Nghiên Cứu Xác Định Đoạn Adn Mã Vạch Cho Cây Kim Ngân Lonicera Japonica Ở Việt Nam Phục Vụ Giám Định Loài

i

LỜI CẢM ƠN

Trong suốt quá trình học tập tại trƣờng Đại học Lâm nghiệp, em đã nhận

đƣợc rất nhiều sự quan tâm và chỉ bảo tận tình của các thầy cô, đặc biệt là các

thầy cô giáo trong Viện Công nghệ sinh học Lâm nghiệp.

Em xin gửi lời cảm ơn chân thành tới PGS. TS. Bùi Văn Thắng và Th.S

Nguyễn Thị Huyền Bộ môn Công nghệ tế bào, Viện Công nghệ sinh học Lâm

nghiệp, là ngƣời đã hƣớng dẫn trực tiếp em thực hiện khóa luận tốt nghiệp này.

Em cũng xin cảm ơn tới toàn thể các cán bộ Viện Công nghệ sinh học

Lâm nghiệp, Trƣờng Đại Học Lâm Nghiệp đã tạo điều kiện thuận lợi để em có

thể hoàn thành bài luận văn một cách tốt nhất.

Cuối cùng em xin chân thành cảm ơn tới gia đình và bạn bè đã luôn ủng

hộ, động viên và giúp đỡ em trong suốt quá trình thực hiện đề tài.

Do thời gian có hạn nên bài làm khó tránh khỏi những thiếu sót, em rất

mong nhận đƣợc những ý kiến đóng góp của thầy cô và bạn bè để bài làm đƣợc

hoàn thiện hơn.

Em xin chân thành cảm ơn!

Hà nội, ngày 6 tháng 5 năm 2019

Sinh viên

Nguyễn Thế Hải

ii

MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN ........................................................................................................i

MỤC LỤC.............................................................................................................ii

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT .....................................................................iv

DANH MỤC BẢNG............................................................................................. v

DANH MỤC HÌNH ............................................................................................. vi

ĐẶT VẤN ĐỀ....................................................................................................... 1

1.1. Tổng quan cây Kim ngân ............................................................................... 2

1.1.1. Giới thiệu về Kim ngân............................................................................... 2

1.1.2. Đặc điểm hình thái ...................................................................................... 2

1.1.3. Đặc điểm về sinh thái và phân bố ............................................................... 3

1.1.4. Giá trị của Kim ngân ................................................................................... 3

1.1.5. Tình trạng .................................................................................................... 4

1.2. Tổng quan về ADN mã vạch.......................................................................... 4

1.2.1. ADN mã vạch (DNA barcode).................................................................... 4

1.2.2. Ứng dụng và những lợi ích của mã vạch ADN........................................... 6

1.2.3. Các đặc điểm cơ bản của trình tự mã vạch ................................................. 8

1.3. Một số mã vạch ADN đƣợc sử dụng phổ biến và tình hình nghiên cứu ....... 8

1.3.1. Mã vạch ADN ở động vật .......................................................................... 8

1.3.2. Mã vạch ADN ở thực vật ............................................................................ 9

1.3.3. Hiện trạng của các mã vạch ở thực vật ..................................................... 15

CHƢƠNG 2. MỤC TIÊU, NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP

NGHIÊN CỨU.................................................................................................... 22

2.1. Mục tiêu nghiên cứu..................................................................................... 22

2.2. Nội dung nghiên cứu.................................................................................... 22

2.3. Địa điểm nghiên cứu .................................................................................... 22

2.4. Vật liệu, hóa chất, và các thiết bị sử dụng trong nghiên cứu....................... 22

2.4.1. Vật liệu nghiên cứu ................................................................................... 22

2.4.2. Hóa chất..................................................................................................... 23

2.4.3. Các thiết bị dùng trong nghiên cứu........................................................... 24

iii

2.5. Phƣơng pháp nghiên cứu.............................................................................. 24

2.5.1. Phƣơng pháp tách chiết ADN tổng số....................................................... 24

2.5.4. Phƣơng pháp tinh sạch sản phẩm PCR và giải trình tự............................. 28

CHƢƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN............................ 29

3.1. Kết quả tách chiết ADN tổng số .................................................................. 29

3.2. Kết quả nhân gen với các cặp mồi đặc hiệu................................................. 29

3.2.1. Kết quả nhân bản gen ropB....................................................................... 29

3.2.2. Kết quả nhân bản gen trnL-trnF................................................................ 30

3.3. Kết quả giải trình tự nucleotit đoạn gen rpoB và gen trnL-trnF.................. 31

3.3.1. Kết quả giải trình tự nucleotit đoạn gen rpoB........................................... 31

3.3.2. Kết quả giải trình tự đoạn gen trnL-trnF .................................................. 33

3.4. Xác định và phân tích trình tự nucleotide của đoạn mã vạch ADN ............ 35

3.4.1. Kết quả so sánh đoạn gen rpoB phân lập đƣợc từ cây Kim ngân với các

trình tự công bố trong Ngân hàng gen NCBI...................................................... 35

3.4.2. Kết quả so sánh đoạn gen trnL-trnF phân lập đƣợc từ cây Kim ngân với

các trình tự công bố trong Ngân hàng gen NCBI ............................................... 36

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ............................................................................. 39

TÀI LIỆU THAM KHẢO................................................................................... 40

iv

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT

TT

Các chữ

viết tắt

Nghĩa tiếng anh Nghĩa tiếng việt

1 ATP Adenosin triphosphat Adenosin triphosphat

2 Bp Base pair Cặp base

3 BOLD Barcode of Life Data Systems Cơ sở dữ liệu mã vạch ADN

4 CBOL Consortium for the Barcode of Life

Consortium for the

Barcode of Life

5 cpDNA Chloroplast DNA Bộ gen lục lạp

6 CTAB Cetyl trimethylammonium bromide

Cetyl trimethylammonium

bromide

7 DNA Axit deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic

8 dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate Deoxyribonucleotid

triphosphate

9 EDTA Ethylenediamine tetraacetic acid

axit ethylenediamine

tetraacetic

10 IGS intergenic Vùng liên kết gen

11 Kb Kilobase (1000 base) 1000 cặp base

12 NAD(P)H

Nicontinamide adenine

dinucleotide phosphate

Trung tâm Quốc gia về Thông

tin Công nghệ sinh học

13 NCBI

National Center for Biotechnology

Information

Trung tâm thông tin Công nghệ

sinh học Hoa Kỳ

14 ORF Open Reading Frame khung đọc mở

15 PCR Polymerase Chain Reaction phản ứng chuỗi polymerase

16 RNA Ribonucleic acid Axit ribonucleic

17 rRNA Ribosomal RNA ARN ribosome

18 cs Partner Cộng sự

19 TAE Tris – Acetic acide – EDTA Tris – Acetic acide – EDTA

20 tRNA Transfer RNA ARN vận chuyển