thái khuẩn l c của 2 tác nhân phân lập ở mẫu p n trên mô tr ờng

ChromID ESBL.........................................................................................................63

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP GVH : T .S ƯƠNG NHẬT LINH

SVTT: PHẠM THỊ THANH THUÝ viii

DANH MỤC BẢNG

Bảng 1.1 Bảng so sánh các carbapenemase theo 2 hệ th ng phân lo i Ambler và

Bush (và c ng s )......................................................................................................17

Bảng 1.2 Họ enzym oxacillinase...............................................................................20

Bảng 1.3 So sánh ranh gi i phát hiện c c đ ểm gãy của kháng sinh nhóm

carbapenem v i các chủng vi khuẩn đ ờng ru t ......................................................25

Bảng 3.1 Mô tả đặc tính mẫu nghiên cứu .................................................................59

Bảng 3.2 Mô tả đặc đ ểm khám ch a bệnh...............................................................60

Bảng 3.3. Kết quả phân lập t các mẫu phân thu thập..............................................61

Bảng 3.4 Tỷ lệ n ời mang E. coli tiết carbapenemase t o đặc đ ểm dân s mẫu

nghiên cứu .................................................................................................................65

Bảng 3.5 Tỷ lệ n ời mang E. coli tiết carbapenemase t o đặc đ ểm khám ch a

bệnh ...........................................................................................................................66

Bảng 3.6 Tỷ lệ n ời mang Acinetobacter spp. tiết c r p n m s t o đặc đ ểm

dân s mẫu nghiên cứu..............................................................................................68

Bảng 3.7 Tỷ lệ n ời mang Acinetobacter spp. tiết c r p n m s t o đặc đ ểm

khám ch a bệnh ........................................................................................................69

Bảng 3.8 Tỷ lệ n ời mang Klebsiella spp. tiết c r p n m s t o đặc đ ểm dân s

mẫu nghiên cứu .........................................................................................................72

Bảng 3.9 Tỷ lệ n ời mang Klebsiella spp. tiết c r p n m s t o đặc đ ểm khám

ch a bệnh ..................................................................................................................73

Bảng 3.10 Tỷ lệ n ời mang Pseudomonas aeruginosa tiết c r p n m s t o đặc

đ ểm dân s mẫu nghiên cứu.....................................................................................75

Bảng 3.11 Tỷ lệ n ời mang Pseudomonas aeruginosa tiết carbapenemase theo

đặc đ ểm khám ch a bệnh.........................................................................................76

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP GVH : T .S ƯƠNG NHẬT LINH

SVTT: PHẠM THỊ THANH THUÝ ix

Bảng 3.12 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh của E. coli tiết carbapenemase (n = 8) .........79

Bảng 3.13 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh của Klebsiella spp. tiết carbapenemase (n = 4)

...................................................................................................................................80

Bảng 3.14 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh của Acinetobacter spp. tiết carbapenemase (n

= 11) ..........................................................................................................................82

Bảng 3.15 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh của P. aeruginosa tiết carbapenemase (n = 6)

...................................................................................................................................83

Bảng 3.16 Tiêu chuẩn đọc kết quả đ ờng kính vòng vô khuẩn và nồn đ ức chế t i

thiểu (MIC) của các lo i kháng sinh th nghiệm đ i v i Enterobacteriaceae (CLSI,

2013)..........................................................................................................................85

Bảng 3.17 Kết quả đ ờng kính vòng vô khuẩn và giá trị MIC của các lo i kháng

s n đ i v i E. coli tiết carbapenemase.....................................................................86

Bảng 3.18 Tỷ lệ đề kháng các lo i kháng sinh của E. coli tiết carbapenemase qua

p n p p r y – Bauer và MIC .........................................................................86

Bảng 3.19 Kết quả đ ờng kính vòng vô khuẩn và giá trị MIC của các lo i kháng

s n đ i v i Klebsiella spp. tiết carbapenemase .......................................................87

Bảng 3.20 Tỷ lệ đề kháng các lo i kháng sinh của Klebsiella spp. tiết

c r p n m s qu p n p p K r y – Bauer và MIC........................................87

Bảng 3.21 Tiêu chuẩn đọc kết quả đ ờng kính vòng vô khuẩn và nồn đ ức chế t i

thiểu (MIC) của imipenem v i Acinetobacter spp. (CLSI, 2013) ............................89

Bảng 3.22 Kết quả đ ờng kính vòng vô khuẩn và giá trị MIC củ m p n m đ i v i

Acinetobacter spp. tiết carbapenemase .....................................................................89

Bảng 3.23 Tỷ lệ đề kháng imipenem của Acinetobacter spp. tiết carbapenemase qua

p n p p K r y – Bauer và MIC ........................................................................90

Bảng 3.24 Tiêu chuẩn đọc kết quả đ ờng kính vòng vô khuẩn và nồn đ ức chế

t i thiểu (MIC) của imipenem v i P. aeruginosa (CLSI, 2013)...............................90

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP GVH : T .S ƯƠNG NHẬT LINH

SVTT: PHẠM THỊ THANH THUÝ x

Bảng 3.25 Kết quả đ ờng kính vòng vô khuẩn và giá trị MIC của các lo i kháng

s n đ i v i P. aeruginosa tiết carbapenemase.........................................................91

Bảng 3.26 Tỷ lệ đề kháng imipenem của P. aeruginosa tiết carbapenemase qua

p n p p r y – Bauer và MIC .........................................................................91

Bảng 3.27 Kết quả n t n tron Ho t st ến đổi ........................................93

Bảng 3.28 Tỷ lệ n t n v i carbapenem của E. coli qu p n p p r y –

Bauer và Hodge Test biến đổi (n = 89).....................................................................94

Bảng 3.29 Tỷ lệ n t n v i carbapenem của Klebsiella spp. qu p n p p

kirby – Bauer và Hodge test biến đổi (n = 23)..........................................................94

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP GVH : T .S ƯƠNG NHẬT LINH

SVTT: PHẠM THỊ THANH THUÝ xi

DANH MỤC BIỂU ĐỒ

Biểu đồ 3.1 Tỷ lệ n ời lành mang E. coli tiết carbapenemase ph thu c vào nguồn

thu c ..........................................................................................................................67

Biểu đồ 3. 2 Tỷ lệ n ời lành mang Acinetobacter spp. tiết carbapenemase ph

thu c vào việc s d ng kháng sinh trong vòng 3 tháng trở l i .................................70

Biểu đồ 3.3 Tỷ lệ n ời lành mang Acinetobacter spp. tiết carbapenemase ph

thu c vào nguồn thu c ..............................................................................................70

Biểu đồ 3.4 Tỷ lệ n ời lành mang Klebsiella spp. tiết carbapenemase ph thu c

vào việc s d ng kháng sinh trong vòng 3 tháng trở l i ...........................................74

Biểu đồ 3.5 Tỷ lệ n ời lành mang Pseudomonas aeruginosa tiết carbapenemase

ph thu c vào việc s d ng kháng sinh trong vòng 3 tháng trở l i ..........................77

Biểu đồ 3.6 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh của E. coli tiết carbapenemase ...................79

Biểu đồ 3.7 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh của Klebsiella spp. tiết carbapenemase......81

Biểu đồ 3.8 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh của Acineobacter spp. tiết carbapenemase.82

Biểu đồ 3.9 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh của P. aeruginosa tiết carbapenemase .......84