Phân lập gen mã hóa protein vỏ của 2 loại virus gây bệnh trên hoa lan CymMV và ORSV

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

BỘ GIÁO DỤC ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM

VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT

NGUYỄN THỊ MINH HẰNG

“PHÂN LẬP GENE MÃ HÓA PROTEIN VỎ CỦA 2 LOẠI VIRUS KHẢM

HOA LAN CymMV và ORSV”

LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC

Hà Nội, 2010

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

BỘ GIÁO DỤC ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM

VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT

NGUYỄN THỊ MINH HẰNG

“PHÂN LẬP GENE MÃ HÓA PROTEIN VỎ CỦA 2 LOẠI VIRUS KHẢM

HOA LAN CymMV và ORSV”

Chuyên ngành: Vi sinh vật học

Mã số: 60 42 40

LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC

Người hướng dẫn khoa học: PGS. TS. Chu Hoàng Hà

Hà Nội, 2010

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT

µg microgram

µl microlitre

µm micrometer

bp base pair

cDNA Complementary DNA (DNA bổ sung được tổng hợp nhờ enzym phiên

mã ngược từ RNA thông tin)

cs Cộng sự

CymMV Cymbidium mosaic virus

CP/NCP Coat protein/Nucleocapsid Protein (Protein vỏ)

Đ/c Đối chứng

DEPC Diethyl pyroCarbonate

DNA Deoxyribonucleic acid

EDTA Ethylene Diamine Tetra-acetic Acid

ELISA Enzyme linked immunsorbent assay (kỹ thuật hấp thụ miễn dịch gắn

enzym).

g gram

ORSV Odontoglossum ringspot virus

IPTG Isopropylthio-β-D-galactoside

Kb Kilobase

LB Luria và Bertani

M Nồng độ mol/lit

ml mililitre

mm milimeter

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

NCBI National Center for Biological Information (Trung tâm Quốc gia về

thông tin Sinh học), http://www.ncbi.nlm.nih.gov

ng Nanogram

nm Nanometer

PCR Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi polymerase)

PEG Polyethylene glycon

RdRp RNA dependent RNA polymerase (RNA polymerase phụ thuộc RNA)

RNA Ribonucleic acid

RNase Ribonuclease

RT- PCR Reverse transcription polymerase chain reaction (phản ứng PCR phiên

mã ngược)

TAE Tris - Acetate – EDTA

Taq Thermus aquaticus

v/p vòng/phút

X-gal 5-brom-4-chloro-3-indolyl-β-D-galactosidase

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

DANH MỤC CÁC HÌNH

Trang

Hình 1.1. Lá lan bị nhiễm virus …………………………………..………….…….....6

Hình 1.2. Hoa lan bị nhiễm virus ………………………………….............................7

Hình 1.3. Triệu chứng khảm vàng trên lá lan Hồ điệp …………………….................8

Hình 1.4. Triệu chứng vệt hoại tử trên hoa lan Cattleya ………………….................8

Hình 1.5. Ảnh chụp dưới kính hiển vi điện tử của CymMV ………….…...…………9

Hình 1.6. Cấu trúc genome của CymMV …………………………...………………..9

Hình 1.7. Triệu chứng do ORSV gây ra trên lá và hoa lan ………...……………….11

Hình 1.8. Hình dạng của ORSV …………………………………….………............11

Hình 1.9. Cấu trúc genome của ORSV ……………………………………………..12

Hình 2.1. Cấu tạo vector pBT (Phan Trọng Hoàng và cs 2005) …………………...23

Hình 3.1: Mẫu lá lan nghi ngờ nhiễm virus tại một số địa điểm thu mẫu…...………28

Hình 3.2. RNA tổng số tách chiết từ các mẫu lá lan nghi nhiễm virus

(CymMV và ORSV) ………………………………………………………………...29

Hình 3.3. Kết quả điện di sản phẩm RT-PCR gene CP của CymMV ……................30

Hình 3.4. Kết quả Điện di sản phẩm RT-PCR gen CP của ORSV ………...............31

Hình 3.5. Kết quả biến nạp plasmid tái tổ hợp vào tế bào khả biến E.coli

chủng DH5α. …………………………………………………………………….….33

Hình 3.6. Kết quả điện di sản phẩm colony-PCR từ 9 dòng khuẩn lạc

mang gen CP-CymMV với cặp mồi pUC18-F/R. ………………………….….……34

Hình 3.7. Kết quả điện di sản phẩm colony-PCR từ 12 dòng khuẩn

lạc mang gen CP-ORSV bằng cặp mồi pUC18-F/R.………………………………35

Hình 3.8. Kết quả tách chiết plasmid tái tổ hợp pBT-CP-CymMV

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn

(3.8A) và pBT-CP-ORSV (3.8B) …………………………………….……………..36

Hình 3.9: Kết quả điện di sản phẩm cắt plasmid mang gen

CP- CymMV bằng BamHI ………………………………………………………….37

Hình 3.10. Kết quả điện di sản phẩm cắt plasmid mang gen

CP - ORSV bằng BamHI……………………………………………………………37

Hình 3.11. So sánh trình tự nucleotide của gen CP-CymMV phân

lập tư các mẫu lan của Hà Nội, Bắc Giang và Thái Nguyên với các trình

tự tương ứng trên GenBank ………………………………….……………………..43

Hình 3.12. Cây phát sinh chủng loại xây dựng trên cơ sở so sánh 3

trình tự nucleotide của gen CP- CymMV phân lập từ các mẫu lan của

Hà Nội, Bắc Giang và Thái Nguyên với các trình trên thế giới công bố

trên GenBank. ………………………………………………………….……………45

Hình 3.13. So sánh trình tự nucleotide của gen CP-ORSV phân lập

từ các mẫu lan của Hà Nội, Hà Tây và Bắc Giang với các trình tự

tương ứng trên GenBank ……………………………………………………………48

Hình 3.14. Cây phát sinh chủng loại xây dựng trên cơ sở so sánh

4 trình tự nucleotide của gen CP- ORSV phân lập từ các mẫu lan

của Hà Nội, Hà Tây và Bắc Giang (BG1,BG2) với các trình

tự tương ứng trên GenBank…….. ………………………………….……………....50