Khảo sát đột biến gene proc và prosi trên bệnh nhân huyết khối tĩnh mạch sâu

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ

ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP HỒ CHÍ MINH

-----------------

ĐẶNG HUỲNH MINH ĐỨC

KHẢO SÁT ĐỘT BIẾN GENE PROC VÀ PROS1

TRÊN BỆNH NHÂN HUYẾT KHỐI TĨNH MẠCH SÂU

LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC

THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - NĂM 2020

.

.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ

ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP HỒ CHÍ MINH

-----------------

ĐẶNG HUỲNH MINH ĐỨC

KHẢO SÁT ĐỘT BIẾN GENE PROC VÀ PROS1

TRÊN BỆNH NHÂN HUYẾT KHỐI TĨNH MẠCH SÂU

NGÀNH: KHOA HỌC Y SINH (SINH LÝ HỌC)

MÃ SỐ: 8720101

LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC

NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC:

PGS. TS. MAI PHƯƠNG THẢO

THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - NĂM 2020

.

.

MỤC LỤC

Lời cam đoan .................................................................................................. i

Danh mục chữ viết tắt và thuật ngữ Anh – Việt.............................................. ii

Danh mục bảng ............................................................................................. iv

Danh mục hình............................................................................................... v

Danh mục sơ đồ - biểu đồ............................................................................... v

MỞ ĐẦU ....................................................................................................... 1

CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU......................................................... 4

1.1. Huyết khối tĩnh mạch sâu ........................................................................ 4

1.2. Gene PROC và gene PROS1 ................................................................. 14

1.3. Tình hình nghiên cứu trên thế giới và trong nước .................................. 24

CHƯƠNG 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ............. 30

2.1. Thiết kế nghiên cứu ............................................................................... 30

2.2. Đối tượng nghiên cứu ............................................................................ 30

2.3. Thời gian và địa điểm nghiên cứu.......................................................... 31

2.4. Cỡ mẫu của nghiên cứu ......................................................................... 31

2.5. Xác định các biến số.............................................................................. 32

2.6. Phương pháp thu thập số liệu................................................................. 33

2.7. Quy trình nghiên cứu............................................................................. 39

2.8. Phương pháp phân tích dữ liệu .............................................................. 40

2.9. Đạo đức trong nghiên cứu...................................................................... 40

CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ..................................................... 41

3.1. Tỉ lệ đột biến PROC và PROS1 ............................................................. 42

.

.

3.2. Mối liên quan giữa đặc điểm mẫu nghiên cứu và tình trạng mang đột biến

..................................................................................................................... 43

3.3. Mối liên hệ giữa đột biến gene với các biến số lâm sàng, cận lâm sàng. 47

3.4. Đặc điểm các biến đổi di truyền trên PROC, PROS1............................. 50

CHƯƠNG 4. BÀN LUẬN ........................................................................... 56

4.1. Tỉ lệ đột biến PROC và PROS1 ............................................................. 56

4.2. Mối liên quan giữa tình trạng mang đột biến và đặc điểm mẫu nghiên cứu

..................................................................................................................... 58

4.3. Mối liên hệ giữa đột biến gene với đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng .... 60

4.4. Đặc điểm các biến đổi di truyền ............................................................ 63

4.5. Ưu điểm và hạn chế của nghiên cứu ...................................................... 70

KẾT LUẬN.................................................................................................. 72

KIẾN NGHỊ................................................................................................. 73

TÀI LIỆU THAM KHẢO............................................................................. vi

PHỤ LỤC 1: Phiếu thu thập dữ liệu .......................................................... xviii

PHỤ LỤC 2: Phiếu đồng ý tham gia nghiên cứu .......................................... xx

PHỤ LỤC 3: Khuyến cáo chẩn đoán xác định HKTMS ............................ xxiii

PHỤ LỤC 4: Bản tóm tắt đặc điểm bệnh nhân đột biến gene .................... xxiv

PHỤ LỤC 5: Danh sách đối tượng tham gia nghiên cứu .......................... xxvii

PHỤ LỤC 6: Bản chấp thuận của Hội đồng đạo đức ................................. xxix

.

.

i

LỜI CAM ĐOAN

Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, các kết

quả nghiên cứu được trình bày trong luận án là trung thực, khách quan và

chưa từng được công bố ở bất kỳ nơi nào.

Tác giả luận văn

Đặng Huỳnh Minh Đức

.

.

ii

DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT VÀ THUẬT NGỮ ANH – VIỆT

Viết tắt

ABI

ALT

Tiếng Anh

Applied Biosystems

Incorporated

Alanine aminotransferase

Tiếng Việt

APC Activated protein C Protein C hoạt hóa

APTT Activated Partial

Thromboplastin Time

Thời gian Thromboplastin

hoạt hóa từng phần

AST Aspartate transaminase

AT Antithrombin

BUN Blood Urea Nitrogen Lượng nitơ trong máu

dưới dạng ure

ELISA Enzyme-Linked

ImmunoSorbent Assay

Miễn dịch hấp thụ liên kết

với Enzyme

HGMD Human Gene Mutation

Database

Cơ sở dữ liệu đột biến

gene người

HKTMS Huyết khối tĩnh mạch sâu

INCIMEDI Incidence of deep vein

thrombosis, diagnosed by

duplex ultrasound in

Medical departments

Tỉ lệ mắc huyết khối tĩnh

mạch sâu, được chẩn đoán

bằng siêu âm Duplex tại

các trung tâm y tế

.

.

iii

Viết tắt Tiếng Anh Tiếng Việt

INR International Normalized

Ratio

Chỉ số bình thường hóa

quốc tế.

PC Protein C

PCR Polymerase Chain

Reaction

Phản ứng khuếch đại

chuỗi polymerase

PROVEAN Protein Variation Effect

Analyzer

PS Protein S

PT Prothrombin Time Thời gian Prothrombin

SIFT Sorting Intolerant From

Tolerant

TFPI Tissue factor pathway

inhibitor

Chất ức chế con đường

liên quan đến yếu tố mô

.

.

iv

DANH MỤC BẢNG

Bảng 1.1 Những tình trạng tăng đông nguyên phát......................................... 8

Bảng 1.2 Những tình trạng tăng đông thứ phát............................................. 11

Bảng 1.3 Phân loại thiếu hụt protein S.......................................................... 16

Bảng 1.4 Tần suất các nguyên nhân di truyền trên từng chủng tộc ............... 26

Bảng 1.5 Tần suất xuất hiện các đột biến trên gene PROC và PROS1 .......... 28

Bảng 2.1 Các biến số về đặc điểm dịch tễ và tiền căn................................... 32

Bảng 3.1 Số liệu tóm tắt về tuổi của mẫu nghiên cứu ................................... 43

Bảng 3.2 Số liệu tóm tắt về giới tính của mẫu nghiên cứu ............................ 45

Bảng 3.3 Đặc điểm về tiền căn gia đình ....................................................... 46

Bảng 3.4 Mối liên hệ giữa đột biến gene với các yếu tố dịch tễ và tiền căn .. 47

Bảng 3.5 Đặc điểm nồng độ chất kháng đông............................................... 48

Bảng 3.6 Mối liên hệ giữa đột biến PROC với nồng độ PC.......................... 49

Bảng 3.7 Mối liên hệ giữa đột biến gene PROS1 với nồng độ PS................. 49

Bảng 3.8 So sánh các đột biến mới bằng những công cụ sinh học ................ 53

Bảng 4.1 So sánh đặc điểm nguyên nhân di truyền của bệnh nhân ............... 56

Bảng 4.2 So sánh đặc điểm dịch tễ và tiền căn giữa các nghiên cứu ............. 59

Bảng 4.3 So sánh tỉ số chênh giữa các nghiên cứu........................................ 61

Bảng 4.4 So sánh phổ đột biến ở dân số châu Á từ các nghiên cứu............... 65

.

.

v

DANH MỤC HÌNH

Hình 1.1 Sinh lý bệnh huyết khối tĩnh mạch................................................... 6

Hình 1.2 Cơ chế đông máu............................................................................. 7

Hình 1.3 Cơ chế kháng đông của protein C và protein S ................................ 9

Hình 1.4 Hình ảnh huyết khối tĩnh mạch sâu trên siêu âm............................ 13

Hình 1.5 Vị trí gene PROC trên nhiễm sắc thể số 2...................................... 14

Hình 1.6 Vị trí gene PROS1 trên nhiễm sắc thể số 3..................................... 15

Hình 1.7 Phân tích giải trình tự trên gene PROC.......................................... 23

Hình 1.8 Giải trình tự trên gene PROC phát hiện đột biến mất nucleotide.... 24

Hình 3.1 Phổ đột biến trên gene PROC ........................................................ 51

Hình 3.2 Phổ đột biến trên gene PROS1....................................................... 52

DANH MỤC SƠ ĐỒ - BIỂU ĐỒ

Sơ đồ 2.1 Giải trình tự Sanger phát hiện đột biến ......................................... 38

Sơ đồ 2.2 Quy trình nghiên cứu.................................................................... 39

Sơ đồ 3.1 Phân bố đối tượng tham gia nghiên cứu........................................ 41

Biểu đồ 1.1 Phổ đột biến trên bệnh nhân huyết khối tĩnh mạch sâu ở Mỹ..... 25

Biểu đồ 3.1 Kết quả giải trình tự Sanger của mẫu nghiên cứu ...................... 42

Biểu đồ 3.2 Phân bố độ tuổi của mẫu nghiên cứu ......................................... 43

Biểu đồ 3.3 Phân bố giới tính của mẫu nghiên cứu....................................... 44

Biểu đồ 3.4 Phân bố về tiền căn gia đình của mẫu nghiên cứu...................... 45

Biểu đồ 3.5 Nồng độ chất kháng đông của mẫu nghiên cứu theo giới........... 46

Biểu đồ 3.6 Nồng độ chất kháng đông theo nhóm nghiên cứu ...................... 48

Biểu đồ 3.7 Tần suất loại đột biến gene của mẫu nghiên cứu........................ 50

Biểu đồ 3.8 Phân bố đột biến mới................................................................. 53

.

.

1

MỞ ĐẦU

Huyết khối tĩnh mạch sâu (HKTMS) là tình trạng cục máu đông gây tắc

một phần hay toàn bộ hệ thống tĩnh mạch sâu, đặc biệt là ở chi dưới. Các biến

chứng của bệnh, trong đó có thuyên tắc phổi là nguyên nhân phổ biến thứ ba

gây tử vong do bệnh tim mạch trên toàn thế giới, chiếm hơn nửa triệu ca tử

vong mỗi năm ở cả Mỹ và Châu Âu [7], [76]. Tỉ lệ mắc mới của bệnh hằng

năm là 80 trên 100.000 dân [33], [97]. Vì bệnh lý diễn tiến âm thầm và

thường không được chẩn đoán sớm hoặc được phát hiện khi đã tử vong, nên tỉ

lệ này thấp hơn so với thực tế. Tại Việt Nam, ước tính có đến 22% bệnh nhân

nội khoa nhập viện có huyết khối tĩnh mạch sâu không triệu chứng [2].

Trong số các ca bệnh mới, có đến 30% bệnh nhân tử vong trong vòng

30 ngày và 20% bị đột tử do thuyên tắc phổi; 30% bệnh nhân tiếp tục hình

thành huyết khối tĩnh mạch tái phát trong vòng 10 năm [48]. Về lâu dài, hội

chứng sau huyết khối còn gây đau, phù, loét chi, cũng như gây ra những gánh

nặng về kinh kế và nguy cơ tàn tật suốt đời.

HKTMS là bệnh lý đa yếu tố, nhưng yếu tố di truyền có vai trò quan

trọng trong sự xuất hiện và tiên lượng của bệnh [72]. Yếu tố di truyền hầu hết

do đột biến gene gây ra những bất thường về số lượng hoặc chất lượng các

chất kháng đông. Yếu tố mắc phải bao gồm tình trạng bất động, phẫu thuật,

ung thư, thai kỳ, sử dụng nội tiết tố...

Thiếu hụt các yếu tố kháng đông như protein C (PC), protein S (PS),

antithrombin (AT) thuộc nhóm nguy cơ cao do di truyền [100]. Chẩn đoán

thiếu chất kháng đông thường dựa vào các xét nghiệm đông máu, tuy nhiên,

kết quả bị ảnh hưởng bởi nhiều yếu tố như bệnh cấp tính, liệu pháp điều trị,

mang thai. Ngày nay, với những tiến bộ trong kỹ thuật giải trình tự, việc chẩn

đoán xác định các đột biến này hoàn toàn có thể thực hiện được.

.

.