Phát triển chỉ thị SSR phục vụ chọn giống chè kháng bệnh phồng lá do nấm Exobasidium vexans

i

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN

TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC

--------------------------------

PHAN VĂN CƢƠNG

PHÁT TRIỂN CHỈ THỊ SSR PHỤC VỤ

CHỌN GIỐNG CHÈ KHÁNG BỆNH PHỒNG LÁ

DO NẤM Exobasidium vexans

LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC

ii

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN

TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC

--------------------------------

PHAN VĂN CƢƠNG

PHÁT TRIỂN CHỈ THỊ SSR PHỤC VỤ

CHỌN GIỐNG CHÈ KHÁNG BỆNH PHỒNG LÁ

DO NẤM Exobasidium vexans

Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học

Mã số: 60 42 02 01

LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC

iii

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/

LỜI CAM ĐOAN

Tôi xin cam đoan các số liệu và kết quả trình bày trong luận văn là trung

thực và chƣa đƣợc ai công bố trong bất kỳ công trình nào. Mọi kết quả thu

đƣợc nguyên bản, không chỉnh sửa, sao hoặc chép từ các nghiên cứu khác. Mọi

trích dẫn trong luận văn đều ghi rõ nguồn gốc.

Tác giả

Phan Văn Cƣơng

iv

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/

LỜI CẢM ƠN

Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới GS.TS. Chu Hoàng Mậu và TS. Vũ

Thanh Trà đã định hƣớng khoa học, tận tình hƣớng dẫn, giúp đỡ và tạo mọi điều kiện

tốt nhất trong suốt quá trình tôi tiến hành nghiên cứu và hoàn thành luận văn này.

Tôi xin chân thành cảm ơn ThS. Hoàng Phú Hiệp và các thầy, cô Bộ môn Di

truyền và Sinh học hiện đại, trƣờng Đại học Sƣ phạm – Đại học Thại Nguyên đã tạo

mọi điều kiện cho tôi trong quá trình tiến hành các thí nghiệm nghiên cứu tại phòng

thí nghiệm.

Tôi xin tỏ lòng biết ơn tới các thầy cô và cán bộ Khoa Khoa học sự sống,

trƣờng Đại học Khoa học – Đại học Thái Nguyên đã tận tình dạy dỗ, chỉ bảo và

truyền cho tôi niềm đam mê nghiên cứu khoa học.

Cuối cùng tôi xin chân thành cảm ơn gia đình, bạn bè, đồng nghiệp đã nhiệt

tình động viên cho tôi thêm động lực hoàn thành tốt quá trình học tập và nghiên cứu

khoa học.

& , khoa Sinh – K –

.

Thái Nguyên, tháng 5 năm 2014

Tác giả

Phan Văn Cƣơng

v

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/

MỤC LỤC

LỜI CAM ĐOAN ------------------------------------------------------------------------------- i

LỜI CẢM ƠN-----------------------------------------------------------------------------------iv

MỤC LỤC----------------------------------------------------------------------------------------v

NHỮNG CHỮ VIẾT TẮT ------------------------------------------------------------------ viii

DANH MỤC CÁC BẢNG ---------------------------------------------------------------------x

DANH MỤC CÁC HÌNH ---------------------------------------------------------------------xi

1. Đặt vấn đề -------------------------------------------------------------------------------------1

2. Mục tiêu nghiên cứu--------------------------------------------------------------------------2

3. Nội dung nghiên cứu -------------------------------------------------------------------------3

Chƣơng 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU---------------------------------------------------------4

1.1. CÂY CHÈ (Camellia sinensis (L.) O. Kuntze)-----------------------------------------4

1.1.1. Phân loại, nguồn gốc và phân bố của cây chè ----------------------------------------4

1.1.2. Tình hình sản xuất và tiêu thụ chè trên thế giới và ở Việt Nam -------------------5

1.1.2.1. Tình hình sản xuất và tiêu thụ chè trên thế giới -----------------------------------5

1.1.2.2. Tình hình sản xuất và tiêu thụ chè ở Việt Nam ------------------------------------7

1.1.3. Đặc điểm di truyền của cây chè Camellia sinensis (L.) O. Kuntze -------------8

1.2. BỆNH PHỒNG LÁ DO NẤM Exobasidium vexans HẠI CHÈ ---------------------9

1.2.1. Tác nhân gây bệnh, phạm vi phân bố và lịch sử phát triển bệnh ------------------9

1.2.2. Đặc điểm phát sinh và diễn biến của bệnh------------------------------------------ 10

1.2.3. Thiệt hại do bệnh phồng lá ở cây chè ----------------------------------------------- 13

1.2.4. Một số nghiên cứu về cơ chế kháng bệnh phồng lá do nấm Exobasidium vexans

ở chè --------------------------------------------------------------------------------------------- 14

vi

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/

1.3. CHỈ THỊ PHÂN TỬ DNA -------------------------------------------------------------- 21

1.3.1. Một số chỉ thị phân tử sử dụng trong phân tích hệ gen và chọn giống---------- 21

1.3.2. Chỉ thị phân tử SSR-------------------------------------------------------------------- 22

Chƣơng 2. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU-------------------------- 25

2.1. VẬT LIỆU, HÓA CHẤT, THIẾT BỊ VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU ---------- 25

2.1.1. Vật liệu ---------------------------------------------------------------------------------- 25

2.1.2. Hóa chất --------------------------------------------------------------------------------- 27

2.1.3. Thiết bị và địa điểm nghiên cứu------------------------------------------------------ 27

2.2. PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU------------------------------------------------------ 28

2.2.1. Phƣơng pháp thu thập mẫu lá chè và tách chiết DNA tổng số ------------------- 28

2.2.2. Tuyển chọn và tổng hợp các cặp mồi SSR cho phân tích chè------------------- 29

2.2.3. Phản ứng PCR-SSR-------------------------------------------------------------------- 30

2.2.4. Phƣơng pháp điện di DNA trên gel agarose ---------------------------------------- 30

2.2.5. Phƣơng pháp phân tích và xử lý dữ liệu PCR-SSR bằng phần mền NTSYS -- 30

Chƣơng 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN-------------------------------------------------- 32

3.1. NHÂN BẢN CÁC PHÂN ĐOẠN DNA BẰNG PHẢN ỨNG PCR-SSR ------- 32

3.1.1. Kết quả tách chiết DNA tổng số từ lá chè ------------------------------------------ 32

3.1.2. Kết quả của phản ứng PCR-SSR----------------------------------------------------- 32

3.1.2.1. Kết quả phản ứng PCR-SSR với chỉ thị TMSE-11D02T----------------------- 36

3.1.2.2. Kết quả phản ứng PCR-SSR với chỉ thị TMSE-10H08S----------------------- 37

3.1.2.3. Kết quả phản ứng PCR-SSR với chỉ thị TMSE-11H07S----------------------- 39

3.1.2.4. Kết quả phản ứng PCR-SSR với chỉ thị TMSE-31E06S ----------------------- 39

3.1.2.5. Kết quả phản ứng PCR-SSR với chỉ thị TMSE-18A10T----------------------- 40

3.1.2.6. Kết quả phản ứng PCR-SSR với chỉ thị TMSE-4C08S ------------------------ 41

vii

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/

3.1.2.7. Tỷ lệ đa hình của các phân đoạn DNA xuất hiện-------------------------------- 42

3.2. PHÂN TÍCH MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA CÁC GIỐNG CHÈ KHÁNG

BỆNH PHỒNG LÁ KHÁC NHAU--------------------------------------------------------- 44

3.3. KẾT QUẢ XÁC ĐỊNH CHỈ THỊ SSR LIÊN KẾT VỚI TÍNH KHÁNG BỆNH

PHỒNG LÁ Ở CHÈ--------------------------------------------------------------------------- 48

KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ------------------------------------------------------------------ 49

TÀI LIỆU THAM KHẢO-------------------------------------------------------------------- 50