Xác Định Mã Vạch Adn Cho Loài Cây Sưa Đỏ Dalbergia Tonkinensis Phục Vụ Giám Định Loài

i

LỜI CẢM ƠN

Để hoàn thành đƣợc khóa luận này, với lòng biết ơn sâu sắc nhất, tôi xin

chân thành cảm ơn quý thầy cô Viện Công nghệ sinh học Lâm nghiệp -

Trƣờng Đại học Lâm nghiệp đã giúp đỡ và chỉ bảo tận tình tôi trong suốt quá

trình thực hiện khóa luận tại trƣờng, đặc biệt là sự giúp đỡ của các thầy cô

bên bộ môn Công nghệ gen và Di truyền phân tử của Viện Công nghệ sinh

học Lâm nghiệp.

Tôi xin chân thành cảm ơn PGS.TS Hà Văn Huân, TS. Bùi Thị Mai

Hƣơng đã tận tình giúp đỡ và chỉ bảo tôi trong quá trình hoàn thành khóa

luận. Đặc biệt, Khóa luận này nhận đƣợc sự hỗ trợ từ Đề tài cấp Nhà nƣớc

"Xây dựng cơ sở dữ liệu mã vạch ADN (DNA barcode) cho một số loài cây

lâm nghiệp gỗ lớn, lâm sản ngoài gỗ có giá trị kinh tế" do PGS.TS. Hà Văn

Huân làm Chủ nhiệm. Với những kiến thức và kỹ năng thầy và cô truyền dạy

không chỉ giúp tôi hoàn thành khóa luận mà còn là tài sản quý báu theo giúp

tôi sau này.

Cảm ơn các anh chị thuộc Viện Công nghệ sinh học đã quan tâm giúp đỡ

tôi trong suốt thời gian thực hiện khóa luận.

Chân thành cảm ơn gia đình và bạn bè luôn động viên và hỗ trợ tôi trong

suốt thời gian qua.

Mặc dù đã có nhiều cố gắng để hoàn thành bài khóa luận một cách hoàn

chỉnh nhất, song vẫn không thể tránh khỏi những thiếu sót. Do vậy, tôi rất

mong đƣợc sự góp ý của các thầy cô và các bạn để kiến thức của tôi đƣợc

hoàn thiện hơn.

Xuân Mai, ngày 08 tháng 05 năm 2018

Sinh viên

Đinh Kim Ngân

ii

MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN ....................................................................................................i

MỤC LỤC.........................................................................................................ii

DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT...........................................................................iv

DANH MỤC BẢNG........................................................................................vi

DANH MỤC HÌNH ........................................................................................vii

ĐẶT VẤN ĐỀ................................................................................................... 1

CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU........................................................... 2

1.1. Tổng quan về Sƣa đỏ.................................................................................. 2

1.1.1. Phân loại khoa học .................................................................................. 2

1.1.2. Phân bố, sinh thái .................................................................................... 2

1.1.3. Đặc điểm sinh học................................................................................... 3

1.1.4. Giá trị sử dụng......................................................................................... 4

1.2. Tổng quan về DNA barcode ...................................................................... 5

1.2.1. Giới thiệu về mã vạch DNA barcode...................................................... 5

1.2.2. Một số DNA barcode đƣợc sử dụng ....................................................... 7

1.2.3.Tình hình nghiên cứu DNA barcode ở thực vật..................................... 14

CHƢƠNG 2. MỤC TIÊU, NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP

NGHIÊN CỨU................................................................................................ 20

2.1. Mục tiêu nghiên cứu................................................................................. 20

2.2. Nội dung nghiên cứu................................................................................ 20

2.3. Vật liệu, hóa chất, các thiết bị sử dụng trong nghiên cứu........................ 20

2.3.1.Vật liệu nghiên cứu ................................................................................ 20

2.3.2. Hóa chất................................................................................................. 20

2.4. Phƣơng pháp nghiên cứu.......................................................................... 22

2.4.1. Tách chiết DNA tổng số........................................................................ 22

2.4.2. Phƣơng pháp nhân bản gen đích của kỹ thuật PCR.............................. 25

2.4.2.1. Các bƣớc tiến hành phản ƣng PCR.................................................... 25

iii

Thể tích mỗi phản ứng PCR mỗi mẫu là 50 l. .............................................. 25

2.4.3. Tinh sạch sản phẩm PCR ...................................................................... 27

2.4.4. Phƣơng pháp xác định trình tự nucleotide ............................................ 27

CHƢƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN........................ 28

3.1. Kết quả tách chiết DAN tổng số .............................................................. 28

3.2. Kết quả nhân bản vùng gen nghiên cứu bằng kỹ thuật PCR ................... 29

3.3. Phân tích kết quả ...................................................................................... 29

3.3.1. Xác định và phân tích trình tự DNA trên các vùng gen nghiên cứu..... 29

3.3.2. So sánh khả năng phân biệt của các đoạn trình tự ................................ 47

CHƢƠNG 4. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ.................................................. 49

4.1. Kết luận .................................................................................................... 49

4.2. Kiến nghị.................................................................................................. 49

TÀI LIỆU THAM KHẢO

iv

DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT

TT

Chữ viết

tắt Nghĩa tiếng Anh Nghĩa tiếng Việt

1 ATP Adenosin triphosphat Adenosin triphosphat

2 BME β-mereaptoethanol β-mereaptoethanol

3 BOLD Barcode of Life data Barcode of Life data

4 Bp Base pair Cặp base

5 CBOL Consortium for the Barcode

of Life

Consortium for the

Barcode of Life

6 CITES

Convention on International

Trade in Endangered

Species of Wild Fauna and

Flora

Công ƣớc về buôn bán

quốc tế các loài nguy cấp

7 cpDNA Chloroplast DNA bộ gen lục lạp

8 CTAB Cetyl trimethylammonium

bromide

Cetyl trimethylammonium

bromide

9 Cytb Cytochrome b Cytochrome b

10 DNA

(ADN) Deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic

11 dNTP Deoxyribonucleotide

triphosphate

Deoxyribonucleotid

triphosphate

12 EBA Extraction Buffer A Đệm tách A

13 EBB Extraction Buffer B Đệm tách B

14 EDTA Ethylenediaminetetraacetic

acid

axit ethylenediamine

tetraacetic

15 F-Primer Foward-Primer Mồi xuôi

16 IGS Intergenic Spacer vùng liên gen

v

17 ITS Internal Transcribed Spacer vùng DNA nằm giữa các

gen

18 Kb Kilobase (1000 base) 1000 cặp base

19 mtDNA Mitochondrial DNA DNA ty thể

20 NAD(P)H Nicotinamide adenine

dinucleotide phosphate

Nicotinamide adenine

dinucleotide phosphate

21 NCBI National Center for

Biotechnology Information

Trung tâm Quốc gia về

Thông tin Công nghệ sinh

học

22 ORF Open Reading Frame Khung đọc mở

23 PCR Polymerase Chain Reaction

Phản ứng chuỗi

polymerase

24 PVP Polyvinyl pyrrolidone Polyvinyl pyrrolidone

25 RFLP Restriction fragment length

polymorphism

Phân tích đa hình trình tự

DNA

26 RNA Ribonucleic acid Axit ribonucleic

27 rRNA Ribosomal RNA ARN ribosome

28 SDS Sodium Dodecyl Sulphate Sodium Dodecyl Sulphate

29 R-Primer Reverse primer Mồi ngƣợc

30 TAE Tris-Acetate-EDTA Tris-Acetate-EDTA

31 tRNA Transfer RNA ARN vận chuyển

31 UV Untraviolet Tia cực tím