Phân bố genotype của human adenovirus ở ệnh nhi bị viêm phổi mắc phải cộng đồng :Luận văn thạc sĩ :Chuyên ngành: Công nghệ sinh học

BỘ CÔNG THƢƠNG

TRƢỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHIỆP THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

TRẦN QUỐC VIỆT

PHÂN BỐ GENOTYPE

CỦA HUMAN ADENOVIRUS Ở BỆNH NHI

BỊ VIÊM PHỔI MẮC PHẢI CỘNG ĐỒNG

Ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Mã ngành: 8420201

LUẬN VĂN THẠC SĨ

THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2022

Mẫu PL1 Mẫu PL1

Công trình đƣợc hoàn thành tại Trƣờng Đại học Công nghiệp TP. Hồ Chí Minh.

Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: TS. Phạm Hùng Vân

Luận v n thạc s đƣợc ảo vệ tại Hội đồng ch m ảo vệ Luận v n thạc s Trƣờng

Đại học Công nghiệp thành phố Hồ Chí Minh ngày 16 tháng 6 n m 2022

Thành phần Hội đồng đánh giá luận v n thạc s gồm:

1. TS. Nguyễn Thị Kim Anh - Chủ tịch Hội đồng

2. TS. Lao Đức Thuận - Phản iện 1

3. TS. Trần Thị Huyền - Phản iện 2

4. TS. Trần Quỳnh Hoa - Ủy viên

5. TS. Mai Bích Dung - Thƣ ký

(Ghi rõ họ, tên, học hàm, học vị của Hội đồng chấm bảo vệ luận văn thạc sĩ)

CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG TRƢỞNG KHOA/VIỆN…………

TS. Nguyễn Thị Kim Anh

NHIỆM VỤ LUẬN VĂN THẠC SĨ

Họ tên học viên: TRẦN QUỐC VIỆT........................... MSHV: 19000201

Ngày, tháng, n m sinh: CNSH9A.................................. Nơi sinh: V nh Long

Ngành: Công nghệ Sinh học .......................................... Mã ngành: 8420201

I. TÊN ĐỀ TÀI:

Phân ố genotype của human adenovirus ở ệnh nhi ị viêm phổi mắc phải cộng

đồng

NHIỆM VỤ VÀ NỘI DUNG:

Nhiệm vụ:

 Xác định tỷ lệ lƣu hành Human Adenovirus trên đối tƣợng ệnh nhi viêm phổi

cộng đồng mắc phải.

 Xác định genotype và tần xu t phân ố genotype của HAdV nhằm giúp lâm

sàng đánh giá nguy cơ diễn iến tình trạng ệnh viêm phổi mắc phải liên quan

đến kiểu gen đã đƣợc áo cáo

Nội dung:

 Xây dựng phƣơng pháp nghiên cứu

 Thu thập mẫu và tiến hành xử lý

 Xác định tỷ lệ lƣu hành của Adenovirus

 Xử lý mẫu tiền ly trích

 Thu nhận DNA tổng số từ mẫu thử

 Thực hiện phản ứng real – time PCR phát hiện Adenovirus

 Thống kê và phân tích tỷ lệ dƣơng tính

 Xác định phân ố kiểu gen Adenovirus

 Khuếch đại trình tự trên vùng gen ảo tồn của virus

BỘ CÔNG THƢƠNG

TRƢỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHIỆP

THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

CỘNG HÕA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM

Độc lập - Tự do - Hạnh phúc

 Điện di kiểm tra sản phẩm khuếch đại trên gel Agarose

 Tinh sạch sản phẩm PCR

 Thực hiện phản ứng PCR sequencing

 Thực hiện điện di mao quản ghi nhận trình tự khuếch đại.

II. NGÀY GIAO NHIỆM VỤ: Theo Quyết định số 1237/QĐ-ĐHCN ngày

29/9/2021

III. NGÀY HOÀN THÀNH NHIỆM VỤ: 16/6/2022

IV. NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: TS. Phạm Hùng Vân

Tp. Hồ Chí Minh, ngày 29 tháng 6 năm 2022

NGƢỜI HƢỚNG DẪN

(Họ tên và chữ ký)

CHỦ NHIỆM BỘ MÔN ĐÀO TẠO

(Họ tên và chữ ký)

TS.BS. PHẠM HÙNG VÂN

TRƢỞNG KHOA/VIỆN….………

i

LỜI CẢM ƠN

Cảm ơn cha mẹ đã cho con có đƣợc cuộc sống nhƣ ngày hôm nay.

Sau quá trình học tập và nghiên cứu dƣới sự hƣớng dẫn và chỉ ảo của TS.BS.

PHẠM HÙNG VÂN, tôi đã hoàn thành luận v n tốt nghiệp với đề tài “Phân bố

genotype của human adenovirus ở bệnh nhi bị viêm phổi mắc phải cộng đồng”.

tôi xin chân thành gửi lời cảm ơn đến

Trƣớc tiên tôi xin chân thành cảm ơn Thầy Phạm Hùng Vân đã tận tình hƣớng dẫn,

truyền đạt kiến thức tạo mọi điều kiện thuận lợi, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình

thực hiện đề tài.

Tôi xin cảm ơn quý Thầy Cô trong Viện công nghệ Sinh học và Thực phẩm -

Trƣờng Đại học Công nghiệp TP. HCM đã truyền đạt cho tôi những kiến thức và

đam mê khoa học trong suốt thời gian học tập và quá trình làm luận v n thạc s .

Xin cảm ơn Ban giám đốc Công ty Nam Khoa giúp đỡ hỗ trợ về vật ch t, thời gian

và tạo mọi điều kiện để tôi thực hiện và hoàn thành đề tài.

Đồng cảm ơn t t cả anh chị đồng nghiệp Công ty TNHH Dịch vụ và Thƣơng mại

Nam Khoa đã giúp đỡ tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài.

Cuối cùng, tôi xin gửi lời cảm ơn đến vợ và hai con của tôi vì đã luôn ên cạnh và

động viên tôi trong suốt thời gian qua.

Xin chân thành cảm ơn!

Tp. Hồ Chí Minh, ngày 29 tháng 6 n m 2022

Trần Quốc Việt

ii

TÓM TẮT LUẬN VĂN THẠC SĨ

Virus Adeno (HAdVs) đƣợc iết đến là tác nhân phổ iến gây ệnh hô h p từ nhẹ

đến c p tính ở trẻ nhỏ. Các kiểu gen của HAdV có thể kích thích tế ào theo các

hƣớng khác nhau từ đó gây ra các diễn iến lâm sàng phức tạp. Trong các kiểu gen

HAdV liên quan viêm phổi, kiểu gen B (gồm HAdV-B7, -B3) và kiểu gen C đƣợc

xác nhận là yếu tố nguy cơ làm gia t ng tỷ lệ chuyển x u hoặc tử vong. Chính vì

vậy xác định tỷ lệ nhiễm và kiểu gen Adeno là t t yếu trong việc giám sát dịch tễ,

ghi nhận iến chủng mới cũng nhƣ nắm rõ sinh lý ệnh học HAdV giúp cung c p

thông tin hữu ích cho việc ng n chặn và điều trị ệnh. Nghiên cứu đƣợc thực hiện từ

tháng 01 n m 2019 Đến tháng 12 n m 2020 trên mẫu trẻ em viêm phổi cộng đồng

mắc phải từ các ệnh viện nhi trên địa àn TP. Hồ Chí Minh. Mẫu quệt hầu họng,

mẫu đàm và dịch hô h p dƣới đƣợc sử dụng làm đối tƣợng thu nhận DNA tổng số,

kỹ thuật Real-time PCR sử dụng đoạn dò thuỷ giải (Hydrolysis pro e) để ghi nhận

tỷ lệ nhiễm trùng hô h p liên quan HAdV. Trình tự vùng HVR (Hyper Variants

Region) mã hoá proteion Hexon của virus đƣợc ghi nhận thông qua kỹ thuật Sanger

Sequencing. Kết quả trình tự gen đƣợc dùng để xác định kiểu genotype ằng cách

đối chiếu với các genotype HAdV từ ngân hàng dữ liệu NCBI. Kết quả nghiên cứu

thu dung đƣợc 1230 mẫu thử, tỷ lệ dƣơng tính với Adeno trên đối tƣợng khảo sát

đạt 7.44% (91/1223), tỷ lệ này cao hơn so với các áo cáo ở quốc gia lận cận cũng

nhƣ trong khu vực. Số ca nhiễm tập trung ở trẻ có độ tuổi dƣới 2 tuổi chiếm 83.5%,

tỷ lệ nhiễm nhóm đối tƣợng này đạt 8.14%; sự lây nhiễm HAdV đƣợc ghi nhận có

liên quan đến điều kiện khí hậu trong n m, chủ yếu vào mùa đông và mùa xuân khi

tỷ lệ nhiễm t ng dần từ tháng 11 và đạt đỉnh vào tháng 1 với 20.54%, không ghi

nhận ca nhiễm trong suốt giai đoạn tháng 4 – 6 trùng thời điểm mùa khô ở miền

Nam. Kết quả đã xác định đƣợc genotype của 70 mẫu dƣơng tính, ghi nhận ảy kiểu

gen Adeno virus lƣu hành tƣơng ứng HAdV-B7, - B3, -C1, -C2, -C6, -D8 và -F41.

Kiểu gen lƣu hành chủ đạo đƣợc xác định là HAdV-B7 (50.55%) và HAdV-B3

(10.99%), theo sau là kiểu gen C. Kiểu gen HAdV-D8 và HAdV-F41 là các kiểu

gen mới đƣợc thu nhận trong đề tài.

iii

ABSTRACT

Human Adenovirus (HAdV) has been known as a common cause of childhood

respiratory illness with vary clinical features from mild to severe pneumonia events.

Different types of HAdV display various tissue tropism, correlate with different clinical

manifestation of infection. Among the HAdV – associated respiratory disease, virus in

species HAdV-B (HAdV-3, -7) and species HAdV-C are recognized as main factor

tend to have higher case - fatality rates. Therefore, determining the prevalence and

types identification are critical to epidemiological surveillance, detection of new

strains, and understanding of HAdV pathogenesis which provide useful information for

preventing and treating HAdV’s infection. A prospective study was conducted among

children with community-acquired pneumonia (CAP) from pediatric hospitals in Ho

Chi Minh City from January 2019 to December 2020. Respiratory tract included

oropharyngeal specimen, gage specimen and lower respiratory fluid were used as

subject for total DNA extraction, Real-time PCR was designed to detect virus-specific

gene sequence using a hydrolysis probe to record the incidence of Adeno-associated

respiratory infections. The HVR sequences (Hyper Variants Region) encoding the viral

Hexon protein was collect via Sanger Sequencing. HAdV reference sequences on

NCBI database helped to classified genotype. In the study, HAdV account for 7.44%

(91/1223) of CAP in hospitalized children, HAdV-positive rate is higher than neighbor

countries. Among 91 patients, 76 (83.5%) children aged 0-2 years, its positive rate

count 8.14%; HAdV infection showed association with season in year and the onset

was in winter and spring with peak on January (20.54%). The results identified the

genotype of 70 positive samples, recorded seven circulating Human Adenovirus

genotypes respectively HAdV-B3 (10.99%), HAdV-B7 (50.55%), HAdV- C1 (4.4%),

HAdV- C2 (4.44%), HAdV-C6 (4.4%), HAdV-D8 (1.1%) and HAdV-F41 (1.11%).

Our study has shown that HAdV-B7 and HAdV-B3 were the predominant types in

pediatric CAP. HAdV-B7 circulates constantly, accounted for 50.55% of HAdV

isolates follow by HAdV-B3 (10.99%). Newly emerging and re-emergent types or

variant, HAdV-D8 and HAdV-F41 were identified.

iv

LỜI CAM ĐOAN

Tôi xin cam đoan luận v n tốt nghiệp “Phân bố genotype của human adenovirus

ở bệnh nhi bị viêm phổi mắc phải cộng đồng” là công trình nghiên cứu do chính

tôi thực hiện. Các số liệu thu thập, kết quả nghiên cứu và các kết luận trong luận

v n là trung thực, không sao chép từ t cứ đề tài nghiên cứu nào và dƣới t kỳ

hình thức nào. Việc tham khảo các nguồn tài liệu đã đƣợc thực hiện trích dẫn và ghi

nguồn tài liệu tham khảo đúng quy định.

Học viên

Trần Quốc Việt

v

MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN.............................................................................................................................. i

TÓM TẮT LUẬN VĂN THẠC SĨ...........................................................................................ii

ABSTRACT ..............................................................................................................................iii

LỜI CAM ĐOAN...................................................................................................................... iv

MỤC LỤC .................................................................................................................................. v

DANH MỤC HÌNH ẢNH......................................................................................................viii

DANH MỤC BẢNG BIỂU...................................................................................................... ix

DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT .................................................................................................... x

MỞ ĐẦU .................................................................................................................................... 1

1. Đặt v n đề........................................................................................................................ 1

2. Mục tiêu nghiên cứu ....................................................................................................... 2

3. Đối tƣợng và phạm vi nghiên cứu ................................................................................. 2

3.1 Đối tƣợng mẫu: ............................................................................................................... 2

3.2 Phạm vi nghiên cứu ........................................................................................................ 3

4. Cách tiếp cận và phƣơng pháp nghiên cứu ................................................................... 3

4.1 Xác định tỷ lệ lƣu hành HAdV trên ệnh phẩm hô h p ệnh nhi viêm phổi cộng

đồng mắc phải............................................................................................................................. 3

4.2 Phân ố kiểu gen HAdV trên mẫu ệnh phẩm dƣơng tính .......................................... 3

5. Ý ngh a thực tiễn của đề tài............................................................................................ 3

CHƢƠNG 1 TỔNG QUAN.................................................................................................. 5

1.1 Human Adenovirus (HAdVs)..................................................................................... 5

1.1.1 Phân loài ...................................................................................................................... 5

1.1.2 C u trúc........................................................................................................................ 5

1.1.3 Cơ chế xâm nhập......................................................................................................... 7

1.2 Chu trình lây nhiễm .................................................................................................... 8