Nghiên Cứu Xác Định Đoạn Adn Mã Vạch Cho Loài Dây Thìa Canh Gymnema Sylvestre Retz Ở Việt Nam Phục Vụ Giám Định Loài

LỜI CÁM ƠN

Để hoàn thành bài khóa luận này tôi xin chân thành cám ơn quý thầy cô

Viện Công nghệ sinh học Lâm nghiệp - Trƣờng Đại học Lâm nghiệp Việt

Nam đã giúp đỡ và chỉ bảo tận tình trong suốt quá trình thực hiện khóa luận

tại trƣờng, đặc biệt là sự giúp đỡ của các thầy cô công tác tại Bộ môn Gen và

Di truyền phân tử của Viện Công nghệ sinh học Lâm Nghiệp.

Tôi xin tỏ lòng biết ơn PGS.TS. Nguyễn Văn Việt và ThS. Nguyễn Thị

Huyền đã tận tình giúp đỡ và chỉ bảo tôi trong quá trình thực hiện khóa luận

với những kỹ năng và kiến thức quý báu.

Cám ơn tất cả các thầy cô giáo và cán bộ tại Trƣờng Đại học Lâm

nghiệp Việt Nam đã giảng dạy và truyền đạt với những kiến thức và kỹ năng

thầy cô truyền dạy không chỉ giúp tôi hoàn thành khóa luận mà còn là tài sản

quý báu theo giúp tôi sau này.

Cuối cùng tôi xin bày tỏ lời cám ơn tới gia đình và bạn bè đã luôn cổ vũ

tinh thần để tôi hoàn thành bài báo cáo này.

Trong quá trình hoàn thành khóa luận không tránh khỏi những thiếu

sót. Do vậy, tôi rất mong nhận đƣợc sự góp ý của thầy cô và bạn bè để kiến

thức hoàn thành hơn.

Tôi xin chân thành cám ơn.

Hà Nội, ngày 24 tháng 5 năm 2019

Sinh viên

Trần Thị An

MỤC LỤC

LỜI CÁM ƠN ................................................................................................... 1

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT .................................................................. 4

DANH MỤC CÁC BẢNG................................................................................ 5

DANH MỤC CÁC HÌNH................................................................................. 6

ĐẶT VẤN ĐỀ................................................................................................... 1

CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU................................... 2

1.1. Khái quát về đối tƣợng nghiên cứu............................................................ 2

1.1.1. Đặc điểm phân loại và vị trí phân bố của Cây Dây thìa canh................. 2

1.1.2. Sự phân bố và đặc điểm sinh học của loài Dây thìa canh....................... 2

1.1.3. Giá trị sử dụng của cây Dây thìa canh .................................................... 3

1.2. Tổng quan về ADN mã vạch (DNA barcode) ........................................... 4

1.2.1. Giới thiệu về ADN mã vạch.................................................................... 4

1.2.2. Một số mã vạch ADN thƣờng đƣợc sử dụng.......................................... 7

1.2.3. Tình hình nghiên cứu mã vạch ADN ở thực vật................................... 14

CHƢƠNG 2 MỤC TIÊU - NỘI DUNG - PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU18

2.1. Mục tiêu nghiên cứu................................................................................. 18

2.2. Nội dung nghiên cứu................................................................................ 18

2.3. Vật liệu hóa chất và các thiết bị sử dụng trong nghiên cứu..................... 18

2.3.1. Vật liệu nghiên cứu ............................................................................... 18

2.3.2. Hóa chất, Dụng cụ sử dụng................................................................... 19

2.4. Phƣơng pháp nghiên cứu.......................................................................... 20

2.4.1. Phƣơng pháp tách ADN tổng số ........................................................... 20

2.4.2. Phƣơng pháp điện di kiểm tra sản phẩm ADN sau tách chiết .............. 20

2.4.3. Phƣơng pháp nhân gen đích bằng kĩ thuật PCR ................................... 21

2.4.4. Phƣơng pháp tinh sạch sản phẩm PCR và giải trình tự ........................ 23

CHƢƠNG 3 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN................................................... 24

3.1. Kết quả tách chiết ADN tổng số .............................................................. 24

3.2. Kết quả PCR các đoạn mã vạch ADN ..................................................... 25

3.2.1. Kết quả nhân gen psbA-trnH bằng kĩ thuật PCR .............................. 25

3.2.2. Kết quả nhân gen trnL bằng kĩ thuật PCR............................................ 26

3.2.3. Kết quả nhân bản gen ITS1 bằng kĩ thuật PCR.................................... 26

3.3. Phân tích trình tự các đoạn mã vạch ADN với các đoạn mồi khác nhau 28

3.3.1. Kết quả phân tích trình tự nucleotide của đoạn gen psbA-trnH ........... 29

3.3.2. Kết quả phân tích trình tự nucleotide của đoạn gen trnL...................... 30

3.3.3. Kết quả phân tích trình tự nucleotide của đoạn gen ITS1 .................... 30

3.4. Xây dựng cây phát sinh chủng loại.......................................................... 32

CHƢƠNG 4 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ................................................... 35

4.1. Kết luận .................................................................................................... 35

4.2. Kiến nghị.................................................................................................. 35

TÀI LIỆU THAM KHẢO................................................................................. 1

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT

TT

Các chữ

viết tắt

Nghĩa tiếng anh Nghĩa tiếng việt

1 ATP Adenosin triphosphat Adenosin triphosphat

2 BME ß-mereaptoethanol ß-mereaptoethanol

3 Bp Base pair Cặp base

4 BOLD Barcode of Life Data Systems Cơ sở dữ liệu mã vạch ADN

5 CBOL Consortium for the Barcode of Life Consortium for the

Barcode of Life

6 CITES Convention on International Trade

in Endangered Species of Wild

Fauna Flora

Công ƣớc về buôn bán quốc tế

các loài nguy cấp

7 cpDNA Chloroplast DNA Bộ gen lục lạp

8 CTAB Cetyl trimethylammonium bromide Cetyl trimethylammonium

bromide

9 DNA Axit deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic

10 dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate Deoxyribonucleotid

triphosphate

11 EDTA Ethylenediamine tetraacetic acid axit ethylenediamine

tetraacetic

12 IGS intergenic Vùng liên kết gen

13 Kb Kilobase (1000 base) 1000 cặp base

14 mtDNA Mitochondrial DNA DNA ty thể

15 NAD(P)H Nicontinamide adenine

dinucleotide phosphate

Trung tâm Quốc gia về Thông

tin Công nghệ sinh học

16 NCBI National Center for Biotechnology

Information

Trung tâm thông tin Công nghệ

sinh học Hoa Kỳ

17 ORF Open Reading Frame khung đọc mở

18 PCR Polymerase Chain Reaction phản ứng chuỗi polymerase

19 RNA Ribonucleic acid Axit ribonucleic

20 rRNA Ribosomal RNA ARN ribosome

21 SDS Sodium dodecyl sulphate Sodium dodecyl sulphate

22 TAE Tris – Acetic acide – EDTA Tris – Acetic acide – EDTA

23 tRNA Transfer RNA ARN vận chuyển

24 UV Untraviolet Tia cực tím