Nghiên Cứu Giám Định Và Phân Tích Đa Dạng Di Truyền Loài Xá Xị Cinnamomum Parthenoxylon Jack Meisn Tại Vườn Quốc Gia Tam Đảo Bằng Phương Pháp Dna Mã Vạch

TRƯỜNG ĐẠI HỌC LÂM NGHIỆP VIỆT NAM

VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC LÂM NGHIỆP

----------o0o----------

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

NGHIÊN CỨU GIÁM ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI

TRUYỀN LOÀI XÁ XỊ (Cinnamomum parthenoxylon (Jack)

Meisn) TẠI VƯỜN QUỐC GIA TAM ĐẢO BẰNG PHƯƠNG

PHÁP DNA MÃ VẠCH

NGÀNH : CÔNG NGHỆ SINH HỌC

MÃ SỐ : 7420201

Giáo viên hướng dẫn : TS. Hà Bích Hồng

Sinh viên thực hiện : Nguyễn Tiến Thành

Lớp : K61 – CNSH

Khóa học : 2016 - 2020

Hà Nội, 2020

i

LỜI CẢM ƠN

Để hoàn thành khóa luận này, em xin chân thành cảm ơn Viện Công nghệ

sinh học Lâm nghiệp đã tạo điều kiện về cơ sở vật chất, trang thiết bị, máy móc

trong quá trình thực hiện đề tài nghiên cứu .Trong suốt thời gian thực hiện đề tài

em đã nhận được sự giúp đỡ tận tình của các thầy cô, giúp em hoàn thành báo

cáo khóa luận tốt nghiệp và đặc biệt cô TS. Hà Bích Hồng đã hướng dẫn tận tình

cho em trong thời gian thực hiện đề tài “Ngiên cứu giám định và phân tích đa

dạng di truyền loài Xá xị tại vườn Quốc gia Tam Đảo bằng DNA mã vạch”.

Bằng sự nhiệt huyếtvà kinh nghiêṃ của mình cô đã truyền đạt kiến thức để em

nắm rõ tất cả nội dung trong quá trình nghiên cứu để có được bài báo cáo như

hôm nay.

Cuối cùng , em xin kính chúc các thầy , cô trong Viện Công nghệ sinh học

Lâm nghiệp có sức khỏe dồi dào và luôn thành công trong công việc để tiếp tục

truyền đạt cho các khóa sinh viên kế tiếp.

Kinh phí

thưc hi ̣ ên đ̣ ề tà

i đươc h ̣ ỗtrợbởi đề tà

i cấp Nhà nước “Khai thác

và phát triển nguồn gen cây Xá xị (Cinnamomum parthenoxylon (Jack) Meisn.)

ở một số tỉnh miền Bắc”.

Hà Nội, ngày tháng năm 2020

Sinh viên thực hiện

Nguyễn Tiến Thành

ii

MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN ........................................................................................................i

MỤC LỤC.............................................................................................................ii

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT .....................................................................iv

DANH MỤC BANG............................................................................................. v

DANH MỤC HÌNH ............................................................................................. vi

ĐĂT Ṿ ẤN ĐỀ

....................................................................................................... 1

CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU....................................... 2

1.1. Giớ

i thiêu chung v ̣ ề cây Xá xi................................ ̣ ........................................ 2

1.1.1 Đặc điểm hình thái của cây Xá xi ................................ ̣ ................................ 2

1.1.2 Đăc đi ̣ ểm sinh học và sinh thái của cây Xá xi ................................ ̣ ............. 3

1.1.3 Giá trị sử dụng của cây xá xị........................................................................ 5

1.2. Tình hình nghiên cứu trên thế giới và Việt Nam ........................................... 6

1.2.1 Tình hình nghiên cứu trên thế giới............................................................... 6

1.3. Tổng quan về DNA mã vạch (DNA barcode)................................................ 8

1.3.1 Giới thiệu về DNA mã vạch......................................................................... 8

1.3.2 Các đăc đi ̣ ểm cơ bản của trình tựDNA barcode ......................................... 9

1.3.3 Các DNA mã vạch thường được sử dụng .................................................. 10

1.3.4 Ứng dung c ̣ ủa DNA barcode trên thưc ṿ âṭ ................................................ 13

1.3.5 Môt ṣ ố nghiên cứu về DNA mãvach trên th ̣ ưc ṿ âṭ ................................... 16

CHƯƠNG 2 MỤC TIÊU, NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP

NGHIÊN CỨU.................................................................................................... 19

2.1. Mục tiêu nghiên cứu..................................................................................... 19

2.1.1.Mục tiêu chung........................................................................................... 19

2.1.2.Mục tiêu cụ thể........................................................................................... 19

2.2.Đối tượng và phạm vi nghiên cứu................................................................. 19

2.3.Nội dung nghiên cứu..................................................................................... 19

2.4.Vật liệu, hóa chất, các thiết bị sử dụng trong nghiên cứu............................. 20

2.4.1.Vật liệu nghiên cứu .................................................................................... 20

iii

2.4.2.Hóa chất...................................................................................................... 20

2.5.Phương pháp nghiên cứu............................................................................... 21

2.5.1.Phương pháp thu nhận mẫu........................................................................ 21

2.5.2.Phương pháp tách chiết DNA tổng số........................................................ 21

2.5.3.Kiểm tra sản phẩm DNA sau khi tách chiết............................................... 22

2.5.4.Phương pháp PCR với các căp ṃ ồi đặc hiệu............................................. 23

2.5.5.Phương pháp tinh sạch sản phẩm PCR ...................................................... 25

2.5.6.Phương pháp phân tích số liệu ................................................................... 25

CHƯƠNG 3 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN...................................................... 26

3.1.Kết quả tách chiết DNA tổng số ................................................................... 26

3.2.Kết quả nhân bản trình tự DNA mãvach ̣ bằng phương pháp PCR............. 26

3.2.1.Kết quả nhân bản đoạn trình tựmatK........................................................ 27

3.2.2.Kết quả nhân bản đoạn trình tựrbcL ......................................................... 28

3.2.3.Kết quả bản đoạn gen trnH-psbA............................................................... 29

3.3.Kết quả phân tích trình tự các đoan ̣ DNA mãvach ̣ ở loà

i Xá xi .................. ̣ 30

3.3.1.Kết quả phân tích vàso sánh trình tự đoan gen matK ̣ ............................... 30

3.3.2.Kết quả phân tích vàso sánh trình tự gen rbcL ......................................... 35

3.3.3.Kết quả phân tích vàso sánh trình tự đoan gen ̣ trnH-psbA....................... 39

CHƯƠNG 4......................................................................................................... 45

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ............................................................................. 45

4.1.Kết luâṇ ......................................................................................................... 45

4.2.Kiến nghi................................ ̣ ....................................................................... 45

TÀI LIỆU THAM KHẢO

iv

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT

Các

chữ viết tắt Nghĩa tiếng Anh Nghĩa tiếng Việt

ATP Adenosin triphosphat Adenosin triphosphat

bp Base pair Cặp base

cpDNA Chloroplast DNA bộ gen lục lạp

CTAB Cetyl trimethylammonium bromide Cetyl trimethylammonium

bromide

Cytb Cytochrome b Cytochrome b

DNA

(DNA)

Deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic

dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate Deoxyribonucleotid

triphosphate

EBA Extraction Buffer A Đệm tách A

EBB Extraction Buffer B Đệm tách B

EDTA Ethylenediaminetetraacetic acid axit ethylenediamine tetraacetic

F-Primer Foward-Primer Mồi xuôi

R-Primer Reverse primer Mồi ngược

NCBI National Center for Biotechnology

Information

Trung tâm Quốc gia về Thông

tin Công nghệ sinh học

PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi polymerase

RFLP

Restriction fragment length

polymorphism Phân tích đa hình trình tự DNA

RNA Ribonucleic acid Axit ribonucleic

rRNA Ribosomal RNA ARN ribosome

kb Kilobase (1000 base) 1000 cặp base

TAE Tris-Acetate-EDTA Tris-Acetate-EDTA

tRNA Transfer RNA ARN vận chuyển

UV Untraviolet Tia cực tím

V/p v/p Vòng / phút