Nghiên Cứu Xác Định Các Đoạn Dna Barcode Cho Loài Sa Mộc Cunninghamia Lanceolata Phục Vụ Giám Định Loài

i

LỜI CẢM ƠN

Để hoàn thành đƣợc khóa luận này, với lòng biết ơn sâu sắc nhất, tôi xin

chân thành cảm ơn quý thầy cô Viện Công nghệ sinh học Lâm nghiệp - trƣờng

Đại học Lâm nghiệp đã giúp đỡ và chỉ bảo tận tình tôi trong suốt quá trình thực

hiện khóa luận tại trƣờng, đặc biệt là sự giúp đỡ của các thầy cô bên bộ môn

Công nghệ gen và Di truyền phân tử của Viện Công nghệ sinh học Lâm nghiệp.

Tôi xin chân thành cảm ơn PGS.TS Hà Văn Huân đã tận tình giúp đỡ và

chỉ bảo tôi trong quá trình hoàn thành khóa luận. Với những kiến thức và kỹ

năng thầy truyền dạy không chỉ giúp tôi hoàn thành khóa luận mà còn là tài sản

quý báu theo giúp tôi sau này. Khóa luận này nhận đƣợc sự hỗ trợ từ Đề tài cấp

Nhà nƣớc " .Xây dựng cơ sở dữ liệu mã vạch ADN (DNA barcode) cho một số

loài cây lâm nghiệp gỗ lớn, lâm sản ngoài gỗ có giá trị kinh tế" do PGS.TS. Hà

Văn Huân làm Chủ nhiệm.

Cảm ơn TS Bùi Thị Mai Hƣơng đã tận tình giúp đỡ và chỉ bảo tôi để tôi

có thể thực hiện đƣợc khóa luận này.

Cảm ơn các anh chị thuộc Viện Công nghệ sinh học đã quan tâm giúp đỡ

tôi trong suốt thời gian thực hiện khóa luận.

Chân thành cảm ơn gia đình và bạn bè luôn động viên và hỗ trợ tôi trong

suốt thời gian qua.

Mặc dù đã có nhiều cố gắng để hoàn thành bài khóa luận một cách hoàn chỉnh

nhất, song vẫn không thể tránh khỏi những thiếu sót. Do vậy, tôi rất mong đƣợc sự

góp ý của các thầy cô và các bạn để kiến thức của tôi đƣợc hoàn thiện hơn.

Xuân Mai, ngày tháng năm 2018

Sinh viên

Phạm Thị Trang

ii

MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN ........................................................................................................i

MỤC LỤC.............................................................................................................ii

DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ..................................................................iv

DANH MỤC BẢNG............................................................................................ vi

DANH MỤC HÌNH ............................................................................................vii

ĐẶT VẤN ĐỀ....................................................................................................... 1

CHƢƠNG I TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU ........................................ 3

1.1. Giới thiệu về cây sa mộc (Cunninghamia lanceolata) ................................... 3

1.1.1 Nguồn gốc Sa mộc (hay sa mu) có tên khoa học (Cunninghamia

lanceolata) ............................................................................................................. 3

1.1.2 Đặc điểm sinh học........................................................................................ 3

1.1.3 Phân bố......................................................................................................... 4

1.1.4 Giá trị sử dụng.............................................................................................. 4

1.2. Tổng quan về mã vạch DNA (DNA barcode)................................................ 5

1.2.1 Giới thiệu về mã vạch DNA......................................................................... 5

1.2.2 Ứng dụng của DNA barcode trên thực vật .................................................. 6

CHƢƠNG II: MỤC TIÊU, NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP

NGHIÊN CỨU...................................................................................................... 9

2.1 Mục tiêu nghiên cứu........................................................................................ 9

2.2. Nội dung nghiên cứu...................................................................................... 9

2.3. Phƣơng pháp nghiên cứu................................................................................ 9

2.3.1. Đối tƣợng, phạm vi nghiên cứu .................................................................. 9

2.3.2. Vật liệu nghiên cứu ..................................................................................... 9

2.3.3. Dụng cụ, hóa chất sử dụng.......................................................................... 9

2.3.4. Tách chiết DNA tổng số............................................................................ 11

2.3.5. Nhân bản một số đoạn ADN mã vạch....................................................... 12

2.3.6. Tinh sạch sản phẩm PCR .......................................................................... 15

iii

CHƢƠNG III: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN.......................... 16

3.1. Kết quả tách chiết DNA tổng số .................................................................. 16

3.2. Kết quả nhân bản vùng gen nghiên cứu bằng kỹ thuật PCR ....................... 16

3.2.1. Gen matK .................................................................................................. 17

3.2.2. Gen rbcL.................................................................................................... 17

3.2.3. Gen trnH-psbA.......................................................................................... 17

3.2.4 Gen ITS2 .................................................................................................... 18

3.2.5 Gen ITS ...................................................................................................... 18

3.3. Phân tích kết quả .......................................................................................... 18

3.3.1. Trình tự đoạn gen matK ............................................................................ 18

3.3.2. Trình tự đoạn gen rbcL.............................................................................. 22

3.3.3. Trình tự đoạn gen trnH-psbA.................................................................... 26

3.3.4. Trình tự đoạn gen ITS2 ............................................................................. 29

3.3.5 Trình tự gen ITS......................................................................................... 32

3.3.6. So sánh khả năng phân biệt của đoạn trình tự matK, rbcL và trnH-psbA,

ITS2, ITS............................................................................................................. 36

CHƢƠNG IV KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ..................................................... 37

4.1 Kết luận ......................................................................................................... 37

4.2 Kiến nghị....................................................................................................... 37

TÀI LIỆU THAM KHẢO

iv

DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT

TT Các chữ viết

tắt

Nghĩa tiếng Anh Nghĩa tiếng Việt

1 ATP Adenosin triphosphat Adenosin triphosphat

2 BME β-mereaptoethanol β-mereaptoethanol

BOLD Barcode of Life data Barcode of Life data

3 Bp Base pair Cặp base

4 CBOL

Consortium for the Barcode

of Life

Consortium for the

Barcode of Life

5 CITES

Convention on International

Trade in Endangered Species

of Wild Fauna and Flora

Công ƣớc về buôn bán

quốc tế các loài nguy cấp

6 cpDNA Chloroplast DNA bộ gen lục lạp

7 CTAB

Cetyl trimethylammonium

bromide

Cetyl trimethylammonium

bromide

8

DNA

(ADN)

Deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic

9 dNTP

Deoxyribonucleotide

triphosphate

Deoxyribonucleotid

triphosphate

10 EBA Extraction Buffer A Đệm tách A

11 EBB Extraction Buffer B Đệm tách B

12 EDTA

Ethylenediaminetetraacetic

acid

axit ethylenediamine

tetraacetic

13 F-Primer Foward-Primer Mồi xuôi

14 IGS intergenic spacer vùng liên gen