Định danh một số chủng nấm mốc ưa đạm thu nhận từ vườn quốc gia BIDOUP núi Bà - Lâm Đồng

i

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

----------

BÁO CÁO TỔNG KẾT

ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN

Tên đề tài

ĐỊNH DANH MỘT SỐ CHỦNG NẤM MỐC ƯA

ĐẠM THU NHẬN TỪ VƯỜN QUỐC GIA

BIDOUP NÚI BÀ – LÂM ĐỒNG

Tp. Hồ Chí Minh, tháng 04 năm 2018

ii

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

BÁO CÁO TỔNG KẾT

ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN

Tên đề tài

ĐỊNH DANH MỘT SỐ CHỦNG NẤM MỐC ƯA

ĐẠM THU NHẬN TỪ VƯỜN QUỐC GIA

BIDOUP NÚI BÀ – LÂM ĐỒNG

Chủ nhiệm đề tài: Lương Thị Thảo My

Khoa: Công nghệ Sinh học

Các thành viên: Trần Thị Thục Linh

Hồ Minh Hoàng

Người hướng dẫn: Phạm Nguyễn Đức Hoàng

Tp. Hồ Chí Minh, tháng 4 năm 2018

TRƯỜNG ĐH MỞ TP. HCM Báo cáo nghiên cứu khoa học

i

MỤC LỤC

MỤC LỤC.................................................................................................................. i

DANH MỤC BẢNG................................................................................................ iii

DANH MỤC HÌNH................................................................................................. iv

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT........................................................................ vi

THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI..................................... vi

THÔNG TIN VỀ SINH VIÊN ............................................................................... ix

MỞ ĐẦU ....................................................................................................................1

CHƯƠNG I: TỔNG QUAN.....................................................................................3

1. TỔNG QUAN VỀ NẤM ƯA ĐẠM..................................................................................... 3

1.1 Định nghĩa nấm ưa đạm ..............................................................................3

1.2 Đa dạng sinh học của quần xã nấm ưa đạm ..............................................3

1.3 Các nghiên cứu về nấm ưa đạm trong và ngoài nước...............................4

2. LỚP NẤM BẤT TOÀN (IMPERFECT FUNGI/ DEUTEROMYCETES) .................... 7

2.1 Hệ thống phân loại .......................................................................................7

2.2 Sơ lược về một số nấm bất toàn .................................................................8

3. MỘT SỐ PHƯƠNG PHÁP ĐỊNH DANH NẤM MỐC.................................................. 14

3.1 Phân loại nấm mốc bằng phương pháp hình thái ...............................14

3.2 Phương pháp định danh nấm mốc bằng kỹ thuật sinh học phân tử.15

3.3 Vùng trình tự ITS và ý nghĩa của ITS – rDNA trong phân loại nấm ...17

CHƯƠNG II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU......................20

2.1 Vật liệu ................................................................................................................................ 20

2.1.1 Địa điểm và thời gian nghiên cứu.......................................................20

2.1.2 Đối tượng nghiên cứu..........................................................................20

2.1.3 Thiết bị, dụng cụ, hóa chất và môi trường .........................................20

2.2 Phương pháp nghiên cứu..................................................................................................... 21

2.2.1 Hoạt hóa giống .........................................................................................21

2.2.2 Nuôi cấy thuần.....................................................................................21

2.2.3 Nghiên cứu đặc điểm hình thái của nấm ...........................................21

2.2.4 Cấy giữ giống .......................................................................................22

CHƯƠNG III: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN...........................25

1. KẾT QUẢ LÀM THUẦN.................................................................................................. 25

TRƯỜNG ĐH MỞ TP. HCM Báo cáo nghiên cứu khoa học

ii

2. KẾT QUẢ PHÂN TÍCH HÌNH THÁI CÁC CHỦNG NẤM......................................... 26

3. KẾT QUẢ ĐỊNH DANH BẰNG KĨ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ..................................... 41

3.1 Kết quả BLAST..............................................................................................41

4. THẢO LUẬN.......................................................................................................................... 51

CHƯƠNG VI: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ...........................................................53

1. KẾT LUẬN......................................................................................................................... 53

2. KIẾN NGHỊ........................................................................................................................ 53

TÀI LIỆU THAM KHẢO ......................................................................................54

PHỤ LỤC.................................................................................................................59

TRƯỜNG ĐH MỞ TP. HCM Báo cáo nghiên cứu khoa học

iii

DANH MỤC BẢNG

Bảng 1. 1 Kiểu dinh dưỡng và trình tự xuất hiện của nấm ưa đạm (Suzuki, 2009) ...5

Bảng 2. 1 Thành phần cho phản ứng PCR thể tích 25 µl..........................................23

Bảng 3. 1 Danh sách các chủng nấm sau làm thuần .................................................25

Bảng 3. 2 Kết quả BLAST so sánh độ tương đồng của các trình tự.........................41

Bảng 3. 3 Danh sách các loài đưa vào xây dựng cây phát sinh loài 1 ......................49

Bảng 3. 4 Danh sách các loài đưa vào xây dựng cây phát sinh loài 2 ......................50

TRƯỜNG ĐH MỞ TP. HCM Báo cáo nghiên cứu khoa học

iv

DANH MỤC HÌNH

Hình 1. 1 Diễn thế quần xã nấm ưa đạm tại ô mẫu rải urê .........................................4

Hình 1. 2 Fusarium sp. (Đặng Vũ Hồng Miên 2015).................................................9

Hình 1. 3 Pseudallescheria sp...................................................................................10

Hình 1. 4 Các bộ phận của một chổi .........................................................................12

Hình 1. 5 Đặc điểm cấu trúc hiển vi của Talaromyces spp.......................................13

Hình 1. 6 Đặc điểm các dạng của bào tử túi Talaromyces spp.................................13

Hình 1. 7 Đặc điểm các dạng của đỉnh sinh trưởng Talaromyces spp......................14

Hình 2. 1 Chu kỳ nhiệt phản ứng PCR khuếch đại trình tự ITS ...............................23

Hình 3. 1 Hình thái khuẩn lạc mẫu TN202.1a ..........................................................26

Hình 3. 2 Đặc điểm vi thể mẫu TN202.1a ................................................................27

Hình 3. 3 Hình thái khuẩn lạc mẫu TN202.1b ..........................................................28

Hình 3. 4 Đặc điểm vi thể mẫu TN202.1b ................................................................28

Hình 3. 5 Hình thái khuẩn lạc mẫu TN202.1c ..........................................................29

Hình 3. 6 Đặc điểm vi thể mẫu TN202.1c ................................................................29

Hình 3. 7 Hình thái khuẩn lạc mẫu TN202.2 ............................................................30

Hình 3. 8 Đặc điểm vi thể mẫu TN202.2 ..................................................................30

Hình 3. 9 Hình thái khuẩn lạc mẫu TN401.2a ..........................................................31

Hình 3. 10 Đặc điểm vi thể mẫu TN401.2a ..............................................................31

Hình 3. 11 Hình thái khuẩn lạc mẫu TN401.2b........................................................32

Hình 3. 12 Đặc điểm vi thể mẫu TN401.2b ..............................................................32

Hình 3. 13 Hình thái khuẩn lạc mẫu TN401.5a ........................................................33

Hình 3. 14 Đặc điểm vi thể mẫu TN401.5a ..............................................................33

Hình 3. 15 Hình thái khuẩn lạc mẫu TN401.5b........................................................34

Hình 3. 16 Đặc điểm vi thể mẫu TN401.5b ..............................................................34

Hình 3. 17 Hình thái khuẩn lạc mẫu TN401.5c ........................................................35

Hình 3. 18 Đặc điểm vi thể mẫu TN401.5c ..............................................................35

Hình 3. 19 Hình thái khuẩn lạc mẫu TN402.3a ........................................................36

Hình 3. 20 Đặc điểm vi thể mẫu TN402.3a ..............................................................36

Hình 3. 21 Hình thái khuẩn lạc mẫu TN402.3b........................................................37

Hình 3. 22 Đặc điểm vi thể mẫu TN402.3b ..............................................................37

Hình 3. 23 Hình thái khuẩn lạc mẫu TN402.4 ..........................................................38

Hình 3. 24 Đặc điểm vi thể mẫu TN402.4 ................................................................38

Hình 3. 25 Hình thái khuẩn lạc mẫu SN202.1a ........................................................39

Hình 3. 26 Đặc điểm vi thể mẫu SN202.1a ..............................................................39

Hình 3. 27 Hình thái khuẩn lạc mẫu SN202.1b ........................................................40

Hình 3. 28 Đặc điểm vi thể mẫu SN202.1b ..............................................................40

Hình 3. 29 Kết quả BLAST của chủng TN202.1a ....................................................42

Hình 3. 30 Kết quả BLAST của chủng TN202.1b....................................................42

TRƯỜNG ĐH MỞ TP. HCM Báo cáo nghiên cứu khoa học

v

Hình 3. 31 Kết quả BLAST của chủng TN202.1c ....................................................43

Hình 3. 32 Kết quả BLAST của chủng TN202.2......................................................43

Hình 3. 33 Kết quả BLAST của chủng TN401.2a ....................................................44

Hình 3. 34 Kết quả BLAST của chủng TN401.2b....................................................44

Hình 3. 35 Kết quả BLAST của chủng TN401.5a ....................................................45

Hình 3. 36 Kết quả BLAST của chủng TN401.5b....................................................45

Hình 3. 37 Kết quả BLAST của chủng TN401.5c ....................................................46

Hình 3. 38 Kết quả BLAST của chủng TN402.3a ....................................................46

Hình 3. 39 Kết quả BLAST của chủng TN402.3b....................................................47

Hình 3. 40 Kết quả BLAST của chủng TN402.4......................................................47

Hình 3. 41 Kết quả BLAST của chủng SN202.1a ....................................................48

Hình 3. 42 Kết quả BLAST của chủng SN202.1b....................................................48

Hình 3. 43 Cây phát sinh loài 1 (Maximum Likelihood Tree) .................................49

Hình 3. 44 Cây phát sinh loài 2 (Maximum Likelihood Tree) .................................50