Luận Án Tiến Sĩ Nông Nghiệp Khảo Sát Đặc Tính Gây Bệnh Và Biến Đổi Di Truyền Của Virus Cúm Gia Cầm

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ

TIỀN NGỌC TIÊN

KHẢO SÁT ĐẶC TÍNH GÂY BỆNH VÀ

BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CỦA VIRUS CÚM

GIA CẦM TYPE A H5N1 LƯU HÀNH TẠI

ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG

GIAI ĐOẠN 2014-2016

LUẬN ÁN TIẾN SĨ

NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI

2020

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ

TIỀN NGỌC TIÊN

KHẢO SÁT ĐẶC TÍNH GÂY BỆNH VÀ

BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CỦA VIRUS CÚM

GIA CẦM TYPE A H5N1 LƯU HÀNH TẠI

ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG

GIAI ĐOẠN 2014-2016

LUẬN ÁN TIẾN SĨ

NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI

MÃ NGÀNH: 62640102

CÁN BỘ HƯỚNG DẪN

PGS.TS. LÝ THỊ LIÊN KHAI

2020

i

LỜI CẢM TẠ

Tôi xin chân thành bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến: Ban Giám hiệu Trường

Đại học Cần Thơ, khoa Sau đại học, ban Chủ nhiệm Khoa Nông Nghiệp, Bộ

môn Thú y, các Quý thầy, cô đã giảng dạy, hướng dẫn, giúp đỡ, tạo điều kiện

thuận lợi cho tôi trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu và thực hiện luận án.

Tôi xin trân trọng bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến cô hướng dẫn PGS.TS. Lý

Thị Liên Khai đã giảng dạy, động viên, giúp đỡ và tạo mọi điều kiện thuận lợi

cho tôi học tập, nghiên cứu, chăm bồi kiến thức và hoàn thành luận án.

Xin chân thành cảm ơn các anh, chị đồng nghiệp trong ngành thú y đã giúp đỡ

tôi hoàn thành nghiên cứu của mình. Tôi xin dành tất cả sự yêu thương và lời

cám ơn tới gia đình, người thân yêu của tôi đã luôn ủng hộ, chia sẻ những

buồn vui trong cuộc sống để tôi có thể an tâm và có thêm nghị lực hoàn thành

luận án.

Tiền Ngọc Tiên

ii

TÓM TẮT

Bệnh cúm gia cầm là bệnh truyền nhiễm cấp tính của loài gia cầm, do

virus cúm thuộc họ Orthomyxoviridae gây ra. Bệnh cúm gia cầm type A H5N1

bắt đầu xuất hiện tại Việt Nam từ cuối năm 2003 và từ đó đến nay dịch bệnh

này xảy ra hàng năm và virus luôn biến đổi phân nhánh gây bệnh tại một số

địa phương trong cả nước làm chết và tiêu hủy với số lượng lớn gia cầm. Bên

cạnh khả năng lây nhiễm bệnh trên các loài gia cầm, virus cúm type A H5N1

còn có khả năng lây nhiễm và gây tử vong trên người. Do đó, việc thực hiện

giám sát tình hình dịch bệnh, sự lưu hành và biến đổi di truyền của virus cúm

gia cầm type A H5N1 có ý nghĩa rất quan trọng góp phần phát triển ngành

chăn nuôi gia cầm và bảo vệ sức khỏe con người. Mẫu swab dịch hầu họng

trên gà khỏe (420 mẫu), trên vịt khỏe (936 mẫu) bán tại các chợ, tại các lò giết

mổ và các hộ chăn nuôi gia cầm; 144 mẫu mô (não, lách, khí quản, phổi) của

gia cầm có biểu hiện triệu chứng, bệnh tích nghi mắc bệnh cúm gia cầm type

A H5N1 được thu thập để xét nghiệm. Các mẫu swab và mẫu mô trên gia cầm

được xét nghiệm bằng kỹ thuật Real time RT-PCR để xác định tỷ lệ lưu hành

virus và các đàn gia cầm nhiễm bệnh cúm tại 10 tỉnh/thành thuộc Đồng bằng

sông Cửu Long (ĐBSCL). Giải trình tự gene HA của 49 mẫu đại diện để xác

định sự biến đổi, tiến hóa và mối tương quan di truyền của virus cúm gia cầm

type A H5N1. Kết quả nghiên cứu cho thấy virus cúm gia cầm type A H5N1

gây bệnh chủ yếu trên các đàn gia cầm từ 1-3 tháng tuổi, tập trung vào thời

gian quý I hàng năm trên các đàn gia cầm chưa được tiêm phòng hoặc tiêm

phòng chưa đầy đủ theo quy định. Các đàn gia cầm mắc bệnh cúm gia cầm

type A H5N1có các triệu chứng phổ biến như ủ rũ, bỏ ăn, sốt; phù đầu, mặt,

thở khò khè, liệt chân, sả cánh, phân trắng xanh, da chân xuất huyết; thần kinh

(quay vòng, co giật nghẹo cổ) và các bệnh tích đặc trưng như não xuất huyết,

phổi xuất huyết, xuất huyết lớp mỡ vành tim, gan sưng xuất huyết, lách sưng

xuất huyết; khí quản xuất huyết, tích dịch. Đã phát hiện sự lưu hành virus cúm

gia cầm type A H5N1 trên gà và vịt bán tại các chợ và lò giết mổ; không phát

hiện sự lưu hành của virus cúm trên gà và vịt tại các hộ chăn nuôi. Có sự biến

đổi ở mức độ nucleotide của các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 lưu

hành và gây bệnh trên gia cầm giai đoạn 2014-2016 và tỷ lệ biến đổi tăng dần

theo thời gian. Các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 lưu hành và gây

bệnh trên gia cầm trong giai đoạn này ở các tỉnh/thành ĐBSCL thuộc phân

nhánh 2.3.2.1d và có trình tự các acid amin tại các vị trí quy định độc lực từ

341 đến 346 trên protein HA là RRR–KR. Đồng thời, có sự biến đổi ở các vị

trí acid amin trên protein HA là yếu tố nguy cơ làm tăng khả năng liên kết với

thụ thể α 2-6 gắn kết vào tế bào và gây bệnh trên người. Đã xác định được một

iii

số vị trí acid amin số 82, 152, 185, 282 có vai trò quan trọng đối với đặc tính

gây bệnh của virus cúm gia cầm type A H5N1, sự biến đổi loại acid amin ở

những vị trí này sẽ có khả năng làm thay đổi tính gây bệnh, virus cúm gia cầm

type A H5N1 có thể chuyển đổi khả năng từ gây bệnh trên gia cầm sang gây

bệnh trên người và ngược lại.

Từ khóa: Cúm gia cầm, Type A H5N1, Gà, Vịt, Đồng bằng sông Cửu Long,

Nucleotide

iv

ABSTRACT

Avian influenza is an acute infectious disease of poultry, caused by

influenza virus belonging to the family Orthomyxoviridae. Type A H5N1

Avian influenza has appeared in Vietnam since the end of 2003 and then this

epidemic has been happening every year and the virus has always changed its

pathogen in some localities in the country to kill and destroy large numbers of

poultry. Besides the possibility of infection on poultry species, the type A

H5N1 influenza virus is also capable of infecting and killing people.

Therefore, the surveillance of disease, circulation and genetic variation of type

A H5N1 avian influenza virus has important implications for the development

of poultry industry and human health protection. Oropharyngeal swab sample

on healthy chickens (420 samples), on healthy ducks (936 samples) sold in

markets, slaughterhouses and households; 144 tissue samples (brain, spleen,

treachal, lung) of poultry with symptomatic, suspected case with type A H5N1

avian influenza were collected for testing. Swab and tissue samples from

poultry were tested by Real time RT-PCR technique to determine the

prevalence of virus and poultry infected by type A H5N1 avian influenza in 10

provinces in the Mekong Delta. HA gene sequence of 49 representative

samples to determine the variation, evolution and genetic correlation of type A

H5N1 avian influenza virus. Research results showed that the type A H5N1

avian influenza virus caused disease mainly in 1-3 months old poultry flocks,

focusing on the first quarter of the year in unvaccinated or not enough dose as

prescribed vaccinated flocks. The common symptoms type A H5N1 avian

influenza infected poultry flocks were depression, anorexia, edema of the

head, respiratory signs, leg paralysis, wings paralysis, green to white diarrhea,

shanks hemorrhages; neurological sign and specific lesions such as brain

hemorrhages; lungs hemorrhages; hemorrhages on heart perirenal; liver

swelling, hemorrhages; spleen swelling, hemorrhages; trachea hemorrhages.

The circulation of type A H5N1 avian influenza virus has been detected on

chickens and ducks that sold in markets and slaughterhouses; non circulation

of the type A H5N1 avian influenza virus on chickens and ducks at

households. There was a change in the nucleotide level of type A H5N1 avian

influenza viruses circulating and causing disease in poultry during the 2014-

2016 period and the rate of changes gradually increased by time. Type A

H5N1 avian influenza viruses circulated and caused disease in poultry during

this period in the provinces of the Mekong Delta belonging to clade 2.3.2.1d

and had sequences of amino acids at cleavage sites from position 341 to 346

on protein HA is RRR-KR. At the same time, there was a change in amino

v

acid positions on HA protein, which increases the ability binding to α 2-6

receptors to bind to cells and cause disease in humans. There were some

positions of amino acid as 82, 152, 185, 282 that play an important role in the

pathogenicity of type A H5N1 avian influenza virus, changes kind of amino

acids in these locations will alter the pathogenicity, the type A H5N1 avian

influenza virus can switch the pathogen from poultry to human and vice versa.

Keywords: Avian influenza, Type A H5N1, Chicken, Duck, Mekong

delta, Nucleotide.

Lor cAM xnr rnr euA

T6i xin cam doan d6y ld c6ng trinh nghiCn criu cria ri6ng t6i, c6c ktit qu6

nghiOn ciru dugc trinh bdy trong lu4n 6n ld trung thgc, kh6ch quan vd chua

tung dung aC Uao vQ o b6t kj,noi ddu. T6i xin cam doan ring moi su gifp d0

cho viQc thpc hiQn lufln 6n d6 dugc c6m on, c6c th6ng tin trich d6n trong lufln

6n ndy d6u dugc chi 16 ngu6n g6c.

C6n bQ huring dfin Tic gii lufn 6n

PGS.TS. Ly Thi Li6n Khai Ti6n Nggc Ti6n

V1

vii

MỤC LỤC

Lời cảm tạ ......................................................................................................... i

Tóm tắt Tiếng Việt ........................................................................................... ii

Tóm tắt Tiếng Anh ........................................................................................... iv

Trang cam kết kết quả ...................................................................................... vi

Mục lục ........................................................................................................... vii

Danh sách bảng ............................................................................................... x

Danh sách hình ............................................................................................... xiii

Danh mục từ viết tắt ........................................................................................ xv

Chương 1 GIỚI THIỆU ................................................................................ 1

Chương 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU ............................................................ 4

2.1 Sơ lược về bệnh cúm gia cầm .................................................................... 4

2.2 Lịch sử bệnh cúm gia cầm ......................................................................... 4

2.3 Virus cúm gia cầm ..................................................................................... 7

2.3.1 Hình thái và cấu trúc ............................................................................... 7

2.3.2 Cấu trúc gene của virus cúm gia cầm ..................................................... 8

2.3.3 Kháng nguyên quan trọng của virus cúm gia cầm ................................. 10

2.3.4 Cơ chế và đặc tính gây bệnh của virus cúm gia cầm ............................. 11

2.3.5 Các phương thức biến đổi kháng nguyên của virus cúm gia cầm ......... 14

2.3.6 Sức đề kháng của virus cúm gia cầm ..................................................... 16

2.3.7 Đường lây truyền ................................................................................... 16

2.3.8 Tính thích ứng đa vật chủ của virus cúm gia cầm ................................. 17

2.3.9 Cơ chế xâm nhiễm và nhân lên trong tế bào vật chủ của virus cúm gia

cầm .................................................................................................................. 17

2.3.10 Khả năng gây bệnh của virus cúm gia cầm ........................................ 19

2.4 Triệu chứng, bệnh tích bệnh cúm gia cầm ................................................ 20

2.4.1 Triệu chứng ............................................................................................ 20

2.4.2 Bệnh tích ................................................................................................ 20

2.4.3 Tình hình bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên thế giới ...................... 21

2.4.4 Bệnh cúm gia cầm type A H5N1 ở Việt Nam ....................................... 26

2.4.5 Bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên người ......................................... 31

2.5 Một số nghiên cứu về virus cúm gia cầm và bệnh cúm gia cầm type A

H5N1 trên thế giới và ở Việt Nam .................................................................. 32

2.5.1 Trên thế giới ........................................................................................... 32

2.5.2 Việt Nam ............................................................................................... 38

2.6 Tình hình sử dụng vaccine phòng bệnh cúm gia cầm type A H5N1 tại Việt

Nam ................................................................................................................. 45

Chương 3 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ............................................. 48

viii

3.1 Nội dung nghiên cứu ................................................................................. 48

3.1.1 Nội dung 1 ............................................................................................. 48

3.1.2 Nội dung 2 ............................................................................................. 48

3.1.3 Nội dung 3 ............................................................................................. 48

3.1.4 Nội dung 4 ............................................................................................. 48

3.2 Thời gian và địa điểm nghiên cứu ............................................................ 48

3.2.1 Thời gian ................................................................................................ 48

3.2.2 Địa điểm ................................................................................................. 48

3.3 Vật liệu nghiên cứu ................................................................................... 48

3.3.1 Mẫu vật dùng trong nghiên cứu ............................................................. 48

3.3.2 Hóa chất và các chất sinh học chính sử dụng trong nghiên cứu ............ 49

3.3.3 Trang thiết bị chính sử dụng trong nghiên cứu ...................................... 49

3.3.4 Biểu mẫu thu thập thông tin ................................................................... 49

3.4 Phương pháp nghiên cứu .......................................................................... 50

3.4.1 Phương pháp thu thập thông tin dịch tễ, triệu chứng, bệnh tích, xét

nghiệm, xây dựng bản đồ dịch tễ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 và khảo sát

sự lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N1 tại một số tỉnh Đồng bằng

sông Cửu Long ................................................................................................ 50

3.4.2 Phương pháp giải trình tự và phân tích trình tự gene HA của virus cúm

gia cầm type A H5N1 gây bệnh và lưu hành trên các đàn gia cầm khỏe mạnh

nuôi tại các hộ chăn nuôi, buôn bán tại các chợ và các lò giết mổ gia cầm ... 56

3.4.3 Phương pháp xây dựng cây phả hệ từ các chủng virus cúm gia cầm type

A H5N1 giải trình tự được trong nghiên cứu và các chủng virus cúm gia cầm

type A H5N1 đã công bố ở Việt Nam và thế giới .......................................... 58

3.4.4 Phương pháp phân tích trình tự acid amin trên protein HA để xác định

đặc tính gây bệnh của virus cúm gia cầm type A H5N1 ................................ 60

3.4.5 Phương pháp tính toán và xử lý số liệu ................................................. 60

Chương 4 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ............................................... 61

4.1 Kết quả khảo sát tình hình dịch tễ; triệu chứng, bệnh tích; xét nghiệm; xây

dựng bản đồ dịch tễ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 và khảo sát sự lưu hành

của virus cúm gia cầm type A H5N1 tại một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu

Long ................................................................................................................ 61

4.1.1 Kết quả khảo sát tình hình dịch tễ; triệu chứng, bệnh tích; bệnh cúm gia

cầm type A H5N1 năm 2014, 2015 và 2016. ................................................. 61

4.1.2 Kết quả xét nghiệm virus gây bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên các

đàn gia cầm tại các tỉnh ĐBSCL năm 2014, 2015 và 2016 ............................ 69

4.1.3 Kết quả xây dựng bản đồ dịch tễ về không gian các đàn gia cầm bị bệnh

cúm gia cầm type A H5N1 ............................................................................. 71

ix

4.1.4 Kết quả khảo sát sự lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N1 trên

các đàn gia cầm khỏe nuôi tại các hộ chăn nuôi, các chợ và các lò giết mổ gia

cầm .................................................................................................................. 76

4.2 Kết quả giải trình tự và phân tích trình tự gene HA của virus cúm gia cầm

type A H5N1 gây bệnh và lưu hành trên các đàn gia cầm khỏe tại các hộ chăn

nuôi, các chợ và các lò giết mổ gia cầm ......................................................... 80

4.2.1 Kết quả giải trình tự gene HA của virus cúm gia cầm type A H5N1 gây

bệnh và lưu hành trên các đàn gia cầm khỏe tại các hộ chăn nuôi, các chợ và

các lò giết mổ gia cầm .................................................................................... 80

4.2.2 Kết quả phân tích trình tự gene HA của virus cúm gia cầm type A H5N1

gây bệnh và lưu hành trên các đàn gia cầm khỏe tại các hộ chăn nuôi, các chợ

và các lò giết mổ gia cầm................................................................................ 81

4.3 Kết quả xây dựng cây phả hệ của các chủng virus cúm gia cầm type A

H5N1 gây bệnh và lưu hành trên gia cầm phân lập được ở ĐBSCL năm 2014,

2015 và 2016 và các chủng virus cúm gia cầm lưu hành ở Việt Nam và thế

giới ................................................................................................................. 114

4.4 Kết quả phân tích trình tự acid amin trên protein HA để xác định đặc tính

gây bệnh của virus cúm gia cầm type A H5N1. ............................................ 120

4.4.1 Kết quả phân tích trình tự các acid amin ở vị trí quy định độc lực (HA0)

của các chủng virus cúm gia cầm gây bệnh và lưu hành trên gia cầm năm

2014, 2015 và 2016 ........................................................................................ 120

4.4.2 Kết quả phân tích trình tự các acid amin trên protein HA để xác định đặc

tính gây bệnh của các chủng virus phân lập được năm 2014, 2015 và 2016 123

Chương 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ..................................................... 162

5.1 Kết luận .................................................................................................... 162

5.2 Đề nghị ..................................................................................................... 163

Tài liệu tham khảo ......................................................................................... 165

Phụ lục ........................................................................................................... 175

x

DANH MỤC BẢNG

Bảng Tên bảng Trang

2.1 Các mốc thời gian chính của lịch sử bệnh cúm gia cầm 6

2.2 Chức năng cơ bản của các protein của virus cúm type A

H5N1

10

2.3 Kết quả khảo sát biến đổi bệnh tích bệnh cúm gia cầm 21

2.4 Tỷ lệ nhiễm bệnh cúm trên gà và vịt qua các đợt dịch 29

2.5 Số ca bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên người ở thế giới

từ năm 2003-2016

31

3.1 Phân bố mẫu và số mẫu swab gia cầm lấy qua các năm tại

các tỉnh, thành phố

51

3.2 Hỗn hợp nguyên liệu (master mix) của phản ứng rRT – PCR

xác định virus cúm type A và subtype H5

53

3.3 Hỗn hợp nguyên liệu (master mix) của phản ứng rRT – PCR

xác định virus cúm subtype N1

54

3.4 Chương trình nhiệt chạy mẫu xác định virus cúm type A 54

3.5 Chương trình nhiệt chạy mẫu xác đinh virus cúm phân type

H5 và N1

55

3.6 Hỗn hợp nguyên liệu chạy nhân gene HA 57

3.7 Chương trình nhiệt chạy nhân gene HA 58

4.1 Thông tin dịch tễ về số lượng các đàn gia cầm mắc bệnh

cúm type A H5N1 tại một số tỉnh ĐĐBSCL theo loài

61

4.2a Tỷ lệ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên gà tại các tỉnh

ĐBSCL năm 2014, 2015 và 2016 theo lứa tuổi

62

4.2b Tỷ lệ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên vịt và vịt xiêm

tại các tỉnh ĐBSCL năm 2014, 2015 và 2016 theo lứa tuổi

63

4.3 Tỷ lệ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên các đàn gia cầm

tại các tỉnh ĐBSCL theo tình trạng tiêm phòng vaccine

64

4.4 Tỷ lệ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên các đàn gia cầm

tại các tỉnh ĐBSCL theo thời gian

65

4.5 Tỷ lệ bệnh cúm gia cầm type A H5N1 trên các đàn gia cầm

tại các tỉnh ĐBSCL theo qui mô đàn

66

4.6 Tần suất xuất hiện các triệu chứng bệnh cúm gia cầm type A

H5N1

67

4.7 Tần suất xuất hiện các bệnh tích của bệnh cúm gia cầm type

AH5N1

68

4.8 Kết quả xét nghiệm virus gây bệnh cúm gia cầm type A

H5N1 tại các tỉnh ĐBSCL

69

4.9 Tỷ lệ lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N1 trên các

đàn gia cầm khỏe năm 2014, 2015 và 2016

76

4.10 Tỷ lệ lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N1 trên các 78

xi

đàn gia cầm khỏe tại các hộ chăn nuôi, tại các chợ và các lò

giết mổ

4.11 Tỷ lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N1 giai đoạn

2014-2016 theo loài

79

4.12 Kết quả giải trình tự gene HA của virus cúm gia cầm type A

H5N1 gây bệnh và lưu hành trên các đàn gia cầm khỏe tại

các hộ chăn nuôi, các chợ và các lò giết mổ gia cầm

80

4.13 Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số

lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn

gene HA của virus cúm gia cầm type A H5N1 giải trình tự

được giữa năm 2014 và 2015 với chiều dài đoạn so sánh là

1.597 nucleotide

82

4.14 Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số

lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn

gene HA của virus cúm gia cầm type A H5N1 giải trình tự

được giữa năm 2014 và 2016 với chiều dài đoạn so sánh là

1.598 nucleotide

87

4.15 Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số

lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn

gene HA của virus cúm gia cầm type A H5N1 giải trình tự

được giữa năm 2015 và 2016 với chiều dài đoạn so sánh là

1.594 nucleotide

92

4.16 Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số

lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn

gene HA của virus cúm gia cầm type A H5N1 giải trình tự

được năm 2014 với các chủng virus lưu hành tại Việt Nam

và trên thế giới với chiều dài đoạn so sánh là 1.649

nucleotide

97

4.17 Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số

lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn

gene HA của virus cúm gia cầm type A H5N1 giải trình tự

được năm 2015 với các chủng virus lưu hành tại Việt Nam

và trên thế giới với chiều dài đoạn so sánh là 1.600

nucleotide

99

4.18 Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số

lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn

gene HA của virus cúm gia cầm type A H5N1 giải trình tự

được năm 2016 với các chủng virus lưu hành tại Việt Nam

và trên thế giới với chiều dài đoạn so sánh là 1.600

nucleotide

101

4.19 Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số

lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn

103

xii

gene HA giữa các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1

gây bệnh và lưu hành trên gia cầm năm 2015 với chiều dài

đoạn gene so sánh là 1.600 nucleotide

4.20 Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số

lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn

gene HA giữa các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1

gây bệnh và lưu hành trên gia cầm năm 2016 với chiều dài

đoạn gene so sánh là 1.600 nucleotide

105

4.21 Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số

lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn

gene HA của các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1

gây bệnh trên gia cầm năm 2014, 2015 và 2016 với chiều

dài đoạn gene so sánh là 1.598 nucleotide

107

4.22 Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số

lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn

gene HA của các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 lưu

hành trên gia cầm năm 2015 và 2016 với chiều dài đoạn

gene so sánh là 1.635 nucleotide

109

4.23 Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số

lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn

gene HA của virus gia cầm type A H5N1 phân lập được trên

gia cầm năm 2015 với các chủng virus cúm type A H5N1

gây bệnh trên người tại Việt Nam với chiều dài đoạn gene so

sánh là 1.615 nucleotide

111

4.24 Kết quả so sánh tỷ lệ phần trăm (phía trên đường chéo) và số

lượng (phía dưới đường chéo) nucleotide sai khác trên đoạn

gene HA của virus gia cầm type A H5N1phân lập được năm

2016 với các chủng virus cúm type A H5N1 gây bệnh trên

người tại Việt Nam với chiều dài đoạn gene so sánh là 1.600

nucleotide

112

4.25 Kết quả phân tích trình tự các acid amin trên protein HA để

xác định đặc tính gây bệnh của các chủng virus phân lập

được năm 2014

123

4.26 Kết quả phân tích trình tự các acid amin trên protein HA để

xác định đặc tính gây bệnh của các chủng virus phân lập

được năm 2015

130

4.27 Kết quả phân tích trình tự các acid amin trên protein HA để

xác định đặc tính gây bệnh của các chủng virus phân lập

được năm 2016

146

xiii

DANH MỤC HÌNH

Hình Tên hình Trang

2.1 Cấu trúc của virus cúm gia cầm 7

2.2 Vị trí liên kết của prorein HA của virus cúm 12

2.3 Mô hình cơ chế xâm nhiễm và nhân lên của virus cúm type

A ở tế bào chủ

18

2.4 Vaccine Navet-vifluvac phòng bệnh cúm gia cầm type A

H5N1

46

2.5 Vaccine tái tổ hợp phòng bệnh cúm gia cầm H5N1 (Re 6) 46

3.1 Các đường chuẩn biểu diễn số lượng đơn vị huỳnh quang

của kỹ thuật rRT-PCR

56

4.1 Gà có biểu hiện xuất huyết da chân 68

4.2 Bản đồ dịch tễ các đàn gia cầm bị bệnh cúm gia cầm type

A H5N1 năm 2014

71

4.3 Bản đồ dịch tễ các đàn gia cầm bị bệnh cúm gia cầm type

A H5N1 năm 2015

72

4.4 Bản đồ dịch tễ các đàn gia cầm bị bệnh cúm gia cầm type

A H5N1 năm 2016

73

4.5 Bản đồ dịch tễ các đàn gia cầm bị bệnh cúm gia cầm type

A H5N1 năm 2014, 2015 và 2016

74

4.6 Vịt được bày bán tại chợ 77

4.7 Vị trí sai khác trên đoạn gene HA của virus cúm type A

H5N1 gây bệnh và lưu hành trên gia cầm tại các tỉnh, thành

phố vùng Đồng bằng sông Cửu Long năm 2014 và 2015

86

4.8 Vị trí sai khác trên đoạn gene HA của virus cúm gia cầm

type A H5N1 gây bệnh và lưu hành trên gia cầm tại các

tỉnh, thành phố vùng Đồng bằng sông Cửu Long năm 2014

và 2016

91

4.9 Vị trí sai khác trên đoạn gene HA của virus cúm gia cầm

type A H5N1 gây bệnh và lưu hành trên gia cầm tại các

tỉnh, thành phố vùng Đồng bằng sông Cửu Long năm 2015

và 2016

96

4.10 Cây phả hệ các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1

năm 2014

115

4.11 Cây phả hệ các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1

năm 2015

116

4.12 Cây phả hệ các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1

năm 2016

118

4.13 Trình tự các acid amin ở vị trí quy định độc lực (HA0) của

các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 năm 2014

120

4.14 Trình tự các acid amin ở vị trí quy định độc lực (HA0) của

các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 năm 2015

121

4.15 Trình tự các acid amin ở vị trí quy định độc lực (HA0) của

các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 năm 2016

122

4.16 Vị trí biến đổi của acid amin trên protein HA của virus cúm

gia cầm type A H5N1 gây bệnh trên gia cầm năm 2014

125