Phân lập đoạn gen mã hóa protein vỏ từ smv (soybean mosaic virus) gây bệnh khảm lá ở đậu tương

Số hóa bởi trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN

TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC

NGUYỄN THỊ HƢƠNG LY

PHÂN LẬP ĐOẠN GEN MÃ HÓA PROTEIN VỎ TỪ SMV

(SOYBEAN MOSAIC VIRUS) GÂY BỆNH KHẢM LÁ Ở

ĐẬU TƢƠNG

Chuyên ngành: Công nghệ sinh học

Mã số: 60.42.02.01

LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: GS.TS. Chu Hoàng Mậu

Thái Nguyên - 2013

Số hóa bởi trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/

i

LỜI CAM ĐOAN

Tôi xin cam đoan những nội dung trình bày trong luận văn này là do tôi

nghiên cứu dưới sự hướng dẫn của GS.TS Chu Hoàng Mậu và sự giúp đỡ của

các cộng sự trong nhóm nghiên cứu. Các số liệu và kết quả trình bày trong

luận văn đã được sự đồng ý của của cán bộ hướng dẫn và nhóm nghiên cứu,

các tài liệu trích dẫn đều ghi rõ nguồn gốc.

Tác giả

Nguyễn Thị Hƣơng Ly

Số hóa bởi trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/

ii

LỜI CẢM ƠN

Trước tiên, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn tới GS.TS Chu Hoàng Mậu đã

tận tình hướng dẫn, truyền đạt những kiến thức và kinh nghiệm quý báu để tôi

hoàn thành luận văn thạc sĩ Công nghệ sinh học này.

Tôi xin chân thành cảm ơn NCS. Lò Thị Mai Thu, cảm ơn Thạc sĩ

Hoàng Hà và tập thể cán bộ Phòng Công nghệ DNA và Ứng dụng, Phòng

Công nghệ tế bào thực vật, Viện Công nghệ sinh học đã tạo điều kiện và tận

tình giúp đỡ tôi hoàn thành các thí nghiệm trong luận văn.

Tôi xin cảm ơn các thầy cô Bộ môn Di truyền và Sinh học hiện đại,

Khoa Sinh - KTNN, Trường Đại học Sư phạm - Đại học Thái Nguyên; Tôi

xin cảm ơn PGS.TS Nguyễn Vũ Thanh Thanh và các Thầy, Cô trong khoa

Khoa học Sự sống, Trường Đại học Khoa học - Đại học Thái Nguyên đã nhiệt

tình giúp đỡ tôi trong quá trình học tập và nghiên cứu.

Cuối cùng, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn tới toàn thể gia đình, cảm ơn bạn

bè và đồng nghiệp đã luôn cổ vũ, động viên tôi trong suốt thời gian qua.

Tác giả

Nguyễn Thị Hương Ly

v

NHỮNG CHỮ VIẾT TẮT

bp Cặp base

cs Cộng sự

đtg Đồng tác giả

DNA Deoxiribonucleic acid

RNA Ribonucleic Acid

kb Kilo base

PCR Polymerase Chain Reaction

TAE Tris acetat EDTA

CP Coat Protein

DEPC Diethyl pyrocarbonate

RNAi RNA interference

RNase Ribonuclease

X-gal 5-brom-4-chloro-3-indolyl-β-D-galactosidase

cDNA Complementary DNA (DNA bổ sung)

IPTG Isopropylthio-β-D-galactosidase

SMV Soybean Mosaic Virus

vi

DANH MỤC CÁC BẢNG

Bảng Tên bảng Trang

Bảng 1.1 Sản xuất đậu tương ở Việt Nam từ 2007 đến 2013 8

Bảng 2.1 Thành phần cho phản ứng tổng hợp cDNA 23

Bảng 2.2 Thành phần của phản ứng PCR nhân gen CP 24

Bảng 2.3 Chu kỳ nhiệt cho phản ứng PCR nhân gen CP 25

Bảng 2.4 Thành phần phản ứng ghép nối gen CP vào vector tách

dòng pBT

27

Bảng 2.5 Thành phần phản ứng colony – PCR 28

Bảng 2.6 Chu trình nhiệt của phản ứng colony – PCR 28

Bảng 2.7 Thành phần hóa chất tách chiết plasmid 29

Bảng 3.1 Trình tự cặp mồi sử dụng trong nghiên cứu 34

Bảng 3.2 Các vị trí sai khác giữa trình tự đoạn gen CP của SMV

dòng SL1 và X63771

40

Bảng 3.3 Các vị trí sai khác giữa trình tự amino acid của CP ở

SMV dòng SL1 và CAA45307

43

vii

DANH MỤC CÁC HÌNH

Hình Tên hình Trang

Hình 1.1 Sơ đồ các gen trong hệ gen của SMV 17

Hình 1.2 Sơ đồ protein vỏ của SMV 18

Hình 1.3 Vùng Poty_coat 18

Hình 2.1 Cấu trúc vecto pBT 26

Hình 3.1 Các mẫu lá đậu tương nghi nhiễm bệnh thu thập ở các

tỉnh Thái Nguyên, Sơn La, Tuyên Quang, Hà Nội

31

Hình 3.2 Kết quả xác định đoạn tương đồng của 96 trình tự gen

CP khi so sánh bằng BLAST trong NCBI

34

Hình 3.3. Ảnh điện di sản phẩm PCR khuếch đại đoạn gen CP từ

cDNA của SMV

35

Hình 3.4. Kết quả biến nạp vecto tái tổ hợp vào tế bào khả biến

E.coli DH5

37

Hình 3.5 Hình ảnh điện di sản phẩm colony - PCR từ khuẩn lạc 38

Hình 3.6 Hình ảnh điện di sản phẩm tách plasmid mang gen CP 39

Hình 3.7. Trình tự đoạn gen CP của SMV phân lập tại tỉnh Sơn

La và trình tự gen CP của dòng virus SMV được đăng

ký GenBank có mã số X63771

41

Hình 3.8 So sánh trình tự amino acid suy diễn từ gen CP phân

lập từ virus SMV dòng SL và trình tự amino acid của

42