Mối tương quan giữa tỷ lệ hàm lượng circulating tumor dna (ctdna) với các đặc điểm bệnh học của ung

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ

ĐẠI HỌC Y DƢỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

LÊ HỒNG THỦY

MỐI TƢƠNG QUAN GIỮA TỶ LỆ HÀM LƢỢNG

CIRCULATING TUMOR DNA (ctDNA)

VỚI CÁC ĐẶC ĐIỂM BỆNH HỌC

CỦA UNG THƢ ĐẠI TRỰC TRÀNG

LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC

THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2021

.

.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ

ĐẠI HỌC Y DƢỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

LÊ HỒNG THỦY

MỐI TƢƠNG QUAN GIỮA TỶ LỆ HÀM LƢỢNG

CIRCULATING TUMOR DNA (ctDNA)

VỚI CÁC ĐẶC ĐIỂM BỆNH HỌC

CỦA UNG THƢ ĐẠI TRỰC TRÀNG

CHUYÊN NGÀNH: KHOA HỌC Y SINH – HÓA SINH

MÃ SỐ: 8720101

LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC

NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC

1. TS. ĐƢỜNG THỊ HỒNG DIỆP

2. PGS.TS.BS. TRẦN DIỆP TUẤN

THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2021

.

.

LỜI CAM ĐOAN

Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, do tôi thực

hiện dƣới sự hƣớng dẫn của TS. Đƣờng Thị Hồng Diệp và PGS.TS.BS. Trần

Diệp Tuấn

Các số liệu, kết quả đƣợc nêu trong luận văn này là hoàn toàn trung thực

và chƣa từng đƣợc sử dụng ở bất kì công trình nghiên cứu nào khác. Nếu có gì

sai trái, tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm.

TP. Hồ Chí Minh, tháng 11 năm 2021

Tác giả

Lê Hồng Thủy

.

.

LỜI CẢM ƠN

Trong suốt quá trình nghiên cứu và hoàn thành luận văn này, tôi đã

nhận đƣợc sự hƣớng dẫn, hỗ trợ và giúp đỡ quý báu của các Thầy Cô, các cơ

quan, tổ chức và các cá nhân. Với lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc, tôi xin

đƣợc bày tỏ lời cảm ơn chân thành nhất.

Trƣớc tiên, tôi xin bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc đến TS.

Đƣờng Thị Hồng Diệp và PGS.TS.BS. Trần Diệp Tuấn, những ngƣời Thầy

Cô đã hƣớng dẫn và giúp đỡ tôi trong quá trình nghiên cứu và hoàn thành

luận văn.

Tôi xin bày tỏ lời cảm ơn chân thành đến Ban Giám Đốc, Thầy Cô và

các anh chị trong Trung tâm y sinh học phân tử TP.HCM, Viện di truyền Y

học đã giúp đỡ, góp ý và tạo mọi điều kiện tốt nhất cho tôi trong quá trình

nghiên cứu và hoàn thành luận án.

Cuối cùng, tôi xin chân thành cảm ơn Ba Mẹ, bạn bè đã luôn bên cạnh

động viên, hỗ trợ và giúp đỡ tôi, truyền động lực và nhiệt huyết để tôi hoàn

thành luận văn này.

TP. Hồ Chí Minh, tháng 06 năm 2021

Tác giả

Lê Hồng Thủy

.

.

i

MỤC LỤC

Contents

LỜI CAM ĐOAN............................................................................................... i

LỜI CẢM ƠN ................................................................................................... ii

MỤC LỤC........................................................................................................ iii

DANH MỤC BẢNG....................................................................................... vii

DANH MỤC BIỂU ĐỒ ................................................................................. viii

DANH MỤC CÁC CHỮ VIÉT TẮT .............................................................. ix

ĐẶT VẤN ĐỀ....................................................................................................1

CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU............................................................4

1.1. Tình hình bệnh ung thƣ đại trực tràng (UTĐTT).................................... 4

1.1.1. Trên thế giới....................................................................................... 4

1.1.2. Tại Việt Nam...................................................................................... 5

1.2. Triệu chứng lâm sàng của UTĐTT......................................................... 6

1.3. Các yếu tố nguy cơ gây UTĐTT............................................................. 8

1.4. Chẩn đoán UTĐTT ................................................................................. 9

1.4.1. Lâm sàng .......................................................................................... 10

1.4.2. Cận lâm sàng .................................................................................... 10

1.4.3. Mô bệnh học..................................................................................... 11

1.5. Phân loại giai đoạn UTĐTT.................................................................. 12

1.6. Phƣơng pháp điều trị UTĐTT............................................................... 14

1.7. Các phƣơng pháp tầm soát UTĐTT...................................................... 15

1.7.1. Sinh thiết – đánh giá mô học............................................................ 15

1.7.2. Phân tích các kháng nguyên trong phân .......................................... 15

1.7.3. Xét nghiệm các chỉ dấu ung thƣ....................................................... 16

1.7.4. Sinh thiết lỏng - Phát hiện UTĐTT giai đoạn sớm dựa trên ctDNA16

CHƢƠNG 2. ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU...............33

.

.

2.1. Địa điểm và thời gian nghiên cứu......................................................... 33

2.1.1. Địa điểm nghiên cứu ........................................................................ 33

2.1.2. Thời gian nghiên cứu ....................................................................... 33

2.2. Đối tƣợng nghiên cứu............................................................................ 33

2.2.1. Nhóm bệnh ....................................................................................... 34

2.2.2. Nhóm chứng..................................................................................... 34

2.3. Cỡ mẫu nghiên cứu ............................................................................... 34

2.4. Thiết kế nghiên cứu............................................................................... 35

2.5. Kỹ thuật chọn mẫu ................................................................................ 35

2.6. Định nghĩa biến số ................................................................................ 35

2.7. Phƣơng pháp tiến hành và thu thập số liệu ........................................... 37

2.8. Xử lý số liệu .......................................................................................... 42

2.9. Y đức ..................................................................................................... 42

2.10. Sơ đồ nghiên cứu................................................................................. 42

CHƢƠNG 3. KẾT QUẢ ..................................................................................43

3.1. Đặc điểm chung của đối tƣợng nghiên cứu .......................................... 43

3.1.1. Phân bố đối tƣợng theo tuổi của các nhóm nghiên cứu................... 43

3.1.2. Phân bố đối tƣợng theo giới tính của các nhóm nghiên cứu............ 44

3.1.3. Các đặc điểm bệnh học của nhóm bệnh UTĐTT............................. 45

3.2. So sánh nồng độ cfDNA ở các nhóm nghiên cứu................................. 47

3.3. Mối tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với các đặc điểm bệnh học của

UTĐTT......................................................................................................... 49

3.3.1. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với các giai đoạn của khối u ..... 49

3.3.2. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với kích thƣớc của khối u ......... 49

3.3.3. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với vị trí của khối u................... 50

3.3.4. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với mức độ xâm lấn của khối u 50

.

.

3.3.5. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với mức độ di căn hạch của khối u

.................................................................................................................... 51

3.4. Các đột biến ghi nhận trong mẫu sinh thiết lỏng .................................. 51

3.5. Xác định sự tƣơng đồng kết quả giải trinh tự giữa mẫu huyết tƣơng và

mẫu mô u tƣơng ứng .................................................................................... 53

3.6. Mối tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA với các đặc điểm bệnh

học của UTĐTT ........................................................................................... 54

3.6.1. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và các giai đoạn bệnh ... 54

3.6.2. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và vị trí khối u .............. 55

3.6.3. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và kích thƣớc khối u..... 55

3.6.4. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và mức độ xâm lấn của

khối u.......................................................................................................... 56

3.6.5. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và mức độ di căn hạch

của khối u (n = 50) ..................................................................................... 57

3.7. Phổ đột biến gen trên mẫu huyết tƣơng và mô u .................................. 57

3.8. Mối tƣơng quan giữa phổ đột biến gen với các đặc điểm bệnh học của

UTĐTT......................................................................................................... 58

3.8.1. Tƣơng quan giữa phổ đột biến gen với giai đoạn khối u................. 58

3.8.2. Phổ đột biến gen theo vị trí khối u trong mẫu huyết tƣơng ............. 59

3.8.3. Tƣơng quan giữa phổ đột biến gen theo kích thƣớc khối u ............. 59

3.8.4. Tƣơng quan giữa phổ đột biến gen với mức độ xâm lấn của khối u60

3.8.5. Tƣơng quan giữa phổ đột biến gen với mức độ di căn hạch............ 61

CHƢƠNG IV. BÀN LUẬN.............................................................................62

4.1. Đặc điểm chung của đối tƣợng tham gia nghiên cứu............................ 62

4.1.1. Tuổi .................................................................................................. 62

4.1.2. Giới................................................................................................... 63

4.1.3. Các đặc điểm bệnh học của nhóm bệnh UTĐTT............................. 64

.

.

i

4.2. So sánh nồng độ cfDNA giữa hai nhóm nghiên cứu ............................ 65

4.2.1. So sánh nồng độ cfDNA giữa hai nhóm nghiên cứu ....................... 65

4.2.2. Đặc điểm nồng độ cfDNA ở các nhóm nghiên cứu theo giới.......... 66

4.2.3. Đặc điểm nồng độ cfDNA ở các nhóm nghiên cứu theo tuổi.......... 67

4.3. Mối tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với các đặc điểm của UTĐTT. 68

4.3.1. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với giai đoạn khối u .................. 68

4.3.2. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với kích thƣớc của khối u ......... 68

4.3.3. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với vị trí của khối u................... 69

4.3.4. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với mức độ xâm lấn của khối u 69

4.4. Sự tƣơng đồng đột biến giữa mẫu huyết tƣơng và mẫu mô u............... 71

4.5. Mối tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và các đặc điểm bệnh học

của UTĐTT .................................................................................................. 74

4.5.1. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA với giai đoạn bệnh ........ 74

4.5.2. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và vị trí khối u .............. 76

4.5.3. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và kích thƣớc khối u..... 76

4.5.4. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và mức độ xâm lấn của

khối u.......................................................................................................... 77

4.5.5. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và mức độ di căn hạch.. 78

4.6. Phổ đột biến gen trong nghiên cứu ....................................................... 78

4.7. Mối tƣơng quan giữa phổ dột biến gen với các đặc điểm bệnh học

UTĐTT......................................................................................................... 80

KẾT LUẬN ......................................................................................................84

KIẾN NGHỊ......................................................................................................86

ĐIỂM HẠN CHẾ CỦA NGHIÊN CỨU .........................................................87

TÀI LIỆU THAM KHẢO

PHIẾU THU THẬP THÔNG TIN BỆNH NHÂN

.

.

i

DANH MỤC BẢNG

Bảng 1.1. Xếp giai đoạn theo TNM ................................................................ 13

Bảng 3.1. Tuổi trung bình của nhóm bệnh và nhóm chứng............................ 43

Bảng 3.2. Phân bố theo nhóm tuổi của nhóm bệnh và nhóm chứng............... 44

Bảng 3.3.Phân bố giới tính của hai nhóm nghiên cứu .................................... 44

Bảng 3.4. Tỷ lệ phân bố giai đoạn của nhóm bệnh (n=50)............................. 45

Bảng 3.5. Tỷ lệ kích thƣớc khối u trong nhóm bệnh (n=50) .......................... 45

Bảng 3.6. Tỷ lệ phân bố vị trí khối u trong nhóm bệnh (n=50)...................... 46

Bảng 3.7. Tỷ lệ di căn hạch trong nhóm bệnh (n=50) .................................... 46

Bảng 3.8. Tỷ lệ phân bố mức độ xâm lấn trong nhóm bệnh (n=50)............... 46

Bảng 3.9. Đặc điểm nồng độ cfDNA ở nhóm bệnh và nhóm chứng .............. 47

Bảng 3.10. Đặc điểm nồng độ cfDNA ở các nhóm nghiên cứu theo giới ...... 47

Bảng 3.11. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với các giai đoạn của khối u

(n=50).............................................................................................................. 49

Bảng 3.12. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với kích thƣớc của khối u

(n=50).............................................................................................................. 49

Bảng 3.13. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với vị trí của khối u (n=50)... 50

Bảng 3.14. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với mức độ xâm lấn của khối u

(n=50).............................................................................................................. 50

Bảng 3.15. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với mức độ di căn hạch của

khối u (n=50)................................................................................................... 51

.

.

ii

DANH MỤC BIỂU ĐỒ

Biểu đồ 3.1. Đặc điểm nồng độ cfDNA ở các nhóm nghiên cứu theo nhóm

tuổi (n=50)....................................................................................................... 48

Biểu đồ 3.2. Tỷ lệ đột biến ung thƣ (ctDNA) ở mẫu mô u và mẫu huyết tƣơng

......................................................................................................................... 53

Biểu đồ 3.3. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và các giai đoạn bệnh

(n =50)............................................................................................................. 54

Biểu đồ 3.4. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và vị trí khối u (n = 50)

......................................................................................................................... 55

Biểu đồ 3.5. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và kích thƣớc khối u 55

Biểu đồ 3.6. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và mức độ xâm lấn của

khối u (n = 50)................................................................................................. 56

Biểu đồ 3.7. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và mức độ di căn hạch

(n = 50)............................................................................................................ 57

Biểu đồ 3.8. Phổ đột biến gen trong mẫu huyết tƣơng và mô u (n = 50)........ 57

Biểu đồ 3.9. Phổ đột biến của các gen khảo sát theo giai đoạn (n = 50) ........ 58

Biểu đồ 3.10. Phổ đột biến của các gen theo vị trí khối u (n = 50)................. 59

Biểu đồ 3.11. Phổ đột biến của các gen theo kích thƣớc khối u (n = 50)....... 59

Biểu đồ 3.12. Phổ đột biến của các gen theo mức độ xâm lấn (n = 50) ......... 60

Biểu đồ 3.13 . Phổ đột biến của các gen theo mức độ di căn hạch (n = 50)... 61

.

.

DANH MỤC CÁC CHỮ VIÉT TẮT

Từ viết tắt Tiếng Anh Tiếng Việt

AJCC American Joint Committee on Cancer Hiệp hội ung thƣ Mỹ

CA 19-9 Carbohydrate Antigen 19-9

CEA Carcinoembryonic Antigen

cfDNA Cell-free DNA DNA ngoại bào

cfRNA Cell-free RNA RNA ngoại bào

CH Clonal hematopoiesis Tạo máu vô tính

COSMIC Catalogue Of Somatic Mutations In

Cancer

Danh mục các đột biến trong

ung thƣ

CT Computed Tomography Chụp cắt lớp vi tính

CTCs Circulating Tumor Cells Tế bào tuần hoàn khối u

ctDNA Circulating Tumor DNA DNA ngoại bào khối u

FAP Familial Adenomatous Polyposis Bệnh đa polyp gia đình

FDA Food and Drug Administration Cục quản lý dƣợc và thực

phẩm Hoa Kỳ

FIT Fecal Immunochemical Test Xét nghiệm hóa miễn dịch

trong phân

FOBT Fecal Immunochemical Test Xét nghiệm tìm máu trong

phân

GDP Guanosine Diphosphate

GTP Guanosine Triphosphate

HNPCC Hereditary nonpolyposis colorectal

cancer

Hội chứng ung thƣ đại trực

tràng không đa polyp gia đình

JPS Juvenile Polyposis Syndrome Hội chứng đa polyp vị thành

niên

.

.