Xây dựng chứng nội (Internal Amplification control) cho quy trình phát hiện thành phần có nguồn gốc từ động vật trong thực phẩm chay dựa trên Gen rDNA

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƢỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP. HỒ CHÍ MINH

BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

Tên đề tài:

XÂY DỰNG CHỨNG NỘI (INTERNAL

AMPLIFICATION CONTROL) CHO QUY TRÌNH

PHÁT HIỆN THÀNH PHẦN CÓ NGUỒN GỐC TỪ

ĐỘNG VẬT TRONG THỰC PHẨM CHAY DỰA TRÊN

GEN 16S rDNA

KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC

CHUYÊN NGÀNH: VI SINH – SINH HỌC PHÂN TỬ

GVHD: ThS. Lao Đức Thuận

SVTH: Phan Thị Trâm

MSSV: 1153010895

Khóa: 2011 – 2015

Tp. Hồ Chí Minh, tháng 05 năm 2015

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƢỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP. HỒ CHÍ MINH

BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

Tên đề tài:

XÂY DỰNG CHỨNG NỘI (INTERNAL

AMPLIFICATION CONTROL) CHO QUY TRÌNH

PHÁT HIỆN THÀNH PHẦN CÓ NGUỒN GỐC TỪ

ĐỘNG VẬT TRONG THỰC PHẨM CHAY DỰA TRÊN

GEN 16S rDNA

KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC

CHUYÊN NGÀNH: VI SINH – SINH HỌC PHÂN TỬ

GVHD: ThS. Lao Đức Thuận

SVTH: Phan Thị Trâm

MSSV: 1153010895

Khóa: 2011 - 2015

Tp. Hồ Chí Minh, tháng 05 năm 2015

LỜI CẢM ƠN

Trong thực tế không có sự thành công nào không gắn liền với những sự hỗ trợ,

giúp đỡ dù ít hay nhiều, dù trực tiếp hay gián tiếp của người khác. Trong suốt thời gian

từ khi bắt đầu học tập ở giảng đường đại học đến nay, em đã nhận được rất nhiều sự

quan tâm, giúp đỡ của quý Thầy Cô, gia đình và bạn bè.

Với lòng biết ơn sâu sắc nhất, em xin gửi đến quý Thầy Cô Khoa Công Nghệ

Sinh Học - Trường Đại Học Mở Tp. Hồ Chí Minh đã cùng với tri thức và tâm huyết

của mình để truyền đạt vốn kiến thức quý báu cho chúng em trong suốt thời gian học

tập tại trường. Và đặc biệt em xin chân thành cảm ơn thầy ThS. Lao Đức Thuận đã tận

tâm hướng dẫn, giúp đỡ em qua từng buổi nói chuyện, thảo luận về đề tài. Nếu không

có những lời hướng dẫn, dạy bảo của thầy em nghĩ bài báo cáo này của em rất khó có

thể hoàn thiện được. Một lần nữa, em xin chân thành cảm ơn thầy.

Con cảm ơn gia đình đã tiếp thêm nguồn động lực, luôn bên cạnh chăm sóc, an

ủi, động viên lúc con gục ngã, yếu lòng và cảm ơn những người bạn tốt luôn ở bên tôi

chia sẻ những vui buồn, bên tôi những lúc khó khăn nhất.

Bài báo cáo được thực hiện trong khoảng thời gian 5 tháng. Kiến thức của em còn

hạn chế và nhiều bỡ ngỡ. Do vậy, không tránh khỏi những thiếu sót là điều chắc chắn,

em rất mong nhận được những ý kiến đóng góp quý báu của quý Thầy Cô để kiến thức

của em hoàn thiện hơn.

Sau cùng, em xin kính chúc quý Thầy Cô Khoa Công Nghệ Sinh Học thật dồi dào

sức khỏe, niềm tin để tiếp tục thực hiện sứ mệnh cao đẹp của mình là truyền đạt kiến

thức cho thế hệ mai sau.

Trân trọng.

Tp. Hồ Chí Minh, tháng 05 năm 2015

Sinh viên thực hiện

Phan Thị Trâm

Trang iv

DANH MỤC VIẾT TẮT

µL – microlit

16S rRNA – gen 16S ribosome RNA

BLAST – Basic Local Alignment Search Tool

bp – base pair

DNA – Deoxyribo Nucleic Acid

g – gam

IDT – Integrated DNA Technologies

mg – miligam

mL – mililit

mtRNA – mitochondria RNA

NCBI – National Center for Biotechnology Information

nm – nanomet

OD – Optical Density

PCR – Polymerase Chain Reaction

RNA – Ribonucleic Acid

S (16S) – đơn vị Svedberg (kí hiệu cho tốc độ lắng của các vật thể)

Ta – nhiệt độ bắt cặp

Tm – nhiệt độ nóng chảy của mồi

Trang v

DANH MỤC HÌNH

Hình 1.1. Biểu đồ thể hiện tình hình ăn chay của người Việt Nam

Hình 1.2. Bản đồ bộ gen ty thể của con người

Hình 1.3. Cấu trúc của lục lạp

Hình 3.1. Kết quả đánh giá độ đặc hiệu của mồi TP1

Hình 3.2. Kết quả đánh giá độ đặc hiệu của mồi TP2

Hình 3.3. Cặp mồi TP1-TP2 được kiểm tra độ đặc hiệu và tương đồng bằng phần

mềm Annhyb

Hình 3.4. Kết quả đánh giá độ đặc hiệu của mồi xuôi CLO-1-F

Hình 3.5. Kết quả đánh giá độ đặc hiệu của mồi ngược CLO-1-R

Hình 3.6. Cặp mồi chứng nội được kiểm tra độ đặc hiệu và tương đồng bằng phần

mềm Annhyb

Hình 3.7. Kết quả điện di 6 mẫu thực phẩm chay trên thị trường

Hình 3.8. Kết quả giải trình tự mẫu thực phẩm chay (mẫu 1) của mồi TP1

Hình 3.9. Kết quả giải trình tự mẫu thực phẩm chay (mẫu 1) của mồi TP2

Hình 3.10. Một số nucleotide đã hiệu chỉnh trên mạch xuôi (H1-F) bằng phần mềm

Chromas lite 2.1.1

Hình 3.11. Kết quả BLAST giải trình tự mẫu 1 thực phẩm chay của mồi xuôi TP1

Hình 3.12. Trình tự DNA của mẫu 1 trên giao diện BLAST với kết quả loài tương

đồng (Gallus gallus)

Hình 3.13. Kết quả điện di với 1 mẫu thực vật, 1 mẫu động vật và 1 mẫu hỗn hợp

thực vật : động vật

Hình 3.14. Kết quả giải trình tự mẫu cải bắp của mồi CLO-1-F

Hình 3.15. Kết quả giải trình tự mẫu cải bắp của mồi CLO-1-R

Trang vi

Hình 3.16. Một số nucleotide đã hiệu chỉnh trên mạch xuôi (M1-F) bằng phần mềm

Chromas lite 2.1.1

Hình 3.17. Kết quả BLAST giải trình tự mẫu cải bắp của mồi xuôi CLO-1-F

Hình 3.18. Trình tự DNA của mẫu cải bắp trên giao diện BLAST với kết quả loài

tương đồng (Brassica oleracea)

Hình 3.19. Kết quả điện di với 5 mẫu thực phẩm chay trên thị trường