Phân tích đa hình một số gen liên quan đến chất lượng thịt lợn bằng phương pháp PCR -RFLP

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

- -

1

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN

TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM

------    ------

NGUYỄN THỊ HOA

PHÂN TÍCH ĐA HÌNH MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN

ĐẾN CHẤT LƢỢNG THỊT LỢN BẰNG PHƢƠNG

PHÁP PCR-RFLP

LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC

Thái Nguyên - 2010

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

- -

2

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN

TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM

------    ------

NGUYỄN THỊ HOA

PHÂN TÍCH ĐA HÌNH MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN

ĐẾN CHẤT LƢỢNG THỊT LỢN BẰNG PHƢƠNG

PHÁP PCR-RFLP

Chuyên ngành: Di truyền học

Mã số: 62.42.70

LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC

Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: PGS.TS. Nguyễn Văn Cƣờng

Thái Nguyên - 2010

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

- -

3

LỜI CẢM ƠN

Lời đầu tiên, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS Nguyễn

Văn Cường, phòng Công nghệ gen động vật, viện Công nghệ sinh học, viện

Khoa học và Công nghệ Việt Nam; PGS đã nhiệt tình chỉ bảo, định hướng

và tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong suốt quá trình công tác, học tập và

nghiên cứu để thực hiện luận văn.

Tôi xin chân thành cảm ơn sự giúp đỡ nhiệt tình của các nghiên cứu

viên, các cán bộ phòng Công nghệ gen động vật... đã chỉ bảo, hướng dẫn

tôi về mặt kỹ thuật, chuyên môn, giúp đỡ tôi học tập và làm việc.

Để hoàn thành tốt luận văn, tôi cũng đã nhận được sự ủng hộ, động

viên khuyến khích của gia đình, bạn bè trong suốt quá trình học tập,

nghiên cứu và hoàn thành luận văn. Tôi xin chân thành cảm ơn‼

Thái Nguyên, ngày 22 tháng 8 năm 1010

Tác giả

Nguyễn Thị Hoa

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

- -

4

CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT

Kí hiệu

chữ

Tên Tiếng Anh Tên Tiếng Việt

AFLP

bp

BF

dNTP

DGAT

H-FABP

EDTA

EtBt

IMF

Lpin1

LB

OD

PAP

PPARα

PGC-1α

QTL

RAPD

RFLP

RNase

SDS

TAG

TE

TBE

Amplifed Fragment Length

Polymorphism

Base paire

Backfat

Deoxynucleoside triphosphate

Diacyl glycerol acyltransferase

Heart fatty acid binding protein

Ethylene diamine tetracetic acid

Ethidium bromid

Intramuscular fat content

Lipin1 gene

Loading buffer

Optical density

Phosphatidate phosphatase

Peroxisome proliferator

Coactivator-1α

Quantitative trait loci

Random Amplified Polymorphic

DNA

Restriction Fragment Length

Polymorphism

Ribonucleasa

Sodium dodecyl sulfate

Triacylglycerol

Tris- EDTA

Tris boric acid- EDTA

Đa hình chiều dài các đoạn DNA

được khuyếch đại

cặp bazơ

Độ dày mỡ lưng

Deoxynucleosit triphotphat

Enzyme Diacyl glycerol

acyltransferase

Protein liên kết acid béo ở tim

Axit ethylen diamin tetracetic

Ethiđium bromit

Hàm lượng mỡ giắt trong cơ

Gen Lpin1

DNA vi vệ tinh

Mật độ quang học

Enzyme Phosphatidate

phosphatase

Thụ thể Peroxisome

Coactivator-1α

Vị trí tính trạng số lượng

Đa hình DNA được khuyếch đại

ngẫu nhiên

Đa hình độ dài các đoạn cắt giới

hạn

Ribonucleaza

Sodium dodexyl sunfat

Triacylglycerol

Đệm TE

Đệm TBE

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

- -

5

MỤC LỤC Trang

MỞ ĐẦU

1. Tính cấp thiết của đề tài

2. Mục tiêu và nhiệm vụ của đề tài

CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1. Chỉ thị di truyền (Genetic marker)

1.1.1. Chỉ thị loại 1 (known function)

1.1.2. Chỉ thị loại 2 (unknown function)

1.2. Ứng dụng các chỉ thị di truyền đến các tính trạng

số lượng ở lợn

1.2.1. Nghiên cứu gen lợn ở nước ngoài

1.2.2. Nghiên cứu gen lợn ở Việt Nam

1.3. Gen Heart- fatty acid binding protein (H-FABP)

1.3.1. Vị trí, cấu trúc, chức năng của gen H-FABP

1.3.2. Đa hình di truyền gen H-FABP

1.4. Gen Lipin 1 (Lpin1)

1.4.1. Vị trí, cấu trúc, chức năng của gen Lpin1

1.4.2. Đa hình di truyền gen Lpin1

CHƢƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1. Nguyên liệu, hoá chất và trang thiết bị

2.1.1. Nguyên liệu

2.1.2. Hoá chất

2.1.3. Máy móc, trang thiết bị

2.2. Phương pháp nghiên cứu

2.2.1. Phương pháp tách chiết DNA từ mẫu mô tai lợn

2.2.2. Phương pháp kiểm tra DNA bằng điện di gel agarose

1

1

2

3

3

5

5

6

7

9

11

11

15

18

18

25

28

28

28

28

30

30

32

33

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

- -

6

2.2.3. Định lượng DNA bằng quang phổ kế

2.2.4. Phản ứng PCR (Polymerase Chain Reaction)

2.2.5. Phương pháp phân tích đa hình đoạn cắt giới hạn (RFLP)

CHƢƠNG III. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

3.1.Tách chiết DNA tổng số từ các mẫu mô tai lợn

3.2. Phân tích đoạn gen H-FABP bằng phương pháp PCR-RFLP

3.2.1. Phân tích đoạn gen H-FABP bằng phương pháp PCR

3.2.2. Phân tích đoạn gen H-FABP bằng enzyme cắt giới hạn HaeIII

3.3. Phân tích gen Lpin1 bằng phương pháp PCR- RFLP

3.3.1. Phương pháp phân tích gen Lpin1 bằng phương pháp PCR

3.3.2. Phân tích gen Lpin1 bằng enzyme cắt giới hạn MspI

KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ

1. KẾT LUẬN

2. ĐỀ NGHỊ

TÀI LIỆU THAM KHẢO

1. TIẾNG VIỆT

2. TIẾNG ANH

PHỤ LỤC

35

36

38

40

40

41

41

42

47

47

48

51

51

52

53

53

55

61

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

- -

7

DANH MỤC CÁC BẢNG BIỂU

Bảng Tên bảng Trang

Bảng 1.1.

Bảng 1.2

Bảng 1.3.

Bảng 2.1.

Bảng 2.2.

Bảng 2.3.

Bảng 2.4.

Bảng 2.5.

Bảng 2.6.

Bảng 2.7.

Bảng 2.8.

Bảng 3.1.

Bảng 3.2.

Bảng 3.3.

Bảng 3.4.

Bảng 3.5.

Các loại chỉ thị di truyền phân tử chính ở động vật

Một số gen và các chỉ thị di truyền phân tử có tương

quan với các tính trạng quan trọng ở lợn.

Vị trí của các yếu tố phiên mã bám trên vùng phía

trước đầu 5’ của gen mã hóa H-FABP

Danh mục hoá chất đã sử dụng trong luận văn

Trình tự mồi và điều kiện phản ứng

Đệm và các dung dịch pha chế

Trang thiết bị và dụng cụ thí nghiệm

Tương quan giữa nồng độ gel agarose và kích thước

đoạn DNA cần phân tích theo Sambrook và CS

Thành phần phản ứng PCR của gen H-FABP và

Lpin1

Chu trình nhiệt phản ứng PCR của gen H-FABP và

Lpin1

Thành phần phản ứng cắt sản phẩm PCR

Tần số các alen ở cả 3 vị trí RFLP của gen H-FABP

của một số giống lợn

Các điểm cắt của enzyme HaeIII trên đoạn gen H￾FABP

Kết quả phân tích đa hình RFLP kiểu gen H-FABP

bằng enzyme HaeIII.

Điểm cắt của MspI ở đoạn gen Lpin1

Tần số alen và tần số kiểu gen Lpin1

6

8

12

28

29

29

30

34

37

38

39

43

44

45

48

49

DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ VÀ ĐỒ THỊ