Hoàn chỉnh hệ thống PCR đa mồi để chẩn đoán và theo dõi vi khuẩn thương hàn kháng thuốc

bé Y tÕ

___________________________________________________________________

B¸o c¸o kÕt qu¶ nghiªn cøu ®Ò tµi cÊp Bé

hoµn chØnh hÖ thèng pcr ®a måi ®Ó ChÈn

®o¸n vµ theo dâi vi khuÈn th−¬ng hµn

®a kh¸ng thuèc

Chñ nhiÖm ®Ò tµi PGS TS Lª V¨n Phñng

C¬ quan chñ tr× Tr−êng ®¹i häc Y Hµ Néi

C¬ quan chñ qu¶n Bé Y tÕ

6057

01/9/2006

N¨m 2006

2

Lêi c¶m ¬n

Thay mÆt nhãm nghiªn cøu, t«i xin ch©n thµnh c¶m ¬n c¸c ®ång nghiÖp

ë c¸c c¬ së sau ®©y, ®· gióp ®ì nhiÖt t×nh vµ v« t− ®Ó c«ng tr×nh cã thÓ hoµn

thµnh: BÖnh viÖn ®a khoa §ång Th¸p, bÖnh viÖn Trung −¬ng HuÕ (Thõa Thiªn

HuÕ) vµ bÖnh viÖn Thanh Nhµn (Hµ Néi); Labo trung t©m Y sinh häc, Bé m«n

Vi sinh Y häc, Phßng NCKH, Phßng Tµi vô (§HY Hµ Néi); Vô Khoa häc-§µo

t¹o (Bé Y tÕ).

Chñ nhiÖm ®Ò tµi

PGS TS Lª V¨n Phñng

3

Nh÷ng ch÷ viÕt t¾t

PCR Polymerase Chain Reaction

RIA Radioimmunoassay (Thö nghiÖm miÔn dÞch phãng x¹)

IHA Indirect Haemaglutination (Ng−ng kÕt hång cÇu gi¸n tiÕp)

CHL Chloramphenicol

MIC Minimum Inhibitory Concentration (Nång ®é øc chÕ tèi thiÓu)

NAL Nalidixic Acid

CAT Chloramphenicol Acetyltransferase

Cat Gen cat

dNTPs Deoxyribonucleotide triphosphate

ATP Adenosine triphosphate

CTP Cytosine triphosphate

GTP Guanosine triphosphate

TTP Thymidine triphosphate

Taq Thermus aquaticus

TAE Tris-Acetate-EDTA (§Öm TAE)

EMBL European Molecular Biology Laboratory (Phßng thÝ nghiÖm sinh häc

ph©n tö ch©u ¢u)

DDBJ DNA Data Bank of Japan (Ng©n hµng d÷ liÖu ADN NhËt B¶n)

NCBI National Center for Biotechnology Information (Trung t©m th«ng tin

sinh häc Quèc gia, Mü)

4

Nh÷ng ng−êi thùc hiÖn

TT Hä vµ tªn Häc hµm, häc vÞ

chuyªn m«n

C¬ quan

1 Lª V¨n Phñng PGS. TS, Vi sinh vËt §¹i häc Y Hµ Néi

2 NguyÔn Träng TuÖ ThS, Sinh häc §¹i häc Y Hµ Néi (Th− ký)

3 Ph¹m Thanh T©n BS, §a khoa §¹i häc Y Hµ Néi (Th− ký tµi chÝnh)

4 Bïi Kh¾c HËu PGS. TS, Vi sinh vËt §¹i häc Y Hµ Néi

5 TrÇn Hång V©n BS, §a khoa §¹i häc Y Hµ Néi

6 Cao V¨n Viªn PGS. TS, TruyÒn

nhiÔm

ViÖn c¸c bÖnh truyÒn nhiÔm vµ

NhiÖt ®íi Quèc gia

7 NguyÔn ThÞ Nam

Liªn

ThS, Vi sinh vËt BÖnh viÖn trung −¬ng HuÕ

8 Phan V¨n BÐ B¶y BS, Vi sinh vËt BÖnh viÖn ®a khoa §ång Th¸p

9 Lª ThÞ Ph−îng BS, TruyÒn nhiÔm BÖnh viÖn ®a khoa §ång Th¸p

5

Môc lôc

Néi dung Trang

PhÇn A: Tãm t¾t c¸c kÕt qu¶ nghiªn cøu næi bËt.....................7

1. §ãng gãp míi cña ®Ò tµi..........................................................................................................................................7

2. ¸p dông vµo thùc tiÔn.................................................................................................................................................7

3. §¸nh gi¸ thùc hiÖn ®Ò tµi ®èi chiÕu víi ®Ò c−¬ng ®· ®−îc phª duyÖt.................7

4. ý kiÕn ®Ò xuÊt......................................................................................................................................................................7

PhÇn B: b¸o c¸o chi tiÕt kÕt qu¶ nghiªn cøu....................................8

§Æt vÊn ®Ò...........................................................................................................................................................................8

Ch−¬ng 1: Tæng quan....................................................................................................................................................9

1.1. T×nh h×nh bÖnh th−¬ng hµn trªn thÕ giíi vµ trong n−íc .....................................9

1.1.1. BÖnh th−¬ng hµn trªn thÕ giíi.................................................................................................................9

1.1.2. BÖnh th−¬ng hµn trong n−íc.....................................................................................................................10

1.2. Salmonella.........................................................................................................................................................................11

1.2.1. Ph©n lo¹i vµ danh ph¸p....................................................................................................................................11

1.2.2. CÊu tróc kh¸ng nguyªn...................................................................................................................................12

1.2.3. VËt liÖu di truyÒn...................................................................................................................................................12

1.3. C¸c ph−¬ng ph¸p chÈn ®o¸n bÖnh th−¬ng hµn...............................................................12

1.3.1. Nu«i cÊy, ph©n lËp vi khuÈn......................................................................................................................12

1.3.2. HuyÕt thanh häc......................................................................................................................................................14

1.3.3. Kü thuËt sinh häc ph©n tö............................................................................................................................14

1.4. T×nh h×nh kh¸ng thuèc cña vi khuÈn th−¬ng hµn........................................................15

Ch−¬ng 2: §èi t−îng, vËt liÖu vµ ph−¬ng ph¸p nghiªn cøu........................................18

2.1. §èi t−îng nghiªn cøu ...........................................................................................................................................18

2.2. VËt liÖu, trang thiÕt bÞ phôc vô nghiªn cøu...................................................................................18

2.3. Ph−¬ng ph¸p nghiªn cøu ....................................................................................................................................19

Ch−¬ng 3: KÕt qu¶ nghiªn cøu..........................................................................................................................22

3.1. ThiÕt kÕ måi .....................................................................................................................................................................22

3.2. KÕt qu¶ PCR ®a måi víi c¸c chñng Salmonella mÉu........................................................25