Ứng dụng một số phần mềm phân tích mã vạch DNA để định danh cây dược liệu

TNU Journal of Science and Technology 225(08): 98 - 104

98 http://jst.tnu.edu.vn; Email: [email protected]

ỨNG DỤNG MỘT SỐ PHẦN MỀM PHÂN TÍCH MÃ VẠCH DNA

ĐỂ ĐỊNH DANH CÂY DƯỢC LIỆU

Vũ Thị Như Trang

Trường Đại học Y Dược - ĐH Thái Nguyên

TÓM TẮT

Định danh cây dược liệu bằng mã vạch DNA ngày càng phổ biến do tính chính xác cao. Để định

danh được bằng mã vạch DNA, các nhà nghiên cứu thường sử dụng các phần mềm máy tính giúp

phân tích, so sánh trình tự DNA của mẫu nghiên cứu với các trình tự có sẵn trên Genbank. Do dữ

liệu trình tự gen được công bố tăng nhanh về số lượng nên để tiến hành phân tích hiệu quả các dữ

liệu này, các phần mềm cần phải dễ sử dụng, có khả năng tính toán nhanh, chính xác và cung cấp

nhiều phương pháp thống kê khác nhau. Trong nhóm các phần mềm này thì ba phần mềm BLAST

trong NCBI, BioEdit v7.0.5.2, MEGA 7 được sử dụng phổ biến nhất do đáp ứng được các yêu cầu

trên. Bài báo giới thiệu ba phần mềm để định danh cây dược liệu với ví dụ minh họa là định danh

mẫu Thổ nhân sâm (Talinum paniculatum) bằng mã vạch vùng ITS. Kết quả nghiên cứu của bài

báo cho thấy quy trình phối hợp ba phần mềm để định danh cây dược liệu bằng DNA cho kết quả

chính xác nhất.

Từ khóa: Phần mềm BLAST; BioEdit v7.0.5.2; MEGA 7; Cây dược liệu; mã vạch DNA; Thổ nhân

sâm; vùng ITS

Ngày nhận bài: 14/4/2020; Ngày hoàn thiện: 08/6/2020; Ngày đăng: 11/6/2020

APPLICATION OF SOME DNA BARCODE ANALYSIS SOFTWARE TO

IDENTIFY MEDICINAL PLANTS

Vu Thi Nhu Trang

TNU - University of Medicine and Pharmacy

ABSTRACT

The identification of medicinal plants with DNA barcodes is increasingly popular due to its high

accuracy. To identify using DNA barcodes, researchers often use computer software to analyze

and compare DNA barcodes of research samples with barcodes available on Genbank. Because the

published gene sequence data increases rapidly in number, in order to conduct an effective analysis

of these data, the software needs to be easy to use, able to calculate quickly, accurately and

provide many statistical methods. In this group of software, three software programs, including

BLAST software in NCBI, BioEdit v7.0.5.2, MEGA 7, are most commonly used due to meeting

the above requirements. The article introduces three software programs to identify medicinal

plants with illustrative examples of identifying the Jewels of Opar (Talinum paniculatum) pattern

by ITS region barcodes. The research results of the paper show that the process of combining three

software programs to identify medicinal plants by DNA gives the most accurate results.

Keywords: BLAST software; BioEdit; MEGA 7; medicinal plant; DNA barcodes; Jewels of Opar;

ITS region

Received: 14/4/2020; Revised: 08/6/2020; Published: 11/6/2020

Email: [email protected]