Xác Định Adn Mã Vạch Của Loài Sói Rừng Sarcandra Glabra Thunb Nakai

i

LỜI CẢM ƠN

Để hoàn thành bài khóa luận tốt nghiệp này, em xin tỏ lòng biết ơn sâu

sắc tới giáo viên hƣớng dẫn ThS. Nguyễn Thị Thơ, đã tận tình hƣớng dẫn, chỉ

bảo trong suốt quá trình thực hiện khóa luận.

Em xin gửi lời cảm ơn chân thành đến quý thầy cô Viện Công nghệ sinh

học Lâm nghiệp – Trƣờng Đại học Lâm nghiệp đã giúp đỡ, chỉ bảo hết sức tận

tình cho em không chỉ quá trình làm khóa luận mà cả quá trình học tập, bồi

dƣỡng tại Trƣờng. Cuối cùng, em xin gửi lời cảm ơn tới gia đình, bạn bè và

ngƣời thân đã động viên, giúp đỡ và tạo điều kiện thuân lợi trong quá trình học

tập, sinh hoạt, làm nghiên cứu khoa học và hoàn thành bài Khóa luận tốt nghiệp

này.

Vì điều kiện thời gian, khả năng của bản thân còn có những hạn chế nên

bài Khóa luận tốt nghiệp này còn có những thiếu sót, em rất mong nhận đƣợc ý

kiến đóng góp quý báu của thầy cô giáo, các nhà khoa học cũng nhƣ các bạn

sinh viên để bài khóa luận của em đƣợc hoàn thiện hơn.

Em xin trân trọng cảm ơn!

Hà Nội, ngày 20 tháng 5 năm 2019

Sinh viên

Trần Minh Đức

ii

MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN ........................................................................................................i

MỤC LỤC.............................................................................................................ii

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT ...................................................................... v

DANH MỤC BẢNG............................................................................................ vi

DANH MỤC HÌNH ............................................................................................vii

ĐẶT VẤN ĐỀ....................................................................................................... 1

CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU............................................................... 2

1.1 Tổng quan về cây Sói rừng ............................................................................. 2

1.1.1. Phân loại học ............................................................................................... 2

1.1.2. Phân bố........................................................................................................ 2

1.1.3. Đặc điểm hình thái cây Sói rừng................................................................. 2

1.1.4. Thành phần hóa học của cây Sói rừng ........................................................ 3

1.1.5. Tác dụng sinh học của cây Sói rừng ........................................................... 4

1.2. Tổng quan về ADN mã vạch (DNA barcode)................................................ 7

1.2.1. Giới thiệu ADN mã vạch ............................................................................ 7

1.2.2. Đặc điểm cơ bản của trình tự mã vạch........................................................ 9

1.3. Những locus đƣợc sử dụng trong phƣơng pháp ADN mã vạch ở thực vật ....... 10

1.3.1. Trình tự gen nhân ...................................................................................... 10

1.3.2. Trình tự gen luc lạp ................................................................................... 10

1.3.3. Trình tự gen rbcL ...................................................................................... 12

1.3.4. Trình tự gen matK..................................................................................... 12

1.3.5. Trình tự gen ycf5....................................................................................... 13

1.3.6. Trình tự gen rpoB và rpoC1 ...................................................................... 13

1.3.7. Trình tự hai gen trnH-psbA....................................................................... 13

1.3.8. Trình tự hai gen trnL(UAA)-trnF(GAA) .................................................. 14

1.3.9. Vùng gen mã hóa ribosome....................................................................... 14

1.4. Ứng dụng mã vạch ADN.............................................................................. 15

1.4.1. Ứng dụng ở thực vật nói chung................................................................. 15

1.4.2. Ứng dụng mã vạch ADN trong nhận biết cây dƣợc liệu .......................... 15

iii

1.4.3. Những ứng dụng quan trọng khác của mã vạch ADN.............................. 17

1.5. Những thành tựu nghiên cứu ADN mã vạch ở thực vật .............................. 18

1.5.1. Những thành tựu nghiên cứu ở Việt Nam................................................. 18

1.5.2. Những thành tựu nghiên cứu trên thế giới ................................................ 20

1.5.3. Nghiên cứu về phân tử chi Sarcandra ....................................................... 23

CHƢƠNG 2. MỤC TIÊU, VẬT LIỆU, NỘI DUNG, VÀ PHƢƠNG PHÁP

NGHIÊN CỨU.................................................................................................... 26

2.1. Mục tiêu nghiên cứu..................................................................................... 26

2.2. Nội dung nghiên cứu.................................................................................... 26

2.3 Vật liệu, hóa chất, các thiết bị sử dụng trong nghiên cứu............................. 26

2.3.1. Vật liệu nghiên cứu ................................................................................... 26

2.3.2. Hóa chất..................................................................................................... 26

2.4. Phƣơng pháp nghiên cứu.............................................................................. 27

2.4.1. Phƣơng pháp tách chiết ADN tổng số....................................................... 27

2.4.2. Phƣơng pháp điện di kiểm tra sản phẩm ADN sau khi tách chiết ............ 28

2.4.3. Phƣơng pháp PCR với mồi đặc hiệu......................................................... 29

2.4.4. Phƣơng pháp tinh sạch sản phẩm PCR ..................................................... 30

2.4.5. Phƣơng pháp giải trình tự.......................................................................... 31

2.4.6. Phƣơng pháp phân tích số liệu .................................................................. 31

CHƢƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN...................................................... 32

3.1. Tách chiết ADN tổng số............................................................................... 32

3.2. Kết quả nhân bản vùng gen nghiên cứu bằng kỹ thuật PCR ....................... 33

3.2.1. Kết quả nhân bản đoạn gen matK ............................................................. 33

3.2.2. Kết quả nhân bản đoạn gen rbcL............................................................... 34

3.2.3. Kết quả nhân bản đoạn gen trnH-psbA..................................................... 34

3.2.4. Kết quả nhân bản đoạn gen ITS2 .............................................................. 35

3.3. Kết quả phân tích trình tự gen...................................................................... 36

3.3.1. Kết quả so sánh trình tự gen matK............................................................ 36

3.3.2. Kết quả so sánh trình tự gen rbcL............................................................. 39

3.3.3. Kết quả so sánh trình tự gen trnH-psbA ................................................... 42

iv

3.3.4. Kết quả so sánh trình tự gen ITS2............................................................. 44

3.4. Kết quả so sánh khả năng phân biệt của đoạn trình tự gen matK, rbcL, ITS2

và trnH-psbA....................................................................................................... 47

CHƢƠNG 4. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ...................................................... 48

4.1. Kết luận ........................................................................................................ 48

4.2. Tồn tại........................................................................................................... 48

4.3. Kiến nghị...................................................................................................... 48

TÀI LIỆU THAM KHẢO................................................................................... 49

v

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT

Các từ viết tắt Nghĩa tiếng Việt

bp Cặp base

CBOL Consortium for the Barcode of Life

cpDNA bộ gen lục lạp

Cytb Cytochrome b

DNA (ADN) Axit deoxyribonucleic

EDTA axit ethylenediamine tetraacetic

F-Primer Mồi xuôi

IGS vùng liên gen

ITS vùng DNA nằm giữa các gen

kb 1000 cặp base

NCBI Trung tâm Quốc gia về Thông tin Công nghệ sinh học

PCR Phản ứng chuỗi polymerase

PVP Polyvinyl pyrrolidone

R- Primer Mồi ngƣợc

RAPD Sự khuếch đại ngẫu nhiên của DNA đa hình

RFLP Phân tích đa hình trình tự DNA

RNA Axit ribonucleic

rRNA ARN ribosome

SR01 Mẫu Sói rừng 01

TAE Tris-Acetate-EDTA

tRNA ARN vận chuyển

UV Tia cực tím