Xác định kiểu gen của HCV bằng kỹ thuật giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR thu nhận được từ thử

Xác định kiểu gen của HCV bằng kỹ thuật giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR thu nhận được từ

thử nghiệm RT real-time PCR dùng mồi và taqman probe đặc hiệu vùng 5’ NC

Phạm Hùng Vân*(1)

, Bành Vũ Điền(2), Võ Đức Xuyên An(3), Nguyễn Thị Minh Thư(3), Lê Thị Phi Yến(3)

,

Đỗ Thị Thanh Thủy(1), Hòang Hiếu Ngọc(1)

Tóm tắt

Đặt vấn đề: Để có thể tiên đóan được hiệu quả điều trị đặc hiệu và quyết định được thời gian điều trị đặc hiệu cho

bệnh nhân viêm gan mạn tính do nhiễm HCV, các nhà điều trị cần phải có thông tin về kiểu gen của HCV trên bệnh

nhân. Trước đây, xét nghiệm xác định kiểu gen HCV phải được gửi sang Singapore để thực hiện với giá thành khá

cao: trên 180USD/mẫu thử.

Mục tiêu nghiên cứu: Xây dựng phương pháp giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR của thử ngiệm RT real-time

PCR sử dụng mồi và taqman probe đặc hiệu vùng 5’NC của virus để định genotype HCV.

Phương pháp nghiên cứu: Từ đầu năm 2006, các tác giả đã xây dựng được phương pháp xác định kiểu gen của

HCV bằng kỹ thuật giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR thu nhận từ thử nghiệm RT real-time PCR dùng mồi và

taqman probe đặc hiệu vùng 5’NC của HCV rồi sau đó so sánh với các trình tự của trong một thư viện các kiểu gen

HCV để xác định được kiểu gene của HCV.

Kết quả nghiên cứu: Từ tháng cuối 5/2006 đến cuối tháng 9/2006, các tác giả đã áp dụng phương pháp này để xác

định kiểu gen HCV cho 234 trường hợp co kết quả thử nghiệm RT real-time PCR dương tính HCV-RNA, kết quả

ghi nhận được cho thấy có đến 55% các mẫu là thuộc genotype 1b, 20% thuộc genotype 6a, 9% genotype 2, 6%

genotype 1a, 5% genotype 2a, 2% genotype 1, 1% genotype 1a/1b, 1% genotype 2a/2c, và <1% là thuộc genotype

2b. Tuy kết quả cho thấy đa số kiểu gen của HCV tập trung ở genotype 1b và 6a, nhưng các tác giả cho là kết quả

này chưa thể phản ảnh thật sự phân bố tỷ lệ kiểu gen HCV trên các người nhiễm HCV tại Việt Nam vì các mẫu thử

được nghiên cứu có thể đa số được lấy từ các bệnh nhân đang trong quá trình điều trị đặc hiệu chứ không phải trước

khi bắt đầu điều trị, và trong số các bệnh nhân này có thể có nhiều bệnh nhân đã bị thất bại điều trị đặc hiệu.

Kết luận: Xác định kiểu gen của HCV bằng kỹ thuật giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR thu nhận được từ thử

nghiệm RT real-time PCR dùng mồi và taqman probe đặc hiệu vùng 5’ NC là tiếp cận thích hợp nhất có thể áp dụng

trong chẩn đóan lâm sàng nhiễm HCV trước khi bác sĩ quyết định cho chỉ định điều trị đặc hiệu.

Abstract

Genotyping of HCV by direct sequencing the PCR product coming from the RT realtime PCR using primers

and taqman probe specific to the 5’NC of the virus.

Background: In order to predict the effect of the specific treatment as well as to decide the duration of the specific

treatment given on the chronic hepatitis patients causing by HCV infection, the physicians need to have in hand the

information about the genotype of HCV in the patients’ sera. In the past, such required tests had be done in

Singapore with the high cost: more than 180USD/test.

Objectives: Set-up the method to do the direct sequencing of the PCR product coming from the RT realtime PCR

using primers and taqman probe specific to the 5’NC of the virus for genotyping of HCV

Methods: Started from 2006, the authors have developed the direct sequencing of the PCR product coming from the

RT real-time PCR using primer and taqman probe targetted the 5’NC of the viral genome and align the detected

sequence to the library of HCV genotype sequences to get the result of HCV genotyping.

Results: From end of 5/2006 to end of 9/2006, the authors applied this approach to do the genotype of 234 sera

samples that were HCV-RNA positive detected by RT real-time PCR, and the received results revealed that 55%

were belong to genotype 1b, 20% to genotype 6a, 9% genotype 2, 6% genotype 1a, 5% genotype 2a, 2% genotype 1,

1% genotype 1a/1b, 1% genotype 2a/2c, and <1% were belong to genotype 2b. Although the received results have

demonstrated that the majority of the samples were belong to HCV genotype 1b and 6a, the authors have believed

that this does not reflect the real distribution of the incidence of the genotype of HCV among the HCV infected

patients in Viet Nam since the studied samples may be mostly collected from treated patients, not from new patients,

and among these treated patients there were many failure with the treatment.

Conclusions: Genotyping HCV by direct sequencing the PCR products of the RT real-time PCR using primers and

taqman probe specific to the 5’NC is the most appropriate approach that can be applied in clinical diagnosis of HCV

infection prior the specific treatment prescription

Đặt vấn đề

Xác định genotype virus viêm gan C (HCV) là

một chỉ định rất cần thiết trước khi bác sĩ điều trị

tiến hành cho chỉ định điều trị đặc hiệu viêm gan

C vì thời gian điều trị kéo dài bao lâu là tuỳ thuộc

vào type virus viêm gan C mà bệnh nhân đang

nhiễm[1]. Hiện nay, trên thế giới có 2 phương pháp

1*Tác giả chính, ()Đại Học Y Dược, (2)Bệnh Viện Chợ Rẫy, (3)Công ty Nam Khoa

1