Nghiên Cứu Đặc Điểm Sinh Học Và Phân Loại Tuyến Trùng Giống Caenorhabditis Nematoda Rhabditidae Phân Lập Từ Vườn Quốc Gia Cát Tiên Việt Nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT

TRƯỜNG ĐẠI HỌC LÂM NGHIỆP

LẠI THỊ PHƯƠNG

NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC VÀ PHÂN LOẠI

TUYẾN TRÙNG GIỐNG Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae)

PHÂN LẬP TỪ VƯỜN QUỐC GIA CÁT TIÊN, VIỆT NAM.

CHUYÊN NGÀNH: CÔNG NGHỆ SINH HỌC

MÃ SỐ: 8420201

LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC

NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC:

TS. LÊ THỌ SƠN

HÀ NỘI, 2021

i

LỜI CAM ĐOAN

Tôi cam đoan, đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu,

kết quả nêu trong luận văn là trung thực và chưa từng được ai công bố trong

bất kỳ công trình nghiên cứu nào khác.

Nếu nội dung nghiên cứu của tôi trùng lặp với bất kỳ công trình nghiên

cứu nào đã công bố, tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm và tuân thủ kết luận

đánh giá luận văn của Hội đồng khoa học.

Hà Nội, ngày tháng 9 năm 2021

Người cam đoan

Lại Thị Phương

ii

LỜI CẢM ƠN

Trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu, thực hiện đề tài và hoàn

thành luận văn này, tôi đã nhận được sự quan tâm giúp đỡ của cơ quan, các

thày cô, gia đình và bạn bè đồng nghiệp.

Tôi xin chân thành cảm ơn tới thầy giáo, cô giáo và cán bộ của Phòng

Sau đại học và Viện Công nghệ sinh học thuộc trường Đại học Lâm nghiệp

Việt Nam đã giúp đỡ tôi rất nhiều trong quá trình học tập và tạo điều kiện

thuận lợi để tôi hoàn thành khóa học và thực hiện đề tài.

Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể cán bộ nghiên cứu của bộ môn Công

nghệ gen và Di truyền phân tử đã nhiệt tình giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi

trong quá trình thực hiện đề tài.

Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới thày hướng dẫn TS. Lê Thọ Sơn,

người đã tận tâm hướng dẫn, giúp đỡ, động viên tôi trong quá trình thực hiện

đề tài và hoàn thành luận văn.

Tôi xin cảm ơn sự hỗ trợ về hóa chất, vật liệu tiêu hao và học thuật từ

Đề tài NAFOSTED (mã số 106.06-2019.27; Đa dạng chủng loài và Phản ứng

với vi khuẩn của tuyến trùng Caenorhabditis được phân lập từ rừng mưa nhiệt

đới (vườn quốc gia Cúc Phương và Cát Tiên) của Việt Nam do TS. Lê Thọ

Sơn làm Chủ nhiệm).

Cuối cùng tôi gửi lời cảm ơn chân thành tới gia đình, người thân, bạn

bè những người luôn bên cạnh, động viên giúp đỡ tôi về mọi mặt trong quá

trình học tập và thực hiện luận văn này.

Tôi xin chân thành cảm ơn đối với những sự giúp đỡ quý báu đó!

Hà Nội, ngày tháng 9 năm 2021

Người thực hiện

Lại Thị Phương

i

MỤC LỤC

MỞ ĐẦU ............................................................................................................................1

Chương 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU............................................................................4

1. 1. Tình hình nghiên cứu tuyến trùng Caenorhabditis và C. elegans trên thế

giới...................................................................................................................... 4

1. 1. 1. Tổng quan về tuyến trùng Caenorhabditis và C. elegans.................. 4

1. 1. 2. Hình thái, giải phẫu của tuyến trùng C. elegans............................... 10

1. 1. 3. Sinh sản và chu kỳ phát triển của tuyến trùng C. elegans................ 12

1. 1. 4. Giải trình tự DNA ............................................................................. 16

1. 2. Tình hình nghiên cứu dòng tuyến trùng C. elegans tại Việt nam............ 16

Chương 2. MỤC TIÊU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .....18

2. 1. Mục tiêu và phạm vi nghiên cứu.............................................................. 18

2. 2. Nội dung nghiên cứu................................................................................ 18

2. 3. Đối tượng nghiên cứu .............................................................................. 19

2. 4. Thời gian và địa điểm nghiên cứu ........................................................... 19

2. 5. Phương pháp nghiên cứu.......................................................................... 19

2. 5. 1. Phương pháp thu mẫu, phân lập và lưu trữ tuyến trùng ................... 19

2. 5. 2. Phương pháp quan sát và mô tả hình thái tuyến trùng ..................... 21

2. 5. 3. Phương pháp mô tả đặc điểm DNA.................................................. 22

2. 5. 4. Thí nghiệm về tuổi thọ...................................................................... 24

2. 6. Phương pháp thu thập và xử lý số liệu..................................................... 24

Chương 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN .....................................26

3.1. Đặc điểm hình thái các dòng tuyến trùng Caehanorditis dưới kính hiển vi

quang học. ........................................................................................................ 26

3.1.1. Dòng T48.1- CFB50 ........................................................................... 26

3.1.2. Dòng T23.1- CFB108 ......................................................................... 27

3.1.3. Dòng T48.1- CFB135 ......................................................................... 29

3.1.4. Dòng T23.1- CFB104 ......................................................................... 30

3.1.5. Dòng T48.2- CFB234 ......................................................................... 31

3. 2. Phân tích phân tử...................................................................................... 32

ii

3. 2. 1. Phản ứng Multiplex-PCR.................................................................. 32

3. 2. 2. Giải trình tự DNA ............................................................................. 33

3. 2. 3 Đặc điểm phân tử và mối quan hệ phát sinh chủng loài của các chủng

Caenorhabditis được phân lập dựa trên đoạn gen 18S ADNr........................ 43

3. 3. Đặc điểm tuổi thọ của các dòng tuyến trùng Ceahanorditis ................... 46

3. 3. 1. Đặc điểm tuổi thọ.............................................................................. 46

3.3.2. So sánh tuổi thọ giữa 5 dòng tuyến trùng thuộc giống Caenorhabditis..53

TÀI LIỆU THAM KHẢO ...............................................................................................57

iii

DANH MỤC BẢNG

Bảng 2. 1. Trình tự và thông tin của các cặp mồi được sử dụng ........................ 22

Bảng 2. 2. Thành phần của một phản ứng PCR.................................................. 22

Bảng 3. 1. Số hiệu mẫu của các loài tuyến trùng thu được................................. 26

Bảng 3. 2. Giải trình tự DNA của dòng C. elegans ........................................... 33

Bảng 3. 3. Giải trình tự 18S của dòng T48.1- CFB50 ....................................... 35

Bảng 3. 4. Giải trình tự DNA của dòng T23.1- CFB108................................... 37

Bảng 3. 5. Giải trình tự DNA của dòng T48.1- CFB135................................... 39

Bảng 3. 6. Giải trình tự DNA của dòng T23.1- CFB104................................... 41

Bảng 3. 7. Giải trình tự DNA của dòng T48.2- CFB234................................... 42

Bảng 3. 8. Thành phần nucleotit và chiều dài gen 18S ADNr của các chủng

tuyến trùng Caenorhabditis spp. được phân lập................................ 44

Bảng 3. 10. Thí nghiệm tuổi thọ trung bình (ngày) của dòng C. brenneri CFB50......47

Bảng 3. 11. Thí nghiệm tuổi thọ trung bình (ngày) của dòng C.sinica CFB108. …48

Bảng 3. 12. Thí nghiệm tuổi thọ trung bình (ngày) của dòng C. brenneri CFB35 49

Bảng 3. 13. Thí nghiệm tuổi thọ trung bình (ngày) của dòng C. brenneri

CFB104 ............................................................................................. 50

Bảng 3. 14. Thí nghiệm tuổi thọ trung bình (ngày) của dòng C. brenneri

CFB234 ............................................................................................. 51

Bảng 3. 15. Bảng khảo sát kết quả tuổi thọ 5 dòng tuyến trùng Ceanorhaditis 52

Bảng 3. 16. Sự so sánh tuổi thọ giữa 5 dòng tuyến trùng thuộc giống

Caenorhabditis.................................................................................. 53