Khảo sát tính đa kháng thuốc của các kiểu huyết thanh Salmonella trên bệnh nhân tiêu chảy và thịt heo tại một số tỉnh - khu vực phía nam, Việt Nam từ năm 2012 - 2019

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỐ CHÍ MINH

NGUYỄN QUANG TRƯỜNG

KHẢO SÁT TÍNH ĐA KHÁNG THUỐC CỦA CÁC KIỂU HUYẾT THANH

SALMONELLA TRÊN BỆNH NHÂN TIÊU CHẢY VÀ THỊT HEO TẠI MỘT

SỐ TỈNH – KHU VỰC PHÍA NAM, VIỆT NAM TỪ NĂM 2012-2019

LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC

TP. Hồ Chí Minh, Năm 2021

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỐ CHÍ MINH

NGUYỄN QUANG TRƯỜNG

KHẢO SÁT TÍNH ĐA KHÁNG THUỐC CỦA CÁC KIỂU HUYẾT THANH

SALMONELLA TRÊN BỆNH NHÂN TIÊU CHẢY VÀ THỊT HEO TẠI MỘT

SỐ TỈNH – KHU VỰC PHÍA NAM, VIỆT NAM TỪ NĂM 2012-2019

Chuyên ngành: Công Nghệ Sinh Học

Mã số chuyên ngành: 8420201

LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Người hướng dẫn khóa học:

1. TS. Hoàng Quốc Cường

2. PGS. TS. Lê Huyền Ái Thúy

TP. Hồ Chí Minh, Năm 2021

i

LỜI CAM ĐOAN

Tôi cam đoan rằng luận văn “Khảo sát tính đa kháng thuốc của các kiểu

huyết thanh Salmonella trên bệnh nhân tiêu chảy và thịt heo tại một số

tỉnh – khu vực phía nam, Việt Nam từ năm 2012-2019” là bài nghiên cứu

của chính tôi.

Ngoại trừ những tài liệu tham khảo được trích dẫn trong luận văn này, tôi

cam đoan rằng toàn phần hay những phần nhỏ của luận văn này chưa từng

được công bố hoặc được sử dụng để nhận bằng cấp ở nơi khác.

Không có sản phẩm/nghiên cứu nào của người khác được sử dụng trong

luận văn này mà không trích dẫn đúng qui định.

Luận văn này chưa bao giờ được nộp để nhận bất kỳ bằng cấp nào tại các

trường đại học hoặc cơ sở đào tạo khác.

Thành phố Hồ Chí Minh, năm 2021

Nguyễn Quang Trường

ii

LỜI CẢM ƠN

Để hoàn thành luận văn này, trước tiên tôi xin cảm ơn PGS. TS Lê Huyền Ái

Thúy, trưởng khoa Công Nghệ Sinh Học, trường Đại học Mở TP. Hồ Chí

Minh và TS. Hoàng Quốc Cường, Phó viện trưởng, Viện Pasteur TP. Hồ Chí

Minh đã trực tiếp hướng dẫn, truyền đạt những kiến thức và kinh nghiệm quý

báu trong quá trình học tập, TS. Lao Đức Thuận, trường Đại học Mở TP. Hồ

Chí Minh hướng dẫn các thủ tục và hình thức trình luận văn.

Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám Đốc Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh,

phụ trách Khoa Vi Sinh Miễn Dịch, Phòng kế hoạch tổng hợp đã giúp đỡ tôi

hoàn thành những thủ tục cần thiết trong quá trình học tập.

Tôi xin chân thành cảm ơn ThS. Nguyễn Hoàng Vũ, phụ trách Phòng Vi

khuẩn Đường ruột, khoa Vi sinh Miễn dịch, Viện Pasteur Tp.HCM đã tạo

điều kiện cho tôi được học tập và nghiên cứu tại Viện. Cảm ơn các đồng

nghiệp đã đóng góp, giúp đỡ tôi hoàn thiện luận văn của mình.

Cuối cùng, tôi xin cảm ơn sâu sắc đến gia đình, những người bạn thân

thiết đã luôn bên cạnh, động viên và giúp đỡ tôi trong quá trình học tập

Nguyễn Quang Trường

iii

TÓM TẮT

Nhiễm khuẩn Salmonella là bệnh phổ biến đứng thứ 2 trong số các bệnh lây truyền

từ động vật sang người. Các chủng Salmonella đa kháng thuốc được phân lập trên

người, động vật và thực phẩm ngày càng gia tăng với các kháng sinh

fluoroquinolones, β-lactam và colistin (kháng sinh cuối cùng được khuyến cáo trong

điều trị). Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã phục hồi 189 chủng Salmonella (86

chủng trên người bệnh và 103 chủng trên thịt heo) được lưu trữ tại Viện Pasteur thành

phố Hồ Chí Minh. S. Typhimurium là kiểu huyết thanh phổ biến nhất trên người bệnh,

46,5% (40/86) và có tỷ lệ đa kháng cao nhất 53,4% (39/73), tiếp theo là S. Stanley

9,3% (8/86); 8,2% (6/73) và S. Enteritidis 5,8% (5/86); 11% (8/73). S. Give là kiểu

huyết thanh phổ biến nhất trên thịt heo 12,6% (13/103) và có tỷ lệ đa kháng cao nhất

17,3% (13/75), tiếp theo là S. Anatum 7,8% (8/103); 8% (6/75), S. Corvalis 6,8%

(7/103); 9,3% (7/75), riêng với S. Typhimurium, S. Lexington có cùng tỷ lệ 4,9%

(5/103). Nhìn chung, các kiểu huyết thanh của Salmonella đều có tỷ lệ kháng cáo với

TE (67%), PEF (54%), AMP (47%), C (47%), SXT(42%), NA (38%), CIP (21%),

CN (15%), và còn nhạy cảm với các kháng sinh AK, CAZ, CRO. Tuy nhiên, các

chủng Salmonella trên người bệnh đề kháng cao hơn so với chủng trên thịt heo: AMP

(58%; 38%), TE (67%; 67%), PEF (56%; 52%), C (57%; 38%), NA (41%; 35%),

SXT (44%; 41%), CIP (33%, 12%), CRO30 (13%; 1%), CAZ30 (5%, 0%). Điều đáng

lưu ý, các chủng Salmonella trên cả hai nhóm đều kháng với ciprofloxacin (loại kháng

sinh khuyến cáo trong điều trị). Tỷ lệ kháng từ 3 loại kháng sinh trở lên 59,7%

(113/189), 5 loài kháng sinh trở lên 40% (68/189) và 9 loại kháng sinh trở lên là 1,6%

(3/189). Chỉ có 2 chủng Salmonella trên người bệnh tiết ra men ESBL và không có

chủng Salmonella nào tiết men carbapenemase. Tỷ lệ kháng thuốc của vi khuẩn

đường ruột vẫn đang tiếp tục gia tăng, đặc biệt là vi khuẩn Salmonella đa kháng được

phát hiện trên thịt heo. Đây có thể sẽ là nguồn lấy truyền các chủng kháng thuốc cho

con người. Cần tiếp tục giám sát sự nhạy cảm kháng sinh của Salmonella trên người,

thực phẩm và gia súc gia cầm.

iv

ABSTRACT

Salmonella infection has been the second most common zoonotic disease. Multidrug￾resistant Salmonella isolated in humans, animals, and food are becoming increasingly

resistant to fluoroquinolones, β-lactams, and even colistin is an antibiotic considered

as a last resort for treatment of invasive infection. We recovered 189 strains of

Salmonella (86 strains in patients and 103 strains in pork) stored at the Pasteur

Institute in Ho Chi Minh City. As for the patient isolates, S. Typhimurium was the

most common serovar 46, 5% (40/86), and had the highest rate of multidrug

resistance 53.4% (39/73), followed by S. Stanley 9.3% (8/86); 8.2% (6/73) and S.

Enteritidis 5.8% (5/86); 11% (8/73). As for pork isolates, S. Give was the most

common serovar 12.6% (13/103) and had the highest multi-resistant rate 17.3%

(13/75), followed by S. Anatum 7.8% (8/103); 8% (6/75), S. Corvalis 6.8% (7/103);

9,3% (7/75), only with S. Typhimurium, S. Lexington has the same rate of 4.9%

(5/103). Overall, the serovars in both groups had a high rate for TE (67%), PEF

(54%), AMP (47%), C (47%), SXT (42%), NA (38%), CIP (21%), CN (15%), and

sensitive to antibiotics (AK, CAZ, CRO). However, Salmonella isolates in patients

has the higher resistance than those in pork: AMP (58%; 38%), TE (67%; 67%), PEF

(56%; 52%), C (57%; 38%), NA (41%; 35%), SXT (44%; 41%), CIP (33%, 12%),

CRO30 (13%; 1%), CAZ30 (5%, 0%). It is worth noting, the isolates in both groups

were resistant to ciprofloxacin (as an antibiotic recommended for treatment). In terms

of multi-resistance, the results showed that the rate of multi-resistance from 3

antibiotics or more accounted for 59.7% (113/189), 5 antibiotics or more 40%

(68/189), and 9 antibiotics or more 1.6% (3/189). Only 2 patient Salmonella isolates

secreted ESBL, and no Salmonella strains secrete carbapenemase. According to

current reports, the rate of antibiotic resistance of intestinal bacteria is still increasing,

especially multi-resistant Salmonella bacteria detected in pork. They may be the

source of transmission of drug-resistant strains to humans. Therefore, monitoring for

antibiotic susceptibility of Salmonella in humans, food, and livestock need to

maintain.

v

MỤC LỤC

LỜI CAM ĐOAN....................................................................................................i

LỜI CẢM ƠN.........................................................................................................ii

TÓM TẮT............................................................................................................. iii

DANH MỤC HÌNH VÀ BIỂU ĐỒ................................................................... viii

DANH MỤC BẢNG..............................................................................................ix

DANH MỤC VIẾT TẮT.......................................................................................x

Chương 1. GIỚI THIỆU ..................................................................................1

1.1. Tính cấp thiết của đề tài ............................................................................1

1.2. Mục tiêu nghiên cứu..................................................................................4

1.2.1. Mục tiêu tổng quát: . .................................................................................4

1.2.2. Mục tiêu cụ thể:.........................................................................................4

1.3. Câu hỏi nghiên cứu ...................................................................................4

1.4. Phạm vi và đối tượng nghiên cứu .............................................................5

1.5. Phương pháp nghiên cứu...........................................................................5

1.6. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài ..................................................5

Chương 2. CƠ SỞ TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU ........................................6

2.1. Tổng quan về vi khuẩn Salmonella...........................................................6

2.2. Tỷ lệ lưu hành của Salmonella trên động vật và người ............................8

2.3. Kháng kháng sinh ở các chủng Salmonella spp......................................13

2.4. Các loại kháng sinh .................................................................................18

2.4.1. Kháng sinh Quinolones...........................................................................18

2.4.2. Kháng sinh β-lactam ...............................................................................21

2.4.3. Kháng sinh colistin..................................................................................26

Chương 3. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP...............................................29

vi

3.1. Trang thiết bị và sinh phẩm hóa chất ......................................................29

3.2. Nội dung thực hiện..................................................................................30

3.2.1. Địa điểm nghiên cứu: Viện Pasteur Thành Phồ Chí Minh .....................30

3.2.2. Thời gian nghiên cứu: 01- 09/2021.........................................................30

3.2.3. Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu cắt ngang ...........................................30

3.2.4. Cỡ mẫu dự kiến: 189 chủng ....................................................................30

3.2.5. Cách chọn mẫu: ......................................................................................30

3.2.6. Quy trình nghiên cứu ..............................................................................30

3.2.7. Các kỹ thuật sử dụng trong nghiên cứu ..................................................30

3.3. Phân tích số liệu theo phương pháp thống kê .........................................37

Chương 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .....................................................38

4.1. Phục hồi và định danh serotype Salmonella ...........................................38

4.1.1. Kết quả phục hồi chủng Salmonella .......................................................38

4.1.2. Kết quả định danh kiểu huyết thanh các chủng Salmonella ...................39

4.2. Đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng Salmonella. ........................46

4.2.1. Mức độ kháng kháng sinh của các chủng Salmonella. ...........................47

4.2.2. Tỷ lệ kháng kháng sinh của các chủng theo nguồn phân lập..................48

4.2.3. Tỷ lệ kháng kháng sinh của các kiểu huyết thanh Salmonella ...............50

4.2.4. Tỷ lệ kháng kháng sinh của các kiểu huyết thanh phân lập từ thịt heo ..54

4.2.5. Tỷ lệ kháng kháng sinh của các kiểu huyết thanh từ người bệnh...........54

4.3. Kiểu hình kháng kháng sinh của các chủng Salmonella.........................56

4.3.1. Kiểu hình kháng fluoroquinolones..........................................................56

4.3.2. Kiểu hình kháng kháng sinh β-lactam ....................................................56

vii

4.3.3. Kiểu hình đa kháng thuốc .......................................................................57

Chương 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ..........................................................60

5.1. Kết luận ...................................................................................................60

5.2. Đề nghị....................................................................................................62

TÀI LIỆU THAM KHẢO...................................................................................63

PHỤ LỤC A: QUY TRÌNH THỰC HIỆN THÍ NGHIỆM..............................70

viii

DANH MỤC HÌNH

Hình 4.1 : chủng vi khuẩn Salmonella trên môi trường chọn lọc chuyên biệt Hek (A)

và môi trường dinh dưỡng TSA (B)..........................................................................38

Hình 4.2: Đại diện kết quả ngưng kết kháng huyết thanh của kháng nguyên O trong

nghiên cứu .................................................................................................................40

Hình 4.3: Hình ảnh kháng sinh đồ đại diện cho chủng Salmonella được thực hiện

trong nghiên cứu........................................................................................................46

Hình 4.4: Hình ảnh xác định nồng độ ức chế tối thiểu của kháng sinh Ciprofloxacin

trên chủng Salmonella..............................................................................................47

DANH MỤC HÌNH VÀ BIỂU ĐỒ

Biểu đồ 2.1: Sự phân bố các kiểu huyết thanh Salmonella Non-thyphoid trên người,

heo và thịt heo tại Châu Âu từ 2014-2016…………………………………………. 8

Biểu đồ 2.2: Tỷ lệ lưu hành của các kiểu huyết thanh Salmonella tại Châu Âu từ năm

2014-2016 ................................................................................................................12

Biểu đồ 4.1: Tỷ lệ của các kiểu huyết thanh Salmonella trong nghiên cứu..............40

Biểu đồ 4.2: Tỷ lệ kháng kháng sinh của các chủng Salmonella .............................48

Biểu đồ 4.3: Tỷ lệ kháng kháng sinh của các chủng Salmonella được phân lập từ thịt

heo và người bệnh .....................................................................................................49