Nghiên Cứu Xác Định Các Đoạn Dna Barcode Cho Loài Cây Pơ Mu Fokienia Hodginsii Phục Vụ Cho Giám Định Loài

i

Trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu và rèn luyện tại trường Đại học

Lâm Nghiệp, để vượt qua những khó khăn, thử thách và đạt được những kết quả

mong muốn trong học tập cũng như cuộc sống, ngoài sự cố gắng của bản thân,

tôi còn nhận được những sự quan tâm, giúp đỡ từ thầy cô, gia đình và bạn bè.

Nhân dịp này, cho phép tôi được bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến các

thầy cô giáo đã tận tình hướng dẫn, giảng dạy tôi trong suốt quá trình học tập,

nghiên cứu và rèn luyện tại trường Đại học Lâm Nghiệp.

Tôi xin chân thành cảm ơn PGS.TS. Hà Văn Huân và TS. i Thị Mai

Hương đã trực tiếp hướng dẫn, chỉ bảo và giúp đỡ tôi thực hiện đề tài khóa

luận tốt nghiệp. Đ c biệt, khóa luận này nhận được sự hỗ trợ từ Đề tài cấp

Nhà nước "Xây dựng cơ sở dữ liệu mã vạch ADN (DNA barcode) cho một số

loài cây lâm nghiệp gỗ lớn, lâm sản ngoài gỗ có giá trị kinh tế" do PGS.TS.

Hà Văn Huân làm Chủ nhiệm.

Đồng thời, tôi xin gửi lời cảm ơn đến Viện Công nghệ sinh học Lâm

Nghiệp và trường Đại học Lâm Nghiệp đã tạo điều kiện thuận lợi cho tôi có

một môi trường tốt để học tập, nghiên cứu và rèn luyện.

Cuối c ng tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành nhất đến các thầy cô, gia

đình, bạn bè - những người đã động viên, khích lệ tôi suốt quá trình học tập,

rèn luyện và thực hiện khóa luận tốt nghiệp.

Do trong quá trình thực hiện còn có nhiều hạn chế về m t thời gian,

kiến thức và kinh nghiệm vì vậy không tránh khỏi những thiếu sót nhất định.

Tôi rất mong nhận được những ý kiến đóng góp của thầy cô và các bạn để

khóa luận tốt nghiệp của tôi được hoàn thiện hơn.

Tôi xin chân thành cảm ơn !

Hà Nội, ngày tháng năm 2018

Sinh viên thực hiện

oàn Th nh n

ii

Ụ Ụ

L I C M N ....................................................................................................i

MỤC LỤC.........................................................................................................ii

D NH MỤC TỪ VI T T T...........................................................................iv

D NH MỤC CÁC NG...............................................................................vi

D NH MỤC CÁC HÌNH...............................................................................vii

Đ T V N Đ ................................................................................................... 1

CH NG 1. T NG QU N T I LI U........................................................... 3

1.1 T ng quan về đôi tượng nghiên cứu ........................................................... 3

1.1.1. Nguồn gốc và phân bố của Pơ mu .......................................................... 3

1.1.2. Đ c điểm hình thái .................................................................................. 4

1.1.3. Đ c điểm sinh học................................................................................... 4

1.1.4. Công dụng ............................................................................................... 5

1.1.5. Giá trị kinh tế, khoa học và bảo tồn ........................................................ 5

1.2. T ng quan về DN barcode DN mã vạch . .......................................... 6

1.2.1. Giới thiệu về DN barcode .................................................................... 6

1.2.2. Các đ c điểm cơ bản của trình tự DN barcode .................................... 7

1.2.3. Một số locus được sử dụng trong phương pháp DN barcode thực vật....9

1.2.4. Ứng dụng của DN barcode trên thực vật ........................................... 13

CH NG 2. MỤC TI U, N I DUNG, V T LI U V PH NG PHÁP

NGHI N CỨU................................................................................................ 15

2.1. Mục tiêu nghiên cứu................................................................................. 15

2.2. Nội dung nghiên cứu............................................................................... 15

2.3. Vật liệu, hóa chất và các thiết bị nghiên cứu ........................................... 15

2.3.1. Vật liệu nghiên cứu ............................................................................... 15

2.3.2. Hóa chất sử dụng trong nghiên cứu ...................................................... 15

2.3.3. Dụng cụ và thiết bị sử dụng trong nghiên cứu...................................... 17

2.4. Phương pháp nghiên cứu.......................................................................... 17

iii

2.4.1. Phương pháp tách chiết DN t ng số................................................... 17

2.4.2. Kiểm tra kết quả tách chiết DN t ng số ............................................. 18

2.4.3. Phương pháp nhân bản gen đích b ng k thuật PCR............................ 19

2.4.4. Tinh sạch sản phẩm PCR ...................................................................... 21

CH NG 3. K T QU V TH O LU N.................................................. 22

3.1. Kết quả tách chiết DN t ng số .............................................................. 22

3.2. Kết quả nhân bản v ng gen nghiên cứu b ng k thuật PCR ................... 22

3.3. Phân tích kết quả ...................................................................................... 23

3.3.1. Xác định và phân tích trình tự DN trên các v ng gen nghiên cứu..... 23

3.3.2. So sánh khả năng phân biệt của đoạn trình tự matK, rbcL và trnH-psbA.....35

CH NG 4. K T LU N V KI N NGH .................................................. 37

4.1. Kết luận .................................................................................................... 37

4.2. Kiến nghị.................................................................................................. 37

T I LI U TH M KH O

iv

Ụ T V T T T

Các chữ viết tắt Nghĩa tiếng Anh Nghĩa tiếng Việt

ATP Adenosin triphosphat Adenosin triphosphat

BME β-mereaptoethanol β-mereaptoethanol

BOLD Barcode of Life data Barcode of Life data

bp Base pair C p base

CBOL Consortium for the Barcode of Life

Consortium for the Barcode

of Life

CITES

Convention on International Trade

in Endangered Species of Wild

Fauna and Flora

Công ước về buôn bán quốc tế

các loài nguy cấp

cpDNA Chloroplast DNA bộ gen lục lạp

CTAB Cetyl trimethylammonium bromide

Cetyl trimethylammonium

bromide

Cytb Cytochrome b Cytochrome b

DNA (ADN) Deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic

dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate

Deoxyribonucleotid

triphosphate

EBA Extraction Buffer A Đệm tách

EBB Extraction Buffer B Đệm tách

EDTA Ethylenediaminetetraacetic acid

axit ethylenediamine

tetraacetic

F-Primer Foward-Primer Mồi xuôi

IGS Intergenic Spacer vùng liên gen

ITS Internal Transcribed Spacer v ng DN n m giữa các gen

kb Kilobase (1000 base) 1000 c p base

mtDNA Mitochondrial DNA DN ty thể

NAD(P)H

Nicotinamide adenine dinucleotide

phosphate

Nicotinamide adenine

dinucleotide phosphate

NCBI National Center for Biotechnology Trung tâm Quốc gia về Thông