Nghiên cứu đa dạng di truyền của đoạn gen matk ở một số nguồn gen nhãn việt nam.

61 61(2) 2.2019

Khoa học Nông nghiệp

Đặt vấn đề

Cây nhãn thuộc chi Dimocarpus, họ Sapindaceae, bộ

Sapindales, là loài cây ăn quả nhiệt đới có giá trị kinh tế cao.

Ở nước ta, nhãn được trồng phổ biến và tập trung tại một

số vùng, tạo thành các vùng chuyên canh với nhiều giống

nhãn nổi tiếng như nhãn lồng Hương chi, nhãn Đường phèn

(Hưng Yên), nhãn Cùi (Lào Cai), Nhãn Tiêu Da Bò (Bà Rịa

- Vũng Tàu), nhãn Xuồng Cơm Vàng (Tiền Giang)… Các

giống nhãn Việt Nam với hương vị thơm ngon đã nổi tiếng

trên thế giới và trở thành một trong những mặt hàng xuất

khẩu chủ lực của nước ta. Do vậy, công tác bảo tồn và sử

dụng bền vững tài nguyên di truyền cây nhãn là vô cùng

quan trọng và cấp bách. Việc lưu giữ nguồn gen không chỉ

phục vụ cho việc chọn giống mà còn nhằm tìm hiểu mối

quan hệ di truyền gần gũi hay đặc trưng của các nguồn gen.

Cũng giống như nhiều loài thực vật khác, những tiêu chí

kiểu hình không phù hợp để phân biệt được các giống nhãn

và việc áp dụng chỉ thị phân tử nhằm xác định chính xác

các giống là cách tiếp cận tốt hơn nhằm nâng cao hiệu quả

quản lý và sử dụng nguồn gen cây nhãn [1]. Trong khi chỉ

thị SNP dựa trên trình tự ADN cho cây nhãn bắt đầu được

quan tâm ứng dụng [2] thì các mã vạch ADN lại chưa được

phát triển và phổ biến rộng rãi trong phân tích xác định các

giống nhãn. Gần đây, Hiệp hội Mã vạch cho cuộc sống (The

Consortium for the barcode of life-CBOL) đã thành lập

nhóm nghiên cứu với đại diện của các đơn vị, tổ chức trong

lĩnh vực phát triển mã vạch ADN thực vật nhằm đánh giá

các đoạn gen/trình tự tiềm năng [3]. Trình tự gen matK có tỷ

lệ tiến hóa cao nhất trong các gen nên có khả năng phân biệt

cao [4]. Chính vì vậy, việc lựa chọn đoạn gen matK để tiến

hành khuếch đại và xác định trình tự nucleotit là cơ sở khoa

học cần thiết nhằm phục vụ cho việc nhận dạng các nguồn

gen nhãn, từ đó góp phần nâng cao hiệu quả quản lý, bảo tồn

và chọn tạo các nguồn gen quý.

Vật liệu và phương pháp nghiên cứu

Vật liệu, địa điểm nghiên cứu

Đối tượng nghiên cứu: 31 mẫu giống nhãn được lưu giữ

tại các vườn bảo tồn của các đơn vị nghiên cứu thuộc Viện

Khoa học Nông nghiệp Việt Nam (bảng 1).

Nghiên cứu đa dạng di truyền của đoạn gen matK

ở một số nguồn gen nhãn Việt Nam

Nguyễn Thị Ngọc Lan1*, Nguyễn Thị Lan Hoa2

, Nguyễn Thị Thanh Thủy3

, Lã Tuấn Nghĩa2

1

Viện Di truyền Nông nghiệp 2

Trung tâm Tài nguyên Thực vật 3

Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn

Ngày nhận bài 18/9/2018; ngày gửi phản biện 20/9/2018; ngày nhận phản biện 12/11/2018; ngày chấp nhận đăng 15/11/2018

Tóm tắt:

Kết quả nghiên cứu đa dạng trình tự đoạn gen matK gồm 829 nucleotid của tập đoàn 31 mẫu giống nhãn Việt Nam

đã xác định được đột biến dị hoán (T>G) tại vị trí 939 của gen ở 11 giống (N10 - Nhãn Bản Nguyên, N14 - Long Gia

Sần, N16 - Tiêu Vũng Tàu, N17 - Tiêu Da Me, N19 - Nhãn Sài Gòn, N22 - Cơm Vàng Bánh Xe, N26 - Xuồng Cơm

Ráo, N28 - Long Tiêu, N29 - Xuồng Cơm Vàng Bà Rịa, N30 - Xuồng Cơm Trắng và N32 - Nhãn Vũng Tàu). Những

đột biến này có ý nghĩa trong việc nhận dạng các mẫu giống nhãn của nước ta. Các trình tự này đã được đăng ký

NCBI với số đăng ký lần lượt là: KR073235, KR073239, KR073240, KR073241, KR073243, KR073245, KR073249,

KR073251, KR073252, KR073253 và KR073255. Kết quả nghiên cứu cây phả hệ theo phương pháp Neighbour

Joining cho thấy, các trình tự của chi Dimocarpus được nhóm thành công và phân biệt rõ ràng với trình tự của chi

Litchi, Arytera, Sapindoidaea và Cupaniopsis trong họ Sapindaceae. 11 trình tự nhãn (N10, N14, N16, N17, N19, N22,

N26, N28, N29, N30, N32) được tách biệt rõ ràng với các trình tự của nhãn Việt Nam và các nguồn gen đại diện khác.

Từ khóa: ADN mã vạch, giải trình tự, matK, nhãn.

Chỉ số phân loại: 4.6

*

Tác giả liên hệ: Email: [email protected]