Định Danh Một Số Chủng Vi Khuẩn Phân Lập Tại Vườn Quốc Gai Cát Tiên Dựa Trên Trình Tự Nucleotide Của Gen 16 S R Dna

TRƢỜNG ĐẠI HỌC LÂM NGHIỆP

VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC LÂM NGHIỆP

===***===

KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP

Tên đề tài:

ĐỊNH DANH MỘT SỐ CHỦNG VI KHUẨN PHÂN LẬP TẠI VƯỜN QUỐC GIA

C T TI N D A TR N TR NH T NUCLEOTIDE CỦA GEN S DNA

Giảng viên hƣớng dẫn: 1. TS. HÀ BÍCH HỒNG

2. TS. LÊ THỌ SƠN

Sinh viên thực hiện: NGUYỄN THỊ MƠ

Mã sinh viên: 1753070145

Hà Nội, tháng 06 năm 2021

LỜI CẢM ƠN

Sau thời gian nghiên cứu, với tinh thần nghiêm túc, tích cực đến nay đề tài khóa

luận đã đƣợc hoàn thành. Có kết quả này trƣớc hết tôi chân thành cảm ơn quý thầy cô

Viện Công nghệ Sinh học Lâm nghiệp – Trƣờng Đại học Lâm nghiệp Việt Nam đã

giúp đỡ và chỉ bảo tận tình trong suốt quá trình thực hiện khóa luận tại trƣờng, đặc biệt

là sự giúp đỡ của các thầy cô công tác tại Bộ môn Gen và Di truyền phân tử của Viện

Công nghệ Sinh học Lâm nghiệp.

Nhân dịp này tôi cũng tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới cô giáo hƣớng dẫn TS. Hà

Bích Hồng và TS L Thọ Sơn đã tận tình giúp đỡ và chỉ bảo tôi trong quá trình thực

hiện khóa luận với những kỹ năng và kiến thức quý báu.

Cuối cùng, tôi xin gửi lời biết ơn sâu sắc tới gia đình và bạn bè đã giúp đỡ,

động viên bản thân các thành viên trong nhóm suốt quá trình học tập và nghiên cứu.

Mặc dù đã cố gắng để hoàn thành đề tài khóa luận song linh nghiệm của bản

thân còn hạn chế n n đề tài nghiên cứu khóa luận không thể tránh khỏi nhứng thiếu

sót. Tôi mong nhận đƣợc những lời nhận xét, đóng góp ý kiến của các thầy, cô giáo để

báo cáo đề tài khóa luận đƣợc hoàn thiện hơn

Kinh ph thực hiện đề tài đƣợc h trợ bởi đề tài cấp Nhà nƣớc Tuyến trùng

Caenorhabditis Nematoda : Rhabditidae : Đa dạng chủng loài và phản ứng với vi

khu n’

Tôi xin chân thành cảm ơn!

Hà Nội, ngày 10 tháng 06 năm 2021

Sinh viên thực hiện

Nguyễn Thị Mơ

MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN .................................................................................................................. 2

MỤC LỤC ....................................................................................................................... 3

DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ..............................................................................5

DANH MỤC HÌNH ........................................................................................................ 6

ĐẶT VẤN ĐỀ ................................................................................................................. 1

CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN...........................................................................................2

1.1. Một số thông tin về hệ vi khu n đất tại vƣờn Quốc gia Cát Ti n ......................... 2

1.1.1. Vƣờn Quốc gia Cát Tiên (VQGCT) .................................................................. 2

1.1.2. Ảnh hƣởng của vi khu n đến thực vật ............................................................... 3

1.1.3. Ảnh hƣởng của vi khu n với tuyến trùng .......................................................... 6

1.2. Các phƣơng pháp định danh vi khu n ................................................................... 9

1 2 1 Phƣơng pháp truyền thống .................................................................................... 9

1.2.1. Phƣơng pháp hiện đại ...................................................................................... 10

1.2. Phƣơng pháp định danh vi khu n dựa tr n trình tự gen 16S rDNA .................... 14

1.3. Một số nghi n cứu định danh vi khu n dựa tr n trình tự nucleotide của gen 16S

rDNA ............................................................................................................................. 16

CHƢƠNG 2. MỤC TIÊU, NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .......... 22

2.1. Mục tiêu nghiên cứu ............................................................................................ 22

2.2. Đối tƣợng, phạm vi nghiên cứu ........................................................................... 22

2.3. Nội dung nghiên cứu ........................................................................................... 22

2.4. Hóa chất và các thiết bị sử dụng trong nghiên cứu ............................................. 22

2.4.1. Hóa chất tách chiết DNA tổng số .................................................................... 22

2.4.2. Hóa chất PCR ................................................................................................... 22

2.4.3. Hóa chất điện di ............................................................................................... 23

2.4.4. Các thiết bị dùng trong nghiên cứu .................................................................. 23

2.5.Phƣơng pháp nghi n cứu ......................................................................................... 24

2.5.1. Phƣơng pháp tách chiết DNA tổng số ................................................................. 24

2.5.2. Sàng lọc và tối ƣu hóa nhiệt độ gắn mồi của các cặp mồi nhân bản đoạn gen 16S

rDNA ............................................................................................................................. 24

2 5 3 Phƣơng pháp nhân bản đoạn gen 16S rDNA bằng kỹ thuật PCR ....................... 26

2 5 4Phƣơng pháp điện di trên gel agarose ................................................................... 26

2 5 5 Phƣơng pháp tinh sạch sản ph m PCR và giải trình tự nucleotide của gen ......... 27

Chƣơng 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ..................................................................... 29

3.1. Tách chiết DNA tổng số từ mẫu vi khu n ........................................................... 29

3.2. Kết quả sàng lọc và tối ƣu hóa nhiệt độ gắn mồi của các cặp mồi nhân bản đoạn

gen16S rDNA ................................................................................................................ 29

3.3. Kết quả nhân bản các đoạn gen 16S rDNA sử dụng các cặp mồi lựa chọn ........... 31

3.4. Định danh chủng Sequence dựa trên trình tự nucleotide của đoạn gen 16S rDNA

............................................................................................................................. 33

3.4.1. Định danh chủng Sequence dựa trên trình tự nucleotide của đoạn gen 16S

rDNA với cặp mồi F2/R2 .............................................................................................. 33

3.4.2. Định danh chủng Sequence dựa trên trình tự nucleotide của đoạn gen 16S

rDNA với cặp mồi F4/R4 .............................................................................................. 35

3.5. Định danh chủng 15.1 dựa trên trình tự nucleotide của đoạn gen 16S rDNA .... 37

3.5.1. Định danh chủng 15.1 dựa trên trình tự nucleotide của đoạn gen 16S rDNAvới

cặp mồi F2/R2 ............................................................................................................... 37

3.5.2. Định danh chủng 15.1 dựa trên trình tự nucleotide của đoạn gen 16S rDNAvới

cặp mồi F4/R4 ............................................................................................................... 39

CHƢƠNG 4.KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ................................................................. 42

4 1 Kết luận.................................................................................................................... 42

4 2 Kiến nghị ................................................................................................................ 42

TÀI LIỆU THAM KHẢO ............................................................................................. 43

DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT

STT Chữ viết tắt Tên tiếng Anh Tên Tiếng Việt

1 Bp Base pair Cặp bazo nito

2 DNA Deoxyribonucleic acid Deoxyribonucleic Axit (DNA)

3 EDTA

Ethylene diamine tetra acid

citic

Etylen diamin tetraxetic

8

NCBI

Polymerase Center for

Biotechnology

Ìnonrmation

Phản ứng chu i polimer hóa

4 PCR Polymerase chain reaction Phản ứng chu i polymerase

5

RAPD

RDNAom Amplification

of Polymorphic DNA

Đa hình DNA nhân bản ngẫu

nhiên

7 rDNA DNA ribosome Riboxom ADN

6 RNA Ribonucleic acid Ribonucleic Axit

9 TAE Tris - Acetic – EDTA Tris - Acetic – EDTA

10 UV Untraviolet Tia cực tím