Tài liệu Chương 3: Khuếch đại in vitro DNA bằng phản ứng chuỗi polymerase (PCR) pptx

Chương 3

Khuếch đại in vitro DNA bằng

phản ứng chuỗi polymerase (PCR)

PCR (polymerase chain reaction) là một kỹ thuật được sử dụng phổ biến trong công nghệ sinh học

hiện đại và đã đóng góp rất lớn cho những tiến bộ về sinh học phân tử, đánh dấu một bước tiến vô cùng

quan trọng tương đương với việc khám phá ra các enzyme hạn chế (xem chương 1) và kỹ thuật Southern

blot (xem chương 5).

PCR dựa trên cơ sở phản ứng kéo dài primer nhờ enzyme Taq polymerase để khuếch đại in vitro

các nucleic acid đặc hiệu trong thiết bị điều nhiệt tuần hoàn (thermocycler) còn gọi là máy PCR (Hình

3.1). PCR cho phép khuếch đại theo hàm mũ lên đến hàng triệu lần các đoạn DNA có chiều dài từ

200-3.000 bp. Đoạn DNA được khuếch đại (DNA đích) được nhận dạng nhờ cặp primer đặc hiệu

(oligonucleotide) thường có chiều dài khoảng 20 nucleotide.

Hình 3.1. Thiết bị điều nhiệt tuần hoàn

I. Nguyên tắc của PCR

Taq polymerase (xem chương 1) là một loại enzyme DNA polymerase chịu nhiệt (có ở vi khuẩn chịu

nhiệt độ cao Thermus aquaticus) được dùng để tổng hợp các đoạn DNA mới trong môi trường có bốn loại

deoxyribonucleotide (dATP, dCTP, dGTP và dTTP) và hai primer, trên cơ sở khuôn mẫu của một đoạn

DNA nhất định đã biết hoặc chưa biết trình tự. Các đoạn DNA mới hình thành lại được sử dụng làm

khuôn mẫu. Sau nhiều chu kỳ, số lượng đoạn DNA nói trên được nhân lên gấp nhiều lần, nhờ vậy có thể

đủ số lượng để tách ra, phân tích trình tự hoặc tạo dòng... Primer ở bên trái tác động trên sợi DNA 3’-5’

được gọi là primer thuận (forward primer, ký hiệu là F). Primer ở bên phải tác động trên sợi DNA 5’-3’

được gọi là primer ngược (reverse primer, ký hiệu là R).

Nguyên tắc của PCR được trình bày trong hình 3.2 và 3.3. Theo đó, từ chu kỳ thứ hai Taq DNA

polymerase (gọi tắt là Taq pol) bắt đầu tạo ra các đoạn DNA có chiều dài xác định. Các primer thường là

một oligonucleotide tổng hợp (synthetic oligonucleotide) có khoảng 10-20 nucleotide hoặc hơn. Nếu biết

trình tự của đoạn gen cần khuếch đại thì có thể tổng hợp nhân tạo các primer tương ứng để thực hiện PCR

và tách chúng ra bằng kỹ thuật điện di. PCR thường tiến hành khoảng 25-35 chu kỳ, qua đó từ 10-6 mg

DNA ban đầu có thể khuếch đại (amplification) lên tới trên 1 mg (khoảng 2 kb). Mỗi chu kỳ PCR bao

gồm ba giai đoạn có nhiệt độ khác nhau:

- Gây biến tính (denaturation) ở 90-95o

C

Trong giai đoạn biến tính, phân tử DNA khuôn mẫu ở dạng xoắn kép được tách thành hai sợi đơn