Bước đầu ứng dụng kỹ thuật PCR - Giải trình tự hỗ trợ định danh một số loài ong ký sinh dựa trên các Gen đích 16S rRNA và COI

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP.HỒ CHÍ MINH

BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

TÊN ĐỀ TÀI:

BƯỚC ĐẦU ỨNG DỤNG KỸ THUẬT PCR –

GIẢI TRÌNH TỰ HỖ TRỢ ĐỊNH DANH MỘT

SỐ LOÀI ONG KÝ SINH DỰA TRÊN CÁC GEN

ĐÍCH 16S rRNA VÀ COI

KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC

CHUYÊN NGÀNH: VI SINH – SINH HỌC PHÂN TỬ

GVHD: PGS.TS. LÊ HUYỀN ÁI THÚY

ThS. TRƯƠNG KIM PHƯỢNG

SVTH: NGUYỄN DUY HẠNH

MSSV: 1153010210

KHÓA: 2011-2015

Tp.Hồ Chí Minh, tháng 05 năm 2015

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP.HỒ CHÍ MINH

BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

TÊN ĐỀ TÀI:

BƯỚC ĐẦU ỨNG DỤNG KỸ THUẬT PCR –

GIẢI TRÌNH TỰ HỖ TRỢ ĐỊNH DANH MỘT

SỐ LOÀI ONG KÝ SINH DỰA TRÊN CÁC GEN

ĐÍCH 16S rRNA VÀ COI

KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC

CHUYÊN NGÀNH: VI SINH – SINH HỌC PHÂN TỬ

Chữ ký GVHD GVHD: PGS.TS. LÊ HUYỀN ÁI THÚY

ThS. TRƯƠNG KIM PHƯỢNG

SVTH: NGUYỄN DUY HẠNH

MSSV: 1153010210

KHÓA: 2011-2015

Tp.Hồ Chí Minh, tháng 05. Năm 2015

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang i

LỜI CẢM ƠN

Trên thực tế không có sự thành công nào không gắn liền với những sự hỗ trợ,

giúp đỡ dù ít hay nhiều, dù trực tiếp hay gián tiếp của người khác. Trong 4 năm học

vừa qua nếu không có sự quan tâm, giúp đỡ của quý Thầy Cô, gia đình và bạn bè thì

em nghĩ em sẽ không có thành công như ngày hôm nay.

Em xin chân thành cảm ơn cô Lê Huyền Ái Thúy và cô Trương Kim Phượng,

Người đã tận tâm chỉ bảo và giúp đỡ em trong suốt quá trình làm đề tài khóa luận.

Trong thời gian làm việc với cô, em không những tiếp thu thêm nhiều kiến thức bổ ích

mà còn học tập được tinh thần làm việc nghiêm túc, sáng tạo, hiệu quả từ cô. Nếu

không có sự động viên và giúp đỡ của cô thì em nghĩ sẽ không hoàn thành được bài

khóa luận tốt nghiệp này. Một lần nữa em xin chân thành cảm ơn cô.

Em xin gửi lời cảm ơn đến Ban Giám Hiệu nhà trường Đại Học Mở Tp.HCM

cũng như quý Thầy Cô khoa công nghệ sinh học với tâm huyết và nền kiến thức của

mình đã tận tâm dạy bảo em trong suốt 4 năm học.

Bên cạnh đó em xin gửi lời cảm ơn đến Ban Lãnh Đạo cơ sở 3 và Thầy Cô phụ

trách phòng thí nghiệm sinh học phân tử đã tạo điều kiện thuận lợi cho em trong suốt

quá trình làm đề tài tại phòng thí nghiệm và cơ sở.

Em cũng không quên gửi lời cảm ơn đến các anh chị khóa 2010 cũng như bạn bè

cùng khóa đã hỗ trợ em trong quá trình làm đề tài.

Cuối cùng con xin cảm ơn Ba Mẹ, Người đã luôn động viên, giúp đỡ con trong

suốt thời gian ngồi trên ghế nhà trường.

Trân trọng.

Tp. Hồ Chí Minh, ngà 27 tháng 05 năm 2015

Nguyễn Duy Hạnh

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang ii

DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT

BLAST Basic Local Alignment Search Tool

bp Base Pair

DNA Deoxyribonucleic Acid

NCBI National Center Biotechnology Information

PCR Polymerase Chain Reaction

rRNA Ribosomal Ribonucleic acid

Tm Nhiệt độ nóng chảy

COI Cytochrome Oxidase I

HTPL Hệ Thống Phân Loại

CboL Consortium for Barcode of Life

dNTP Deoxyribomucleoside triphotphate

IDT OligoAnalyzer Integrated DNA technologies OligoAnalyzer

MEGA Molecular Evolutionary Genetics Analysis

mtDNA Mitochondrial deoxyribonucleic acid

Nucleotide Nucleotide

PCR Polymerase Chain Reaction

OTUs Operational taxonomic units

NJ Neighbour-Joining

ML Maximum likelihood

MP Maximum parsinomy

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang iii

DANH MỤC BẢNG

Bảng III.1: Bộ trình tự gen COI và gen 16S rRNA của các loài ong ký sinh thu thập từ

nguồn dữ liệu Genbank (NCBI).....................................................................................31

Bảng III.2. Bộ trình tự kết hợp 2 gen COI và 16S rRNA của một số loài ong ký thu thập

từ nguồn dữ liệu GenBank (NCBI)................................................................................37

Bảng III.3. Trình tự mồi khảo sát...................................................................................39

Bảng III.4. Thông số khảo sát cặp mồi CO1490F - CO2198R trên

IDT analyzer...................................................................................................................41

Bảng III.5. Thông số khảo sát cặp mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R trên IDT analyzer...49

Bảng III.6. Kết quả đo mật độ quang các huyền dịch DNA của mẫu

ong ký sinh .....................................................................................................................56

Bảng III.7. Kết quả thiết lập chu kỳ nhiệt PCR khuếch đại các vùng gen COI của các

mẫu ong ký sinh .............................................................................................................58

Bảng III.8. Kết quả thiết lập chu kỳ nhiệt PCR khuếch đại các vùng gen COI của các

mẫu ong ký sinh .............................................................................................................60

Bảng III.9. Mức độ tương đồng của trình tự IS1_COI_F với các trình tự gen COI trên

NCBI của các loài ong ký sinh thuộc họ Braconidae ....................................................62

Bảng III.10: Mức độ tương đồng của IS2_COI_F với các trình tự gen COI trên NCBI

của các loài ong ký sinh thuộc họ Braconidae...............................................................63

Bảng III.11. Mức độ tương đồng của IS1_16S_F với các trình tự gen 16S trên NCBI

của các loài ong ký sinh thuộc họ Braconidae...............................................................64

Bảng III.12. Mức độ tương đồng của IS2_16S_F với các trình tự gen 16S trên NCBI

của các loài ong ký sinh thuộc họ Braconidae...............................................................65

Bảng III.13. Giá trị Bootstrap của 9 cây phát sinh loài................................................104

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang iv

DANH MỤC HÌNH

Hình I.1: Đặc điểm cấu tạo côn trùng ..............................................................................5

Hình I.2. Loài Pimpla thuộc họ Ong Cự..........................................................................8

Hình I.3. Loài Cotesia thuộc nhóm Ong Kén Nhỏ ..........................................................9

Hình I.4. Loài Brachymeria podagrica thuộc nhóm Ong Nhỏ........................................9

Hình I.5. Loài Tricograma thuộc nhóm Ong Mắt Đỏ....................................................10

Hình I.6. Loài Encyrtus aurantii thuộc nhóm Ong Nhảy Nhỏ ......................................10

Hình I.7. Loài Cirrospilus thuộc nhóm Ong Nhỏ Râu Ngắn.........................................11

Hình I.8. Loài Miscogatrinae thuộc nhóm Ong Xanh Nhỏ ...........................................11

Hình III.1. Kết quả Blast mồi CO1490F........................................................................42

Hình III.2. Kết quả Blast mồi CO2198R .......................................................................42

Hình III.3: Kết quả kiểm tra vị ví bắt cặp của mồi CO1490F - CO2198R với trình tự

của Venturia Canescens.................................................................................................43

Hình III.4: Kết quả Blast mồi CO1490F - CO2198R với trình tự của Cotesia Vestalis44

Hình III.5: Kết quả Blast mồi CO1490F - CO2198R với trình tự của

Diachasmimorpha Longicaudata...................................................................................45

Hình III.6: Kết quả Blast mồi CO1490F - CO2198R với trình tự của Macrocentrus

Camphoraphilus.............................................................................................................46

Hình III.7: Kết quả Blast mồi CO1490F - CO2198R với trình tự của Phanerotoma

Flava...............................................................................................................................47

Hình III.8: Kết quả Blast mồi CO1490F - CO2198R với trình tự của Spathius Agrili .48

Hình III.9. Kết quả Blast mồi 16S_outer_F ...................................................................50

Hình III.10. Kết quả Blast mồi 16S_Wb_R ...................................................................50

Hình III.11. Kết quả Blast mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R với trình tự của Aphidius

gifuensis..........................................................................................................................51

Hình III.12. Kết quả Blast mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R với trình tự của Cotesia

vestalis............................................................................................................................52

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang v

Hình III.13. Kết quả Blast mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R với trình tự của

Diachasmimorpha longicaudata....................................................................................53

Hình III.14. Kết quả Blast mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R với trình tự của Macrocentrus

camphoraphilus..............................................................................................................54

Hình III.15. Kết quả Blast mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R với trình tự của Spathius

agrili...............................................................................................................................55

Hình III.16. Hình thái ong ký sinh được sử dụng tách chiết..........................................56

Hình III.17. Kết quả khảo sát nhiệt độ lai của cặp mồi CO1490F/CO2198R ở 3 nhiệt độ

........................................................................................................................................57

Hình III.18. Kết quả khuếch đại vùng gen COI của DNA mẫu ong ký sinh IS1 và IS258

Hình III.19. Kết quả khảo sát nhiệt độ lai của cặp mồi 16S_outer_F/16S_Wb_R ở 3

nhiệt độ...........................................................................................................................59

Hình III.20. Kết quả khuếch đại vùng gen 16S rRNA của DNA mẫu ong ký sinh IS1 và

IS2 ..................................................................................................................................60

Hình III.21. Kết quả Blast trình tự gen COI của mẫu IS1 trên GenBank......................62

Hình III.22. Kết quả Blast trình tự gen COI trên của IS2 trên GenBank.......................63

Hình III.23. Kết quả Blast trình tự gen 16S rRNA của mẫu IS1 trên GenBank.............64

Hình III.24. Kết quả Blast trình tự gen 16S rRNA của mẫu IS2 trên GenBank.............65

Hình III.25. Hiệu chỉnh vùng trình tự IS1_COI_FA của sản phẩm giải trình tự IS1 ....67

Hình III.26. Hiệu chỉnh vùng trình tự IS1_COI_FB-1 của sản phẩm giải trình tự IS1 .68

Hình III.27. Hiệu chỉnh vùng trình tự IS1_COI_FB-2 của sản phẩm giải trình tự IS1 .69

Hình III.28. Hiệu chỉnh vùng trình tự IS1_COI_FB-3 của sản phẩm giải trình tự IS1 .70

Hình III.29. Hiệu chỉnh vùng IS1_COI_FC trên mẫu IS1.............................................71

Hình III.30. Kết quả Blast trình tự IS1_COI_F_P .........................................................72

Hình III.31. Hiệu chỉnh trình tự IS2_COI_FA trên mẫu IS2.........................................73

Hình III.32. Hiệu chỉnh trình tự IS2_COI_FB-1 trên mẫu IS2......................................74

Hình III.33. Hiệu chỉnh trình tự IS2_COI_FB-2 trên mẫu IS2......................................75

Hình III.34. Hiệu chỉnh trình tự IS2_COI_FB-3 trên mẫu IS2......................................76

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang vi

Hình III.35: Hiệu chỉnh vùng IS2_COI_FC của mẫu IS 2.............................................77

Hình III.36. Kết quả Blast trình tự IS2_COI_F_P trên NCBI .......................................78

Hình III.37. Hiệu chỉnh trình tự IS1_16S_FA (phần đầu trình tự) của sản phẩm IS1...80

Hình III.38. Hiệu chỉnh trình tự IS1_16S_FB-1 (phần đầu trình tự) của sản phẩm IS1 82

Hình III.39. Hiệu chỉnh trình tự IS1_16S_FB-2 (phần đầu trình tự) của sản phẩm IS1 83

Hình III.40. Hiệu chỉnh trình tự IS1_16S_FC của sản phẩm IS1 ..................................84

Hình III.41. Kết quả Blast trình tự IS1_16S_F sau khi hiệu chỉnh................................85

Hình III.42. Hiệu chỉnh trình tự IS2_16S_FA của mẫu IS2 ..........................................86

Hình III.43. Hiệu chỉnh trình tự IS2_16S_FB của sản phẩm IS2 ..................................88

Hình III.44: Hiệu chỉnh trình tự IS2_16S_FC của sản phẩm IS2 ..................................89

Hình III.45: Kết quả Blast trình tự IS2_16S_F sau khi hiệu chỉnh trên NCBI..............90

Hình III.46. Cây NJ được xây dựng từ bộ trình tự dựa trên gen COI............................92

Hình III.47. Cây ML được xây dựng từ bộ trình tự dựa trên gen COI ..........................93

Hình III.48. Cây MP được xây dựng từ bộ trình tự dựa trên gen COI ..........................94

Hình III.49.Cây NJ được xây dựng từ bộ trình tự dựa trên gen 16S rRNA ...................96

Hình III.50. Cây ML được xây dựng từ bộ trình tự dựa trên gen 16S rRNA.................97

Hình III.51. Cây MP được xây dựng từ bộ trình tự dựa trên gen 16S rRNA .................98

Hình III.52. Cây NJ được xây dựng từ bộ trình tự dựa trên 2 gen COI và

gen 16S rRNA...............................................................................................................100

Hình III.53:. Cây ML được xây dựng bộ trình tự dựa trên 2 gen COI và gen

16S rRNA......................................................................................................................101

Hình III 54. Cây MP được xây dựng bộ trình tự dựa trên 2 gen COI và gen

16S rRNA......................................................................................................................102

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang vii

MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN ...................................................................................................................i

DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT........................................................................................ii

DANH MỤC BẢNG...................................................................................................... iii

DANH MỤC HÌNH ........................................................................................................iv

ĐẶT VẤN ĐỀ..................................................................................................................1

PHẦN I. TỔNG QUAN TÀI LIỆU.................................................................................4

I.1. SƠ LƯỢC VỀ CÔN TRÙNG ................................................................................4

I.1.1. Khái niệm côn trùng.........................................................................................4

I.1.2. Cấu tạo côn trùng .............................................................................................4

I.1.3. Đặc điểm sinh lý ..............................................................................................5

I.2. PHÂN LOẠI CÔN TRÙNG .................................................................................7

I.3. BỘ CÁNH MÀNG (HYMENOPTERA).................................................................7

I.3.1. Một số họ thuộc bộ Cánh Màng:......................................................................8

I.3.1.1. Họ Ong Cự (Icheneumonidae)......................................................................8

I.3.1.2. Họ Ong Kén Nhỏ (Braconidae)....................................................................8

I.3.1.3. Họ Ong Nhỏ (Chalcididae)...........................................................................9

I.3.1.4. Họ Ong Mắt Đỏ (Trichogrammatidae).......................................................10

I.3.1.5. Họ Ong Nhảy Nhỏ (Encyrtidae).................................................................10

I.3.1.6. Họ Ong Nhỏ Râu Ngắn (Eulophidae).........................................................11

I.3.1.7. Ong Xanh Nhỏ (Pteromalidae)...................................................................11

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang viii

I.4. HỌ BRACONIDAE...............................................................................................12

I.5. ĐỊNH DANH CÔN TRÙNG ...............................................................................12

I.6. TỔNG QUAN VỀ GEN COI VÀ GEN 16S rRNA..............................................13

I.6.1. Gen COI .........................................................................................................13

I.6.2. Gen 16S rRNA................................................................................................13

I.7. NGHIÊN CỨU PHÁT SINH LOÀI.....................................................................14

I.7.1. Phả hệ phân tử trong nghiên cứu phát sinh loài.............................................14

I.7.2. Các bước xây dựng cây phát sinh loài ...........................................................16

I.7.3. Một số phương pháp dựng cây phát sinh loài................................................20

I.7.4. Giá trị Bootstrap.............................................................................................21

I.8. Các phương pháp sinh học phân tử ......................................................................21

I.8.1. PCR (Polymerase Chain Reaction) [3] ..........................................................21

I.8.2. Điện di............................................................................................................22

I.8.3. Giải trình tự....................................................................................................22

PHẦN II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU.......................................24

II.1. Vật liệu................................................................................................................24

II.1.1. Mẫu Ong ký sinh ..........................................................................................24

II.1.2. Dụng Cụ - Thiết Bị - Hóa Chất.....................................................................24

II.1.2.1. Dụng cụ......................................................................................................24

II.1.2.2. Thiết bị.......................................................................................................24

II.1.2.3. Hóa Chất ....................................................................................................24

II.1.2.4. Các phần mềm và trang web trực tuyến: ...................................................25

II.2. Phương pháp nghiên cứu.....................................................................................25

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang ix

II.2.1. Thu nhận trình tự gen ...................................................................................26

II.2.2. Đánh giá mồi.................................................................................................26

II.2.3. Tách chiết DNA từ mẫu ong ký sinh............................................................27

II.2.3.1. Kiểm tra sản phẩm DNA đã tách chiết......................................................27

II.2.4. PCR (polymerase chain reaction).................................................................28

II.2.4.1. Trình tự mồi sử dụng cho phản ứng PCR..................................................28

II.2.4.2. Thành phần phản ứng PCR........................................................................28

II.2.4.3. Chu kì nhiệt cho phản ứng PCR ................................................................28

II.2.5. Điện Di..........................................................................................................29

II.2.6. Giải trình tự...................................................................................................29

II.2.7. Hiệu chỉnh trình tự........................................................................................29

II.2.8. Phân tích phả hệ phân tử...............................................................................30

II.2.8.1. Xây dựng bộ dữ liệu DNA.........................................................................30

II.2.8.2. Phân tích phả hệ phân tử............................................................................30

PHẦN III. KẾT QUẢ ....................................................................................................31

III.1. Khảo sát in silico ...............................................................................................31

III.1.1. Thu thập trình tự..........................................................................................31

III.2. Thu thập bộ mồi.................................................................................................38

III.3. Khảo sát và đánh giá mồi...................................................................................40

III.3.1. Kết quả khảo sát bộ mồi CO1490F - CO2198R.........................................40

III.3.1.1. Khảo sát thông số vật lý cặp mồi CO1490F - CO2198R........................40

III.3.1.2. Kết quả kiểm tra vị trí cặp mồi CO1490F - CO2198R với một số trình tự

của họ Braconidae...................................................................................................42

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang x

III.3.2. Kết quả khảo sát bộ mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R ...................................49

III.3.3. Khảo sát thông số vật lý cặp mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R......................49

III.3.3.1. Kết quả kiểm tra cặp mồi 16S wb/ 16S outer với một số trình tự của họ

Braconidae...............................................................................................................51

III.4. KHẢO SÁT THỰC NGHIỆM..........................................................................56

III.4.1. KẾT QUẢ TÁCH CHIẾT...........................................................................56

III.4.2. Kết quả khuếch đại vùng gen COI của cặp mồi CO1490F - CO2198R ...57

III.4.3. Kết quả khuếch đại vùng gen 16S rRNA của cặp mồi 16S_outer_F/

16S_Wb_R ..............................................................................................................59

III.5. KẾT QUẢ GIẢI TRÌNH TỰ.............................................................................61

III.6. KẾT QUẢ HIỆU CHỈNH TRÌNH TỰ..............................................................66

III.6.1. Kết quả hiệu chỉnh trình tự gen COI...........................................................66

III.6.1.1. Kết quả hiệu chỉnh trình tự IS1_COI_F...................................................66

- Vùng IS1_COI_FA...........................................................................................66

- Vùng IS1_COI_FB...........................................................................................68

- Vùng IS1_COI_FC...........................................................................................70

III.6.1.2. Hiệu chỉnh trình tự IS2_COI_F................................................................72

- Vùng IS2_COI_FA...........................................................................................72

- Vùng IS2_COI_FB...........................................................................................74

- Vùng IS2_COI_FC...........................................................................................77

III.6.2. Kết quả hiệu chỉnh trình tự gen 16S rRNA.................................................78

III.6.2.1. Hiệu chỉnh trình tự IS1_16S rRNA_F......................................................78

III.6.2.2. Hiệu chỉnh trình tự IS2_16S_F ................................................................85

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang xi

III.7. KẾT QUẢ XÂY DỰNG CÂY PHÁT SINH LOÀI..........................................90

PHẦN IV. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ........................................................................105

IV.1. Kết luận............................................................................................................105

IV.2. Đề nghị ............................................................................................................105

TÀI LIỆU THAM KHẢO............................................................................................107

PHẦN V. PHỤ LỤC....................................................................................................114

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 1

ĐẶT VẤN ĐỀ

Hiện nay, sử dụng thiên địch trên đồng ruộng nhằm kiểm soát sâu hại đặc

biệt là những loài sâu hại có khả năng kháng thuốc trừ sâu là một trong những mục

tiêu phát triển nền nông nghiệp bền vững [1]. Việc ứng dụng các loài thiên địch, đặc

biệt là các loài ong ký sinh nhằm tiêu diệt côn trùng, sâu hại đã và đang góp phần

quan trọng vào việc đáp ứng mục tiêu sản xuất rau an toàn theo tiêu chuẩn VietGap

ở Việt Nam [1].

Ong ký sinh thuộc họ Braconidae là một trong những nhóm có số lượng loài

phong phú nhất trong bộ cánh màng (Hymenoptera) [4]. Họ ong ký sinh Braconidae

có khoảng 17532 loài [59, 4]. Một số công trình nghiên cứu sự phân loại côn trùng,

cụ thể là phân loại ong ký sinh thường dựa vào đặc điểm hình thái (morphology)

[41]. Hiện nay, có rất nhiều các hệ thống phân loại côn trùng dựa vào đặc điểm hình

thái với các phương pháp thực hiện khác nhau. Tuy nhiên, công tác phân loại

thường gặp khó khăn (không phân tích được các mối quan hệ ở mức dưới họ), kết

quả định danh không đồng thuận với nhau giữa các công trình nghiên cứu [42, 58,

41].

Một số kỹ thuật phân tử (PCR, giải trình tự ...) dựa trên các vùng gen (16S

rRNA, 28S rRNA, COI) được áp dụng trong việc phân tích phát sinh loài, xác định

đặc tính di truyền và nghiên cứu tiến hóa hoặc định danh côn trùng (ong ký sinh)

[41].

Gen COI (cytochrome oxidase I) là gen thường trực trong bộ gen DNA ty

thể, là một “Barcode” phổ biến dùng để phân loại các loài động vật nói chung, côn

trùng nói riêng [41]. Gen COI (cytochrome oxidase I) có chức năng mã hóa cho tiểu

đơn vị I của cytochrome oxidase, được ứng dụng trong những nghiên cứu về phân

tích mức độ tiến hóa ở ong ký sinh [40].

Công trình nghiên cứu của Hebert và cộng sự (2004) dựa trên vùng gen COI

đã định danh được các loài bướm (Fulgerator Astraptes) [26, 54]. Công bố khoa