Bệnh tiêu chảy cấp trên heo (porcine epidemic diarrhea) tại đồng bằng sông cửu long đặc điểm bệnh

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ

HUỲNH MINH TRÍ

Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo

(Porcine Epidemic Diarrhea)

Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long: Đặc

Điểm Bệnh Học và Di Truyền Virus

LUẬN ÁN TIẾN SĨ

CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI

MÃ NGÀNH: 62 64 01 02

2022

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ

HUỲNH MINH TRÍ

Mã số NCS: P1014007

Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo

(Porcine Epidemic Diarrhea)

Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long: Đặc

Điểm Bệnh Học và Di Truyền Virus

LUẬN ÁN TIẾN SĨ

CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI

MÃ NGÀNH: 62 64 01 02

Ngƣời hƣớng dẫn

PGS TS Nguyễn Ngọc Hải

2022

TÓM TẮT

Nghiên cứu đƣợc thực hiện từ 01/2015 – 12/2018 nhằm xác định sự lƣu

hành của Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV); xác định các đặc điểm

bệnh học và phân tích di truyền của các chủng PEDV tại một số tỉnh Đồng

bằng sông Cửu Long.

Kết quả khảo sát tỷ lệ lƣu hành PEDV bằng phƣơng pháp ELISA tại 431

cơ sở chăn nuôi heo nái chƣa tiêm phòng vaccine PED, với 1.605 mẫu huyết

thanh heo nái tại một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long ghi nhận, có 206 cơ

sở (47,80%) với 408 mẫu huyết thanh (25,42%) có kháng thể kháng PEDV.

Trong đó, tỷ lệ lƣu hành PEDV cao nhất ở tỉnh Tiền Giang (33,72%) và thấp

nhất ở Đồng Tháp (17,06%). Tỷ lệ cá thể nái có kháng thể kháng PEDV cao

nhất ở qui mô 50 - 100 nái với tỷ lệ 27,04%; trên 100 nái (26,83%); 20 đến

dƣới 50 nái (26,76%); 10 đến dƣới 20 nái (25,21) và thấp nhất ở qui mô dƣới

10 nái (19,75%). Khảo sát hàm lƣợng kháng thể kháng PEDV cho thấy, trung

bình tỷ số S/P ở các cơ sở đã xảy ra dịch PED đều trên 1 (1,340 – 1,797),

trong khi ở những cơ sở chƣa xảy ra dịch PED dƣới 1 (0,740 – 0,885).

Phân tích các yếu tố nguy cơ có liên quan đến bệnh PED cho thấy, nguy

cơ cao nhất là không sát trùng chuồng trại hoặc sát trùng chuồng trại ít hơn 2

tuần/lần (OR = 3,22), không có hố sát trùng trƣớc trại (OR = 3,01), khoảng

cách với các hộ chăn nuôi có dịch bệnh (OR = 2,26) và mua con giống bên

ngoài (OR = 2,06).

Khảo sát tình hình dịch bệnh PED tại một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu

Long cho thấy, 20,76% (109/525) heo nái mắc bệnh tiêu chảy do PEDV, và tỷ

lệ nhiễm PEDV trên heo con theo mẹ mắc bệnh tiêu chảy là 27,72%

(627/2.262). Tỷ lệ mắc bệnh và tỷ lệ chết trong các ổ dịch tiêu chảy cấp trên

heo con theo mẹ tƣơng ứng là 97,97% (627/640 con) và 80,70% (506/627),

trong đó, tỷ lệ bệnh và chết cao nhất là ở giai đoạn heo con dƣới 7 ngày tuổi

(tƣơng ứng 100 và 84,47%), kế đến ở giai đoạn 7 – 10 ngày tuổi (97,71 và

77,34%) và thấp nhất là giai đoạn trên 10 ngày tuổi (88,10 và 64,86%).

Triệu chứng lâm sàng đặc trƣng trên heo con theo mẹ trong các ổ dịch

PED là tiêu chảy phân lỏng, nhiều nƣớc, màu vàng và xanh, đôi khi kèm theo

ói. Bệnh tích đại thể đặc trƣng là dạ dày căng phồng, chứa nhiều sữa vón cục

không tiêu hóa, thành ruột non bị bào mỏng, trong suốt, ruột già phồng to,

thành ruột mỏng. Bệnh tích vi thể đặc trƣng là lông nhung ruột non bị đứt nát,

bong tróc ra và ngắn lại, biểu mô tuyến ruột già đứt nát, niêm mạc dạ dày hoại

tử bong tróc, hạch màng treo ruột sung huyết. Trên heo nái, triệu chứng lâm

sàng chủ yếu là tiêu chảy phân lỏng màu xám.

Khảo sát mức tƣơng đồng trình tự nucleotidevà amino acid gene E của

10 chủng thu thập tại 5 tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long cho thấy, mức độ

tƣơng đồng trình tự nucleotide từ 98,2 – 100%, và 96,1 – 99,7% với các chủng

tham khảo ở châu Á, Âu và Mỹ. Mức tƣơng đồng về trình tự amino acid giữa

các chủng trong nghiên cứu là 97,3 – 100%, và 93,4 – 100% với các chủng ở

châu Á, Âu và Mỹ. Dựa trên gene E, các chủng trong nghiên cứu thuộc nhóm

G2.

Tƣơng đồng trình tự nucleotide gene M giữa 10 chủng dao động từ 98,6 -

100%, và 97,2 – 99,8% với các chủng ở châu Á, Âu và Mỹ. Mức tƣơng đồng

về trình tự amino acid gene M giữa các chủng trong nghiên cứu là 98,6 -

100%, và với các chủng ở châu Á, Âu và Mỹ là 96,9 – 100%. Dựa trên gene

M, các chủng trong nghiên cứu thuộc phân nhóm G2 – 2.

Gene N giữa các chủng có sự tƣơng đồng về trình tự nucleotide từ 97,2 –

100%, và 94,6 – 98,7% với các chủng ở châu Á, Âu và Mỹ. Mức tƣơng đồng

về trình tự amino acid giữa các chủng trong nghiên cứu là 97,9 – 100%, và

94,3 – 98,6% với các chủng ở châu Á, Âu và Mỹ. Dựa trên gene N, các chủng

PEDV trong nghiên cứu đƣợc xếp vào 2 nhóm: G1 và G2 (với 2 phân nhóm

G2.1 và G2.2).

Phân tích gene S cho thấy, tỷ lệ tƣơng đồng giữa các chủng về trình tự

nucleotide dao động từ 97,5 – 99,6%, tƣơng đồng 93,2 – 98,3% với các chủng

ở châu Á, Âu và Mỹ. Mức tƣơng đồng về trình tự amino acid giữa các chủng

trong nghiên cứu là 93,0 – 99,2%, với các chủng ở châu Á, Âu và Mỹ là 73,5

– 95,5%. Dựa trên gene S, tất cả các chủng trong nghiên cứu này đều thuộc

nhóm G2.

Từ khóa: bệnh tiêu chảy cấp ở heo (PED), heo con theo mẹ, heo nái,

triệu chứng lâm sàng, bệnh tích, trình tự nucleotide, Đồng bằng sông Cửu

Long

iii

ABSTRACTS

The aim of research was conducted from January 2015 to December

2018 to identify the prevalence of PEDV infection; Determination of the

pathological characteristics and genetic analysis of PEDV sampling from

some provinces in Mekong Delta.

By antibody Elisa test, with 1,605 sow serum samples taking from 431

breeding farms in some provinces in Mekong Delta, the results showed that

47.8% (206/431) farms and 25.42% (408/1,605) serum samples was positive

for PEDV infection. The highest prevalence was found in Tien Giang province

(33.72%) and lowest in Dong Thap (17.06%). By the herd size, the highest

PEDV infection prevalence was found in the herd from 50 - 100 sows with

27.04%; over 100 sows (26.83%); then 20 to less than 50 sows (26.76%); 10

to less than 20 sows (25.21) and lowest in less than 10 sows (19.75%). By S/P

ratio, the results showed that the mean S/P ratios in facilities with PED were

above 1 (1,340 - 1,797), whereas these in facilities without PED were less than

1 (0.740 - 0.885).

Analysis of risk factors related to PED showed that the highest risk was

not disinfecting the barn or disinfecting the barn less than once every 2 weeks

(OR = 3.22), not having a disinfection pit in front of the farm (OR = 3.01),

distance from diseased livestock households (OR = 2.26) and buying animals

from outside (OR = 2.06).

Analysing the diarrhea samples of sows and suckling piglets in some

provinces in Mekong Delta, the results showed that 20.76% (109/525) of

diarrhea sows and 27.72% (627/2,262) of diarrhea suckling piglets were

positive with PEDV. Morbility and mortality in the acute diarrhea outbreak on

piglets was 97.97% (627/640) and 80.70% (506/627) respectively. The

morbidity and mortality was highest in piglets under 7 days of age (100 and

84.47%), 7-10 days of age (97.71 and 77.34%) and lowest in piglets over 10

days old (88.10 and 64.86%, respectively).

Clinical signs in the PED outbreaks were characterized by severe watery

diarrhea, yellow and green feces, sometimes accompanied by vomiting.

Common gross lesions in PEDV infected piglets were limited to the

gastrointestinal tract, the stomach filled with undigested milk, thin and

transparent intestinal wall. Histophathology lesions have been observed in the

small intestine with severe damage of intestinal microvilli, intestinal glands,

colon glandular epithelium; necrosis of the gastric mucosa; mesenteric lymph

nodes hemorrhaged. In sows, the clinical sign is diarrhea, gray feces.

The nucleotide and amino acid sequences of E gene of 10 isolates taken

from the provinces in Mekong Delta in 2015-2017 analysis showed that the

similarity between strains ranged from 98.2 to 100%; and 96.1 to 99.7% with

the strains in Asia, Europe and the US for nucleotide sequence, and was 97.3 -

100% and 93.4 - 100% for amino acid sequence, respectively. Based on E

gene, all 10 isolates belongs to G2 group.

Nucleotide sequence homology of M gene between 10 strains ranged

from 98.6 to 100%; and 97.2 to 99.8% with the strains in Asia, Europe and

America. The amino acid sequences of M gene of 10 strains was 98.6 - 100%,

and 96,9 - 100% with those of Asian, European and American strains. Based

on M gene, all 10 isolates belongs to G2.2 subgroup.

Within the strains, in the nucleotide sequences, N gene was similary

from 97.2 - 100% , and 94.6 - 98.7% with the strains in Asia, Europe and

USA. The amino acid sequences of N gene of 10 isolates in the study was 97.9

– 100%, and 94.3 – 98.6% with those of Asian, European and American

strains. Based on N gene, 10 isolates in this study belong to two groups G1

(group of vaccinal strains) and G2. The strains in group G2 belongs to two

subgroup G2.1, and G2.2.

For the S gene, the results showed the homogeneity of nucleotide

sequence ranged from 97.5 - 99.6% between 10 isolates, and 93.2% - 98.3%

with the strains in Asia, Europe and America. The amino acid sequences of S

gene of 10 isolates in the study was 93.0 - 99.2%, and 73.5 - 95.5% with those

of Asian, European and American strains. Based on S gene, all 10 isolates in

this study belong to group G2.

Keywords: Porcine epidemic diarrhea (PED), Suckling piglet, Sow, Clinical

sign, Lesions, Genomic, Mekong Delta

Lời Cảm Tạ

Xin thành kính dâng lên Ông Bà, Cha Mẹ lòng biết ơn sâu sắc và sự kính

trọng cao quí nhất. Ngƣời đã sinh thành, dƣỡng dục với biết bao sự khó nhọc

và hy sinh để tôi khôn lớn nên ngƣời.

Xin ghi nhớ và biết ơn Thầy PGS.TS. Nguyễn Ngọc Hải đã hết lòng yêu

thƣơng, chỉ bảo, hổ trợ và truyền đạt những kiến thức quí báu để tôi hoàn

thành luận án

Xin chân thành cảm ơn Thầy PGS.TS. Nguyễn Đức Hiền đã hết lòng dạy

bảo, yêu thƣơng, dìu dắt, truyền đạt những kiến thức quí báu và tạo mọi điều

kiện để cho tôi học tập, công tác và làm luận án tốt nghiệp.

Xin chân thành cảm ơn Ban giám đốc công ty Cổ Phần Sản Xuất Kinh

Doanh vật tƣ và thuốc thú y Vemedim, Ban giám đốc trung tâm nghiên cứu và

phát triển, cùng toàn thể các cô chú, anh chị và các em công tác tại Trung tâm

RD đã tạo mọi điều kiện, tận tình chỉ bảo, chia sẻ công việc và giúp đỡ tôi

trong quá trình học tập và làm luận án tốt nghiệp.

Xin bày tỏ lòng biết ơn đến quí Thầy Cô trong bộ môn Thú Y, quí Thầy

Cô tham gia giảng dạy, hƣớng dẫn và chấm chuyên đề, tiểu luận NCS đã tận

tình chỉ bảo và truyền đạt những kiến thức quí báu. Chân thành cảm ơn Ban

Giám Hiệu Trƣờng Đại Học Cần Thơ, Ban Chủ nhiệm Khoa Nông Nghiệp,

Khoa Sau Đại Học, tạo mọi điều kiện thuận lợi trong học tập, nghiên cứu và

thực hiện luận án.

Chân thành biết ơn anh Võ Tấn Hùng, Nguyễn Thị Phƣơng Bình và các

anh chị công tác tại Phòng xét nghiệm chẩn đoán Thú Y Hàn Việt đã tạo mọi

điều kiện và giúp đỡ tôi trong công tác xét nghiệm.

Chân thành cảm ơn các em sinh viên Trần Văn Minh, Phan Công Hậu,

Nguyễn Anh Duy, Nguyễn Nhựt Anh, Lê Thị Cẩm Tú, Ngô Quốc Bảo sinh

viên lớp Thú Y và Dƣợc Thú Y K39 - Đại Học Cần Thơ, Trần Hoàng Anh

Thƣ, Phạm Thị Tố Li lớp DH13SHA – Đại Học Nông Lâm TP HCM đã hổ trợ

theo dõi, thu thập mẫu và chẩn đoán xét nghiệm

Chân thành cảm ơn các anh chị và các em ở bộ phận Chăm Sóc Khách

Hàng - Phòng Kinh Doanh Vemedim; các anh, các bạn và các em làm kinh

doanh của các công ty thức ăn Greenfeed, Deheus, Cagrill, Anco địa bàn Bến

Tre, Vĩnh Long, Sóc Trăng, Hậu Giang; các cô chú, anh chị và các bạn ở Chi

cục thú y Cần Thơ, Tiền Giang, Bến Tre, Đồng Tháp, Hậu Giang và các cơ sở

chăn nuôi heo ở Bến Tre, Cần Thơ, Đồng Tháp, Hậu Giang, Sóc Trăng, Tiền

Giang và Vĩnh Long đã giúp đỡ tôi trong thu thập số liệu và lấy mẫu xét

nghiệm.

Chân thành cảm ơn các anh chị NCS Khóa 2014 đã giúp đỡ và động viên

tôi trong quá trình học tập cũng nhƣ trong suốt quá trình làm luận án tốt

nghiệp.

vii

Mục Lục

TÓM TẮT ................................................................................................................ i

ABSTRACTS......................................................................................................... iii

Lời Cam Đoan ..........................................................................................................v

Lời Cảm Tạ............................................................................................................. vi

Mục Lục ................................................................................................................ vii

Danh Sách Chữ Viết Tắt ......................................................................................... ix

Danh Sách Hình........................................................................................................x

Danh Sách Bảng .................................................................................................... xii

CHƢƠNG 1 GIỚI THIỆU........................................................................................1

1.1 Đặt vấn đề...........................................................................................................1

1.2 Mục tiêu của nghiên cứu .....................................................................................2

1.3 Nội dung nghiên cứu ...........................................................................................2

1.4 Ý nghĩa của luận án.............................................................................................3

1.5 Những điểm mới của luận án...............................................................................3

CHƢƠNG 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU.....................................................................4

2.1 Tổng quan về bệnh tiêu chảy cấp do PEDV (Porcine epidemic diarrhea virus)

trên heo.....................................................................................................................4

2.1.1 Lịch sử.............................................................................................................4

2.1.2 Tác nhân gây bệnh ...........................................................................................4

2.1.3 Dịch tễ học.......................................................................................................7

2.1.4 Miễn dịch.........................................................................................................7

2.1.5 Sinh bệnh học...................................................................................................8

2.1.6 Triệu chứng lâm sàng .......................................................................................8

2.1.7 Bệnh tích..........................................................................................................9

2.1.8 Chẩn đoán......................................................................................................12

2.1.9 Phòng và trị bệnh ...........................................................................................15

2.2 Tình hình nghiên cứu trong và ngoài nƣớc về bệnh PED...................................17

2.2.1 Tình hình nghiên cứu ngoài nƣớc ...................................................................17

2.2.2 Tình hình nghiên cứu trong nƣớc ...................................................................33

2.3 Sơ lƣợc về Đồng bằng sông Cửu Long và một số tỉnh trong nghiên cứu ............36

2.3.1 Bến Tre .........................................................................................................36

2.3.2 Cần Thơ ........................................................................................................37

2.3.3 Đồng Tháp .....................................................................................................37

2.3.4 Hậu Giang......................................................................................................37

2.3.5 Sóc Trăng.......................................................................................................38

2.3.6 Tiền Giang .....................................................................................................38

2.3.7 Vĩnh Long......................................................................................................38

CHƢƠNG 3 VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU..............................39

3.1 Vật liệu nghiên cứu ...........................................................................................39

3.1.1 Thời gian và địa điểm nghiên cứu...................................................................39

viii

3.1.2 Vật liệu ..........................................................................................................39

3.2 Phƣơng pháp nghiên cứu..................................................................................41

3.2.1 Nội dung 1: Khảo sát sự lƣu hành của PEDV bằng phƣơng pháp ELISA và

phân tích các yếu tố nguy cơ ...................................................................................41

3.3.2 Nội dung 2: Đánh giá tỷ lệ bệnh do PEDV .....................................................45

3.2.3 Nội dung 3: Khảo sát tần suất xuất hiện các biểu hiện bệnh lý của bệnh PED. 48

3.2.4 Nội dung 4: Phân tích trình tự 4 gene cấu trúc S, E, M, N của PEDV .............49

3.3 Các chỉ tiêu theo dõi..........................................................................................57

3.4 Phƣơng pháp xử lý số liệu.................................................................................58

CHƢƠNG 4 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ............................................................59

4.1. Khảo sát tỷ lệ nhiễm PEDV tại một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long và phân

tích các yếu tố nguy cơ............................................................................................59

4.1.1 Tỷ lệ nhiễm PEDV trên heo nái theo địa phƣơng............................................59

4.1.2 Tỷ lệ nhiễm PEDV trên heo nái theo qui mô tổng đàn nái...............................61

4.1.3 Tỷ lệ nhiễm PEDV trên heo nái theo lứa đẻ ....................................................64

4.1.4 Đáp ứng tạo kháng thể kháng PEDV trên heo nái ở những cơ sở đã xảy ra dịch

và chƣa xảy ra dịch PED.........................................................................................66

4.1.5 Kết quả khảo sát một số yếu tố nguy cơ liên quan đến bệnh PED ...................67

4.2 Đánh giá tỷ lệ bệnh do PEDV trên heo tiêu chảy tại một số tỉnh đồng bằng sông

Cửu Long................................................................................................................70

4.2.1 Đánh giá tỷ lệ bệnh do PEDV trên heo con theo mẹ và heo nái mắc bệnh tiêu

chảy do PEDV ........................................................................................................70

4.2.2 Tỉ lệ mắc bệnh và tỉ lệ chết trên đàn heo con nhiễm PEDV theo địa phƣơng...73

4.2.3 Tỉ lệ mắc bệnh và tỉ lệ chết trên đàn heo con nhiễm PEDV theo ngày tuổi......75

4.2.4 Mối tƣơng quan về tỷ lệ nhiễm PEDV giữa heo con và heo mẹ ......................76

4.3 Đánh giá tần suất các biểu hiện bệnh lý của PED trên heo bệnh tiêu chảy cấp....77

4.3.1 Đánh giá tần suất các triệu chứng lâm sàng trên heo mắc bệnh tiêu chảy cấp . 77

4.3.2 Đánh giá tần suất các bệnh tích đại thể trên heo con theo mẹ mắc PED...........82

4.3.3 Đánh giá tần suất các bệnh tích vi thể trên heo con theo mẹ mắc PED ............85

4.4 Nghiên cứu 4 gene cấu trúc S, E, M, N của PEDV ............................................91

4.4.1 Nhân bản gene E, M, N và S của PEDV bằng kỹ thuật RT - PCR...................91

4.4.2 Tạo dòng gene E, M, N và S vào vector pGEM - T Easy ................................92

4.4.3 Phân tích gene S, E, M, N của PEDV .............................................................95

Chƣơng 5 Kết Luận Và Đề Nghị...........................................................................126

5.1 Kết Luận .........................................................................................................126

5.2 Đề Nghị ..........................................................................................................127

Tài Liệu Tham Khảo.............................................................................................128

Phụ Lục 1 .............................................................................................................137

Danh Sách Chữ Viết Tắt

Viết tắt Chữ viết đầy đủ Nghĩa tiếng việt

aa Amino acid Axít amin

ASC Antibody secreting cells Tế bào chế tiết kháng thể

CPE Cytopathic effect Bệnh tích tế bào

DNA Desoxyribonucleic acid

ELISA Enzyme linked immunosorbent

assay

Phản ứng miễn dịch gắn men

EVD Epidemic viral diarrhea Bệnh tiêu chảy thành dịch do

virus

FFN Fluorescent Foci Neutralization

assay

FMIA Fluorescent Microsphere

Immunoassay -

IF Immunofluorescence Miễn dịch huỳnh quang

IFN Interferon

IgG Immunoglobulin G Kháng thể IgG

IgM Immunoglobulin M Kháng thể IgM

IgA Immunoglobulin A Kháng thể IgA

IHC Immunohistochemistry Hóa mô miễn dịch

IL-8 Interleukin – 8

IPMA Immunoperoxidase monolayer

assay

Phƣơng pháp miễn dịch tế bào

1 lớp với peroxydase

N Nucleoprotein

nt Nucleotide

ORF Open Reading Frame Khung đọc mở

PCR Polymerase chain reaction Phản ứng nhân chuỗi gene

PED Porcine epidemic diarrhea Bệnh tiêu chảy cấp trên heo

PEDV Porcine epidemic diarrhea virus Virus gây bệnh tiêu chảy cấp

trên heo

RNA Ribonucleic acid

RT-PCR Reverse transcription - Polymerase

chain reaction

Phản ứng nhân chuỗi gene sao

chép ngƣợc

SAB Streptavidin-biotin

TCID50 Tissue culture infective dose 50 % Liều gây nhiễm 50% tế bào

TGE Transmissible Gastro enteritis Bệnh viêm dạ dày ruột truyền

nhiễm

TGEV Transmissible Gastro enteritis

virus

Virus gây bệnh viêm dạ dày

ruột truyền nhiễm

UTR Untranslated Region Vùng không mã hóa

Danh Sách Hình

Hình Tựa Hình Trang

2.1 Mô phỏng cấu trúc của virus PED 6

2.2 Lông nhung ruột non bị cùn, ngắn lại trên heo con bệnh PED 10

2.3 Tế bào biểu mô ruột bong tróc, thâm nhiễm bạch cầu 11

2.4 Lông nhung ruột bị teo ngắn và hoại tử, có sự co lại 11

2.5 Bản đồ khu vực đồng bằng sông Cửu Long 36

3.1 Vector tạo dòng TA: pGEM-T Easy 41

3.2 Bộ kit ELISA phát hiện kháng thể IgG của PEDV 45

3.3 Kết quả phản ứng ELISA 45

3.4 Các bƣớc thực hiện phản ứng bằng bộ kít PED-Ag test kít 46

3.5

Đọc kết quả: Mẫu âm tính, chỉ có vạch màu đỏ ở vị trí C (control);

Mẫu dƣơng tính có vạch màu đỏ ở cả vị trí C và T (test) với kháng

nguyên PEDV

4.1 Mẫu phân dƣơng tính với PEDV 73

4.2 Kết quả điện di RT – PCR 73

4.3 Heo mẹ nhiễm PED tiêu chảy phân xám 80

4.4 Heo con theo mẹ nhiễm PED tiêu chảy phân vàng 80

4.5 Heo con theo mẹ nhiễm PED tiêu chảy phân lỏng 80

4.6 Heo con theo mẹ nhiễm PED tiêu chảy phân xanh 80

4.7 Heo con theo mẹ nhiễm PED nằm dồn đống 81

4.8 Heo con theo mẹ nhiễm PED ói mửa 81

4.9 Ruột non căng phồng, sung huyết, xuất huyết 83

4.10 Ruột già xuất huyết 84

4.11 Dạ dày căng phồng, sung huyết 84

4.12 Dạ dày căng phồng chứa sữa không tiêu, xuất huyết 84

4.13 Niêm mạc ruột non bình thƣờng dƣới kính hiển vi ở vật kính 10X

và 40X 86

4.14 Nhung mao ruột non đứt nát 87

4.15 Nhung mao ruột non gần nhƣ mất hết 87

4.16 Lớp dƣới niêm mạc ruột non bị phù 87

4.17 Xuất huyết niêm mạc ruột non 87

4.18 Tăng sinh tế bào lympho ruột non 87

4.19 Viêm hoại tử niêm mạc ruột non 87

4.20 Biểu mô tuyến ruột già bình thƣờng 88

4.21 Tuyến niêm ruột già mạc đứt nát, phù 88

4.22 Biểu mô tuyến niêm mạc ruột già mạc đứt nát 88

4.23 Xuất huyết, hoại tử niêm mạc ruột già 88

4.24 Niêm mạc dạ dày bình thƣờng 90

4.25 Hạch ruột bình thƣờng 90

4.26 Bong tróc niêm mạc dạ dày 90

4.27 Xuất huyết hoại tử niêm mạc dạ dày 90

4.28 Tăng sinh tế bào lympho, sung huyết và xuất huyết hạch ruột 90

4.29 Kết quả điện di RT – PCR nhân bản đoạn gene E 91

4.30 Kết quả điện di RT – PCR nhân bản đoạn gene M 91

4.31 Kết quả điện di RT – PCR nhân bản đoạn gene N 92

4.32 Kết quả điện di RT – PCR nhân bản đoạn gene S 92

4.33 Kết quả sản phẩm tạo dòng trên môi trƣờng LB/amp/IPTG/X – gal 93

4.34 Kết quả sản phẩm tạo dòng trên môi trƣờng LB/amp/IPTG/X – gal

(TT) 94

4.35 Kết quả điện di nhân bản đoạn gene từ khuẩn lạc chứa plasmid

mang gene S1, S2, S3, S4, E, M, N 95

4.36

Sơ đồ mối quan hệ di truyền dựa trên gene S giữa các chủng PEDV

trong nghiên cứu và các chủng PEDV tham khảo trên ngân hàng

gene

103

4.37 So sánh trình tự nucleotide của gene E giữa các chủng PEDV trong

nghiên cứu này với nhau và với các chủng PEDV tham chiếu khác 106

4.38 So sánh trình tự amino acid của gene E giữa các chủng PEDV trong

nghiên cứu này với nhau và với các chủng PEDV tham chiếu khác 108

4.39

Sơ đồ mối quan hệ di truyền dựa trên gene E giữa các chủng PEDV

trong nghiên cứu và các chủng PEDV tham khảo trên ngân hàng

gene

110

4.40

Sơ đồ mối quan hệ di truyền dựa trên gene M giữa các chủng PEDV

trong nghiên cứu và các chủng PEDV tham khảo trên ngân hàng

gene

116

4.41

Sơ đồ mối quan hệ di truyền dựa trên gene N giữa các chủng PEDV

trong nghiên cứu và các chủng PEDV tham khảo trên ngân hàng

gene

122

PL 2.1 So sánh trình tự nucleotide của gene M giữa các chủng PEDV trong

nghiên cứu này với nhau và với các chủng PEDV tham chiếu khác 151

PL 2.2

So sánh trình tự amino acid của gene M giữa các chủng PEDV

trong nghiên cứu này với nhau và với các chủng PEDV tham chiếu

khác

152

PL 2.3 So sánh trình tự nucleotide của gene N giữa các chủng PEDV trong

nghiên cứu này với nhau và với các chủng PEDV tham chiếu khác 157

PL 2.4 So sánh trình tự amino acid của gene N giữa các chủng PEDV trong

nghiên cứu này với nhau và với các chủng PEDV tham chiếu khác 159

PL 2.5 So sánh trình tự nucleotide của gene S giữa các chủng PEDV trong

nghiên cứu này với nhau và với các chủng PEDV tham chiếu khác 175

PL 2.6 So sánh trình tự amino acid của gene S giữa các chủng PEDV trong

nghiên cứu này với nhau và với các chủng PEDV tham chiếu khác 180

xii

Danh Sách Bảng

Bảng Tựa Bảng Trang

3.1 Số mẫu thu thập trong nghiên cứu 42

3.2 Bảng phân phối mẫu trong xét nghiệm ELISA 43

3.3 Thành phần phản ứng phiên mã RNA thành cDNA 47

3.4 Trình tự primer 47

3.5 Thành phần phản ứng PCR 47

3.6 Chu trình nhiệt của phản ứng PCR 48

3.7 Các mẫu bệnh phẩm thu thập để giải trình tự gene 49

3.8 Trình tự primer phản ứng PCR 4 gene S, E, M, N của PEDV 49

3.9 Trình tự primer T7 và SP6 (Promega) 50

3.10 Thành phần hóa chất tổng hợp sợi cDNA 51

3.11 Thành phần phản ứng PCR giải trình tự từng gene 51

3.12 Chu trình trình nhiệt phản ứng PCR đối với gene S 52

3.13 Chu trình trình nhiệt phản ứng PCR đối với gene E 52

3.14 Chu trình trình nhiệt phản ứng PCR đối với gene M 52

3.15 Chu trình trình nhiệt phản ứng PCR đối với gene N 52

3.16 Thành phần phản ứng nối gene vào vector pGEM-T Easy 53

3.17 Thành phần phản ứng PCR khuẩn lạc 55

3.18 Chu trình nhiệt của phản ứng PCR khuẩn lạc 55

3.19 Danh sách trình tự các chủng PEDV dùng để so sánh 56

4.1 Tỉ lệ heo nái có kháng thể kháng PEDV theo địa phƣơng 59

4.2 Tỉ lệ heo nái có kháng thể kháng PEDV theo quy mô tổng đàn nái 61

4.3 Tỉ lệ heo nái có kháng thể kháng PEDV theo lứa đẻ 64

4.4 Tỉ lệ heo nái có kháng thể kháng PEDV ở những cơ đã xảy ra dịch và

chƣa xảy ra dich PED 66

4.5 Kết quả phân tích yếu tố nguy cơ đối với bệnh PED 68

4.6 Kết quả phân tích yếu tố nguy cơ gần chợ, gần đƣờng giao thông, gần

lò mổ và với hộ chăn nuôi gần kề, nhà ở

4.7 Tỷ lệ mắc bệnh PED trên heo nái 70

4.8 Tỷ lệ heo con theo mẹ bị tiêu chảy do PEDV 71

4.9 Tỷ lệ mắc bệnh và tỷ lệ chết trên đàn heo con theo mẹ mắc bệnh tiêu

chảy cấp do PEDV theo địa phƣơng 74

4.10 Tỷ lệ mắc bệnh và tỷ lệ chết trên đàn heo con theo mẹ mắc bệnh tiêu

chảy cấp nghi do PEDV theo ngày tuổi 75

4.11 Tƣơng quan tỷ lệ nhiễm PEDV trên heo nái và heo con theo mẹ 77

4.12 Tần suất các triệu chứng thƣờng gặp trên heo con theo mẹ tiêu chảy

do PEDV 78

4.13 Tần suất các triệu chứng thƣờng gặp trên heo mẹ mắc PED 81

4.14 Tần suất bệnh tích đại thể trên heo con theo mẹ mắc PED 82

4.15 Tần suất xuất bệnh tích vi thể ở ruột trên heo con theo mẹ mắc PED 85

4.16 Tần suất bệnh tích vi thể ở hạch màng treo ruột và dạ dày trên heo

con theo mẹ bị PED 89

4.17 Tổng hợp sự tƣơng đồng về trình tƣ nucleotide gene S và amino acid

quy định bởi gene S của các chủng PEDV 96

4.18 Tổng hợp sự tƣơng đồng về trình tự nucleotid gene E và amino acid

quy định bởi gene E của các chủng PEDV 104

4.19 Tổng hợp sự tƣơng đồng về trình tự nucleotid gene M và amino acid

quy định bởi gene M của các chủng PEDV 111

4.20 Tổng hợp sự tƣơng đồng về trình tự nucleotid gene N và amino acid

quy định bởi gene N của các chủng PEDV 117

xiii

4.21 Tổng hợp sự tƣơng đồng (%) về trình tự nucleotide của 4 gene cấu

trúc E, M, N, S của PEDV 123

4.22 Tổng hợp sự tƣơng đồng về trình tự amino acid quy định bởi 4 gene

cấu trúc E, M, N, S của PEDV 124

PL1.1