Nghiên cứu sự lưu hành và tính kháng thuốc của virus cúm mùa ở khu vực phía nam Việt Nam từ tháng 01/2020 đến tháng 06/2021

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

--------∞0∞--------

PHẠM THỊ NHUNG

NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH VÀ

TÍNH KHÁNG THUỐC CỦA VIRUS CÚM MÙA

Ở KHU VỰC PHÍA NAM VIỆT NAM

TỪ THÁNG 01/2020 ĐẾN THÁNG 06/2021

LUẬN VĂN THẠC SĨ

CÔNG NGHỆ SINH HỌC

TP. HỒ CHÍ MINH, NĂM 2022

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

--------∞0∞--------

PHẠM THỊ NHUNG

NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH VÀ

TÍNH KHÁNG THUỐC CỦA VIRUS CÚM MÙA

Ở KHU VỰC PHÍA NAM VIỆT NAM

TỪ THÁNG 01/2020 ĐẾN THÁNG 06/2021

Chuyên ngành: Công nghệ sinh học

Mã số chuyên ngành: 8 42 02 01

LUẬN VĂN THẠC SĨ

CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Giảng viên hướng dẫn 1 : TS. TRẦN THỊ HỒNG KIM

Giảng viên hướng dẫn 2 : GS. TS. LÊ HUYỀN ÁI THÚY

TP. HỒ CHÍ MINH, NĂM 2022

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ

THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA ĐÀO TẠO SAU ĐẠI HỌC

CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM

Độc lập – Tự do – Hạnh phúc

GIẤY XÁC NHẬN

Tôi tên là: PHẠM THỊ NHUNG

Ngày sinh: 27/06/1982 Nơi sinh: HẢI DƯƠNG

Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã học viên: 1984202012003

Tôi đồng ý cung cấp toàn văn thông tin luận văn tốt nghiệp hợp lệ về bản quyền cho

Thư viện trường đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh. Thư viện trường đại học Mở

Thành phố Hồ Chí Minh sẽ kết nối toàn văn thông tin luận văn tốt nghiệp vào hệ thống

thông tin khoa học của Sở Khoa học và Công nghệ Thành phố Hồ Chí Minh.

Ký tên

PHẠM THỊ NHUNG

49 cQNG n0.q. xA uQl crr0 xcnla. vr-Er NAM

D6c lip - Tu do -Hanh phtic

f rrBN cHo pHEp rAo vE LUAN vAN THAC si

CUA GIANG VINN ITUdNC DAN

1,4

;

";"" ' " """_"

.""

" f"""""""""""""""""":"

Ymenciragi6ovi6nhucmga6nveviQcchoph6phgcvi€n.. N+Af"l T:kt ...tyil.*ntrr......

dugc bio vp luan vdn tru6c HQi d6ng:

Thdnh phd UA Cnt Utnh, ngay.Z.8..thdng ..$. ndm 20.L?/

Ngucri nh{nx6t

Huydn Airnriy lCtrt-

i

LỜI CAM ĐOAN

Tôi cam đoan rằng luận văn “Nghiên cứu sự lưu hành và tính kháng thuốc

của virus cúm mùa ở khu vực phía nam Việt Nam từ tháng 01/2020 đến 06/2021”

là bà

i nghiên cứu của chính tôi.

Ngoại trừ những tài liệu tham khảo được trích dẫn trong luận văn này, tôi cam

đoan rằng toàn phần hay những phần nhỏ của luận văn này chưa từng được công bố

hoặc được sử dụng để nhận bằng cấp ở nơi khác.

Không có sản phẩm/nghiên cứu nào của người khác được sử dụng trong luận

văn này mà không trích dẫn đúng qui định.

Luận văn này chưa bao giờ được nộp để nhận bất kỳ bằng cấp nào tại các trường đại

học hoặc cơ sở đào tạo khác.

Thành phố Hồ Chí Minh, năm 2022

Phạm Thị Nhung

ii

LỜI CẢM ƠN

Lời đầu tiên, tôi xin bày tỏ lòng cảm ơn chân thành đến tất cả những người đã giúp

đỡ tôi về kiến thức lẫn tinh thần trong suốt khoảng thời gian học tập và làm khóa luận

tốt nghiệp.

Trước tiên tôi xin cảm ơn GS. TS Lê Huyền Ái Thúy, trưởng khoa Công Nghệ

Sinh Học, trường Đại học Mở TP. Hồ Chí Minh và TS. Trần Thị Hồng Kim đãtrực

tiếp hướng dẫn, truyền đạt những kiến thức và kinh nghiệm quý báu trong quá trình

học tập, TS. Lao Đức Thuận, trường Đại học Mở TP. Hồ Chí Minh hướng dẫn các

thủ tục và hình thức trình luận văn.

Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám Đốc Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh, phụ

trách Khoa Vi Sinh Miễn Dịch, Phòng kế hoạch tổng hợp đãgiúp đỡ tôi hoàn thành

những thủ tục cần thiết trong quá trình học tập.

Bên cạnh đó Tôi xin chân thành cảm ơn ThS. Nguyễn Thu Ngọc, các đồng nghiệp

Phòng Virus hô hấp, khoa Vi sinh Miễn dịch, Viện Pasteur Tp.HCM đãtạo điều kiện

cho tôi được học tập và nghiên cứu tại Viện.

Cuối cùng tôi xin gửi lời cảm ơn đến gia đình, bố mẹ và bạn bè đã bên cạnh, giúp

đỡ và động viên tôi trong quá trình học tập.

Xin chân thành cảm ơn!

iii

TÓM TẮT

Tại Việt Nam, bệnh cúm mùa gây ra gánh nặng bệnh tật vô cùng lớn, số ca

mắc thường gia tăng mạnh vào các thời điểm giao mùa. Đặc biệt, nếu không được

phát hiện và điều trị kịp thời, cúm mùa có thể gây ra những biến chứng nghiêm

trọng như: viêm phổi, nhiễm trùng tai, co giật,…. và những hệ lụy không ngờ như

đau tim, đột quỵ. Các đột biến tại vị trí H275Y, E119V, D198N, I222, R292K trên

gen NA đã cho thấy virus đề kháng với thuốc Oseltamivir, Zanamivir. Khoảng 0,5-

10% virus A(H1N1pdm09) đề kháng với Oseltamivir (McKimm-Breschkin,

2013).

Sự lưu hành các chủng cúm mùa ở khu vực phía Nam nam 2020 – 2021 vẫn

là các chủng A(H3N2), A(H1N1pdm09) và B. Tỷ lệ dương tính của virus cúm mùa

là 9,01% (104/1154), chủ yếu tập trung vào năm 2020. Trong đó, A(H3N2) chiếm

78,8% (82/104), A(H1N1pdm09) chiếm 14,42% (15/104), và cúm B chiếm 6,73%

(7/104).

Thống kê cho thấy tất cả các nhóm tuổi đều có ca mắc virus cúm mùa, không

có sự khác biệt về tỷ lệ mắc cúm mùa ở các nhóm tuổi (p = 0,219 > 0,05) và các

nhóm nam và nữ (p = 0,239 > 0,05).

Tỷ lệ phân lập thành công virus cúm mùa trung bình là 25,9% (27/104), trong

đó, tỷ lệ phân lập thành công với phân tuýp A(H3N2), A(H1N1pdm09), B lần lượt

là 21,9%, 40%, 42,8%.

Các mẫu virus cúm mùa phân lập trong giai đoạn năm 2020 đều có hiệu giá

HAI tương tự các chủng chuẩn theo khuyến cáo của WHO, 2019 – 2020. Nhìn

chung các mẫu virus có giảm hiệu giá từ 1 – 3 lần nhưng vẫn nằm trong khoảng

cho phép: hiệu giá không vượt quá 4 lần so với các kháng huyết thanh khác. Hiệu

giá HAI cho thấy chưa có dấu hiệu thay đổi kháng nguyên bề mặt ở virus cúm A

(H1N1pdm09, H3N2) và B.

Kết quả thực hiện kháng thuốc (NAI) 18 chủng virus cúm A(H3N2), 6 chủng

virus cúm A(H1N1pdm09) và 03 chủng virus cúm B đều nhạy với hai loại thuốc

Oseltamivir và Zanamivir. Kết quả này cho thấy các mẫu virus cúm mùa trong giai

iv

đoạn năm 2020 – 2021 chưa xảy ra các đột biến ở các vi trí H275Y, E119V

v.v…Do đó các thuốc này vẫn được ưu tiên dùng cho các bệnh nhân nhiễm cúm.

v

SUMMARY

In Vietnam, seasonal flu causes an extremely large burden of disease, and the

number of cases often increases sharply at the time of season change. In particular,

if not detected and treated promptly, seasonal flu can cause serious complications

such as pneumonia, ear infections, convulsions, .... and unexpected consequences

such as heart attack, stroke. Mutations at positions H275Y, E119V, D198N, I222,

R292K on the NA gene have shown that the virus is resistant to Oseltamivir,

Zanamivir. Approximately 0,5-10% of A(H1N1pdm09) viruses are resistant to

oseltamivir (McKimm-Breschkin 2013). The circulation of seasonal influenza

strains in the southern region from 2020 to 2021 is still strains of A(H3N2),

A(H1N1pdm09) and B.

The positive rate of seasonal influenza virus is 9,01% (104/1154). , mainly

focusing on 2020. In which, A(H3N2) accounted for 78,8% (82/104),

A(H1N1pdm09) accounted for 14,42% (15/104), and influenza B accounted for

6,73% (7/104).

Statistics show that all age groups have seasonal influenza virus cases, there is

no difference in the incidence of seasonal influenza in the age groups (p = 0,219 >

0.05) and the male and female groups (p = 0,239 > 0.05).

The average successful isolation rate of seasonal influenza virus was 25,9%

(27/104), in which, the successful isolation rate with subtypes A(H3N2),

A(H1N1pdm09), B was, respectively 21,9%, 40%, 42,8%.

The seasonal influenza virus samples isolated in the period of 2020 all had

HAI titers similar to the standard strains recommended by WHO, 2019 - 2020. In

general, the virus samples had a decrease in titres of one – three fold but still within

the allowable range (four-fold or greater than its titers to the other antisera). The

HAI titer showed no sign of surface antigenic changes in influenza A

(H1N1pdm09, H3N2) and B viruses.

Results of drug resistance (NAI) 18 strains of influenza A virus (H3N2), 6

strains of influenza A virus (H1N1pdm09) and 3 strains of influenza B virus are

vi

sensitive to two drugs Oseltamivir and Zanamivir. This result shows that the

seasonal influenza virus samples in the period of 2020 - 2021 have not yet occurred

mutations in positions H275Y, E119V etc. Therefore, these drugs are still preferred

for influenza-infected patients.

vii

MỤC LỤC

LỜI CAM ĐOAN .................................................................................................i

LỜI CẢM ƠN .....................................................................................................ii

TÓM TẮT ....................................................................................................iii

SUMMARY .....................................................................................................v

DANH MỤC HÌNH ............................................................................................x

DANH MỤC BIỂU ĐỒ .....................................................................................xi

DANH MỤC BẢNG .........................................................................................xii

DANH MỤC VIẾT TẮT...................................................................................xiii

CHƯƠNG 1 GIỚI THIỆU ..............................................................................1

1.1 Tính cấp thiết của đề tài............................................................................1

1.2 Mục tiêu nghiên cứu .................................................................................2

1.2.1 Mục tiêu tổng quát: ............................................................................2

1.2.2 Mục tiêu cụ thể:..................................................................................2

1.3 Câu hỏi nghiên cứu...................................................................................3

1.4 Phạm vi và đối tượng nghiên cứu..............................................................3

1.5 Phương pháp nghiên cứu ..........................................................................3

1.6 Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài...................................................4

CHƯƠNG 2 CƠ SỞ TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU......................................6

2.1 Tổng quan virus cúm ................................................................................6

2.1.1 Phân loại ............................................................................................6

2.1.2 Đặc điểm virus cúm............................................................................6

2.2 Bệnh học virus cúm................................................................................ 16

2.2.1 Biểu hiện lâm sàng ........................................................................... 16

2.2.2 Sự lan truyền của virus cúm mùa trong cơ thể .................................. 17

2.3 Phòng và điều trị..................................................................................... 19

2.3.1 Phòng ngừa ...................................................................................... 19

2.3.2 Điều trị............................................................................................. 19

2.4 Sơ lược tình hình bệnh do virus cúm....................................................... 21

2.4.1 Tình hình thế giới............................................................................. 21

2.4.2 Tình hình cúm mùa trong nước......................................................... 25

viii

2.5 Nguyên lý của thuốc ức chế virus và kháng thuốc................................... 26

2.5.1 Kháng nguyên Neuraminidase (NA)................................................. 26

2.5.2 Nguyên lý của thuốc ức chế virus..................................................... 28

2.5.3 Kháng thuốc ..................................................................................... 29

CHƯƠNG 3 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP............................................ 36

3.1 Sơ đồ thí nghiệm..................................................................................... 36

3.2 Nội dung thực hiện ................................................................................. 37

3.2.1 Địa điểm nghiên cứu: ....................................................................... 37

3.2.2 Thời gian nghiên cứu:....................................................................... 37

3.2.3 Thiết kế nghiên cứu:......................................................................... 37

3.2.4 Cỡ mẫu:............................................................................................ 37

3.2.5 Quy trình nghiên cứu........................................................................ 37

3.3 Vật liệu tiêu hao...................................................................................... 38

3.3.1 Thiết bị - Dụng cụ ............................................................................ 38

3.3.2 Hóa chất sử dụng trong nghiên cứu .................................................. 39

3.4 Phương pháp thực hiện ........................................................................... 40

3.4.1 Kỹ thuật Realtime RT-PCR xác định mẫu dương tính với virus cúm

mùa 40

3.4.2 Phân lập virus cúm từ mẫu dương tính ............................................. 45

3.4.3 Phản ứng HA – HAI: Nhận định và định tuýp virus cúm A,B........... 48

3.4.4 Qui trình thực hiện phản ứng kháng thuốc (NAI).............................. 53

CHƯƠNG 4 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .................................................. 62

4.1 Kết quả chẩn đoán virus cúm mùa .......................................................... 62

4.1.1 Tỷ lệ dương tính với virus cúm mùa theo từng phân tuýp năm 2020 –

2021 ......................................................................................................... 62

4.1.2 Phân loại cúm theo nhóm tuổi và giới tính........................................ 65

4.2 Kết quả phân lập virus cúm mùa ............................................................. 67

4.3 Đặc điểm kháng nguyên của virus cúm mùa ........................................... 69

4.4 Xác định tính kháng thuốc của virus cúm mùa phân lập 2020................. 72